| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 605,126 | A→T | 5.7% | S147C (AGC→TGC) | thiL → | thiamin monophosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 605,126 | 0 | A | T | 5.7% | 227.7 / 2.5 | 75 | S147C (AGC→TGC) | thiL | thiamin monophosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/35); new base T (2/2); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
ACTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCG > NC_002947/604980‑605269 | aCTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGc < 2:34450/149‑1 (MQ=255) cggcCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAgg < 6:232276/149‑1 (MQ=255) cggcCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAgg > 7:302037/1‑149 (MQ=255) ggcCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCAAGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGGTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCGGCGGTGccgggc > 8:51649/1‑144 (MQ=255) gcCTATGCCGATGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCACCGCTGCGGCGCAAGGcc < 6:54893/149‑1 (MQ=255) cTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCgg > 3:252395/1‑149 (MQ=255) aTGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGt > 3:63475/1‑149 (MQ=255) tgcggtgggCCTTGGTCGCATGGCCGAGCGTTGCCGCATGAGCCTGATAGGTGTTGACAGCACGCGCGGCCCGTTGAGCATGACCGTTTGGGTTTTCGGCGGCGTGCGGGCTGGCGAGGCCTTGGGCCGCATCGGTGCATGGGCggg < 2:330270/140‑1 (MQ=255) ggCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCtgtt < 1:129742/149‑1 (MQ=255) 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2:193723/1‑149 (MQ=255) aGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGccgccg < 1:121164/148‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTg > 3:188358/1‑149 (MQ=255) gtggtgACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCACCGGCGGCCTTGccc < 2:312695/149‑2 (MQ=255) tggtgACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGc > 1:130577/1‑149 (MQ=255) ggtgACACCACGGGCCGCCCGTGGAGCAGGACCGTGCCCCGGTTCGGCCGCGTGCCGGCGGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGGGTGTCGGTGGTTCGCTGTGCCAGGCACCGGCGGCCTTGcccag < 7:51649/149‑4 (MQ=255) 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tCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGcc > 5:213538/1‑149 (MQ=255) ccgtgaccgtgTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGcgcgg > 4:269704/1‑145 (MQ=255) ccgtgaccgtgTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCcgcg > 4:316214/1‑149 (MQ=255) ccgtgaccgtgTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCcgcg > 5:263323/1‑149 (MQ=255) cgtgaccgtgTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCcgcg > 1:303930/1‑148 (MQ=255) tgaccgtgTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAg < 4:188358/149‑1 (MQ=255) ccgtgTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGcc > 2:190435/1‑149 (MQ=255) gtgtTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGa < 6:256797/149‑1 (MQ=255) tgtTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGcc > 8:136267/1‑137 (MQ=255) tgtTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGcc < 7:136267/137‑1 (MQ=255) tgtTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAg > 7:80349/1‑149 (MQ=255) gtTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGt < 8:93768/118‑1 (MQ=255) gtTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGt > 7:93768/1‑118 (MQ=255) ttCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCGCGGCAGGcgcctc < 3:269704/148‑6 (MQ=255) ttCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGc < 4:190713/148‑1 (MQ=255) ttCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAACGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGCGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGcc > 4:175248/1‑149 (MQ=255) 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gCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTa < 1:190435/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTg < 4:167453/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTg < 8:148551/148‑1 (MQ=255) cAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGgc > 5:56797/1‑107 (MQ=255) cAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGgc < 6:56797/107‑1 (MQ=255) aGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCa > 5:348022/1‑149 (MQ=255) gCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAcc > 6:3760/1‑149 (MQ=255) ccTTGCACCGCTGCGGCGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAcc > 8:8622/1‑148 (MQ=255) cgccgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAc > 3:257565/1‑142 (MQ=255) cgccgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAc < 4:257565/142‑1 (MQ=255) gccgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAc < 2:31952/141‑1 (MQ=255) gccgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAc > 1:31952/1‑141 (MQ=255) gccgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCg > 5:266316/1‑149 (MQ=255) | ACTGGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCG > NC_002947/604980‑605269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |