| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,179,550 | G→A | 7.8% | S29L (TCA→TTA) | atpH ← | ATP synthase subunit delta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,179,550 | 0 | G | A | 7.8% | 185.9 / 4.4 | 64 | S29L (TCA→TTA) | atpH | ATP synthase subunit delta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/35); new base A (3/2); total (27/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
TGAAATTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACGTGGTCAGTTCTGCCATGATCGCCCTCGCTTAAATTTCAGCGGCCAGTTTGTTAACCAGCTCCGCATGC > NC_002947/6179404‑6179687 | tgaaATTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGAc < 1:23742/149‑1 (MQ=255)tgaaATTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGAc < 4:198216/149‑1 (MQ=255)tgaaATTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGAc < 5:353835/149‑1 (MQ=255)tgaaATTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGAc < 6:220274/149‑1 (MQ=255) gaaATTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTCGCGGAAGCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGa > 1:95116/1‑149 (MQ=255) aaTTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCaa < 1:134284/149‑1 (MQ=255) aaTTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCaa > 8:11568/1‑149 (MQ=255) tgtgcctgtgcATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGc < 3:49150/149‑1 (MQ=255) tgcctgtgcATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGc < 2:185080/147‑1 (MQ=255) 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aaTGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCa < 1:129432/148‑1 (MQ=255) ggcgg‑‑cCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTGGTCTTGCGACACGGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTTGc < 2:95116/147‑1 (MQ=255) gg‑‑cCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGc < 8:212940/127‑1 (MQ=255) gg‑‑cCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGc > 7:212940/1‑127 (MQ=255) ttttCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAgg < 6:242534/146‑1 (MQ=255) ttttCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAgg > 5:242534/1‑146 (MQ=255) gcTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTa > 6:244894/1‑130 (MQ=255) gcTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTa < 5:244894/130‑1 (MQ=255) gcTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACg > 8:135469/1‑149 (MQ=255) gcTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACg < 1:143868/149‑1 (MQ=255) gTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGAc < 5:153268/78‑1 (MQ=255) gTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGAc > 6:153268/1‑78 (MQ=255) 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ttGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTAACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACGTGGTCAGTTCTGCCATGAt > 1:145719/1‑149 (MQ=255) gAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGGTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACGTGGTCAGTTCTGCCATGATCg > 3:212740/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGCTGCATGGAGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACGTGGTCAGTTCTGCCATGATCGcc < 6:187322/149‑1 (MQ=255) tGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACGTGGTCAGTTCTGCCATGATCGCCCTCGCtt > 3:266214/1‑148 (MQ=255) gtgtCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAg > 2:162986/1‑100 (MQ=255) gtgtCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAg < 1:162986/100‑1 (MQ=255) 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TGAAATTCTGTGCCTGTGCATTGAACTTGTCACCGCACACGTCAATGAACGTGGCGG‑‑CCTTTTCTGCGCTCGTCAGTCGCGGGGCCTTGAGCAGGCGCTGCATGGTGTCGTCTTGCGACACCGCAGCAGCCAGGCCGAGCATGGCTGACCAATTGGCCAGTTGCTGATGGGCCTGGGCATGCTCAAAGGCAGCCTTAGCGTAAGGTCGGGCCAACGTGGTCAGTTCTGCCATGATCGCCCTCGCTTAAATTTCAGCGGCCAGTTTGTTAACCAGCTCCGCATGC > NC_002947/6179404‑6179687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |