| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 94,007 | G→A | 5.5% | G102S (GGC→AGC) | trpI → | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 94,007 | 0 | G | A | 5.5% | 274.6 / 2.6 | 89 | G102S (GGC→AGC) | trpI | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/45); new base A (3/2); total (42/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGC > NC_002947/93863‑94151 | gTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAg > 1:173875/1‑149 (MQ=255) tCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGc > 5:27040/1‑149 (MQ=255) cAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCCCGAG‑CAGcc > 8:204484/1‑149 (MQ=255) aaGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGc > 5:103271/1‑147 (MQ=255) aaGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGc < 6:103271/147‑1 (MQ=255) aaGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCct < 6:212685/149‑1 (MQ=255) aaGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCct > 1:319667/1‑149 (MQ=255) aCGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCCCGAG‑CAGcccagca < 7:204484/149‑6 (MQ=255) aCGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGGGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCctgctg < 8:233316/149‑1 (MQ=255) gTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCg‑g < 5:108265/149‑1 (MQ=255) aTCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGtt > 3:26786/1‑149 (MQ=255) tCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGttt < 5:194829/149‑1 (MQ=255) tCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGtt > 6:194829/1‑148 (MQ=255) cAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTa > 7:175313/1‑149 (MQ=255) aaaCTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTAt > 4:212388/1‑149 (MQ=255) tCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCg‑g < 4:202027/137‑1 (MQ=255) tCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCg‑g > 3:202027/1‑137 (MQ=255) tCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCcg > 5:166007/1‑149 (MQ=255) tCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCcg > 8:167015/1‑149 (MQ=255) acaGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCcgcg < 6:27040/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCg‑gt > 4:288275/1‑132 (MQ=255) aTGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCg‑gt < 3:288275/132‑1 (MQ=255) gTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCgg > 2:192698/1‑149 (MQ=255) tATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTggg > 5:50196/1‑144 (MQ=255) tATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTggg < 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ccGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGt < 3:212388/149‑1 (MQ=255) ccGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGGTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGt > 3:53529/1‑149 (MQ=255) ggCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGt > 6:49390/1‑147 (MQ=255) ggCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGt < 5:49390/147‑1 (MQ=255) gCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCt < 4:290501/127‑1 (MQ=255) gCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCt > 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aGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGAt < 6:56294/149‑1 (MQ=255) gcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTgcgc < 3:316397/91‑1 (MQ=255) gcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTgcgc > 4:316397/1‑91 (MQ=255) gcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGt < 3:28640/149‑1 (MQ=255) aTTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGc > 3:279315/1‑149 (MQ=255) ttCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCt < 4:279315/149‑1 (MQ=255) cagcaggCTGCCCGAG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGgtg > 6:96333/6‑149 (MQ=255) ggCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGc > 2:66082/1‑149 (MQ=255) ggCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGc < 1:192698/149‑1 (MQ=255) gctgccCGAG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTg < 1:167424/128‑1 (MQ=255) gctgccCGAG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTg > 2:167424/1‑128 (MQ=255) ctCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCgcgc > 8:71136/1‑149 (MQ=255) ctCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGa < 6:72852/147‑1 (MQ=255) ctCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGa < 2:264815/147‑1 (MQ=255) ctCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGc > 7:293908/1‑149 (MQ=255) | GTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGG‑CAGCCTGCTGGCGCG‑GTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGC > NC_002947/93863‑94151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |