Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 608,245 | C→T | 7.5% | A39V (GCC→GTC) | PP_0524 → | cobalamin‑binding protein HutB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 608,245 | 0 | C | T | 7.5% | 151.9 / 2.5 | 53 | A39V (GCC→GTC) | PP_0524 | cobalamin‑binding protein HutB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/26); new base T (2/2); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
GTACCTCTATCGCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTTGCTGCTGTGGCCAGG > NC_002947/608097‑608386 | gTACCTCTATCGCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGc > 3:304414/1‑149 (MQ=255) tACCTCTATCGCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGcc > 4:275668/1‑149 (MQ=255) ccTCTATCGCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCcga > 7:25667/1‑149 (MQ=255) ctctATCGCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCcgac < 8:25667/149‑1 (MQ=255) ctctATCGCATTCCGCGCCAGATGGGTTGATGCGACTGCTAACTGGCCTGCTGGCGTTGTTAGCCTGAACAGTAATGGCTGCAGAACCGCTAAGTGTCGTCAGTATGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCagac > 5:347932/1‑149 (MQ=255) tCGCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACct > 5:180127/1‑149 (MQ=255) gCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACctgc > 8:114871/1‑149 (MQ=255) cATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGTCGTCGGCctg > 4:234891/1‑147 (MQ=255) cATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGAGGACctgct > 8:212639/1‑149 (MQ=255) cATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACctgct < 7:19244/149‑1 (MQ=255) cATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACAGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACctgct > 7:56488/1‑149 (MQ=255) ttCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGTCGTCGGCctgcagc < 3:234891/149‑4 (MQ=255) ccGCGCCAGCGGGGTTGATGCGACTGCTACATGGCCTTCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCtggt < 8:56488/148‑1 (MQ=255) gcgcCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTggg > 5:179721/1‑149 (MQ=255) cgcCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGc < 6:302532/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGt < 5:182542/149‑1 (MQ=255) gtggATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGGTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCGGGTGGGCGTGCTCGATg < 4:278578/146‑1 (MQ=255) ttGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATgg > 3:137184/1‑149 (MQ=255) aTGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATggcgg < 3:275668/149‑1 (MQ=255) aTGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATggcgg < 4:304414/149‑1 (MQ=255) tGCGACTGCTAACTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCTAGATCATGCTTTAGCTGCAGGCCGACTACCTGCTGGTGTGCGTGCTCGATggcggc < 6:347932/149‑1 (MQ=255) aCCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAAcggccgg > 8:115143/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGc < 6:179721/148‑1 (MQ=255) gCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTtc < 4:137184/149‑1 (MQ=255) tGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTtcggt > 1:216590/1‑149 (MQ=255) cACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTtcggtc < 7:107943/148‑1 (MQ=255) ccGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCggg < 8:195254/149‑1 (MQ=255) cGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGgc > 4:320215/1‑149 (MQ=255) aCTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCggg > 3:203539/1‑145 (MQ=255) aCTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCggg < 4:203539/145‑1 (MQ=255) gCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGTCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAgg < 5:73233/149‑1 (MQ=255) gAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACt > 5:238836/1‑149 (MQ=255) aCCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTg > 7:72588/1‑148 (MQ=255) cTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACAt > 5:280612/1‑149 (MQ=255) aGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGc < 6:280612/148‑1 (MQ=255) gTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTc > 2:277739/1‑149 (MQ=255) tCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCa < 6:238836/149‑1 (MQ=255) gCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCt > 1:39978/1‑149 (MQ=255) ccccTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTgc < 3:273938/149‑1 (MQ=255) tCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGccc > 1:324540/1‑149 (MQ=255) gATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGccc < 3:320215/147‑1 (MQ=255) gCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATAGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTgcg > 6:125148/1‑139 (MQ=255) gCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATAGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTgcg < 5:125148/139‑1 (MQ=255) cGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGACGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGt > 5:330883/1‑149 (MQ=255) agaTCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTtg < 6:212589/149‑1 (MQ=255) aTCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTtgct < 7:212639/149‑1 (MQ=255) cATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGAc < 3:107508/139‑1 (MQ=255) cATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGAc > 4:107508/1‑139 (MQ=255) cTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAAcggccggc > 2:189624/1‑59 (MQ=255) cTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAAcggccggc < 1:189624/59‑1 (MQ=255) cTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTTGCTGCtgt < 1:228537/148‑1 (MQ=255) aGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTTGCTGCTGTGGcc < 7:115143/148‑1 (MQ=255) cagCAGGTCGTCGGCCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTTGCTGCTGTGGCCAgg > 7:278360/3‑149 (MQ=255) cAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTTGCTGCtgtg > 4:257076/1‑140 (MQ=255) cAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTTGCTGCtgtg < 3:257076/140‑1 (MQ=255) | GTACCTCTATCGCATTCCGCGCCAGCTGGGTTGATGCGACTGCTACCTGGCCTGCTGGCGTTGTTCGCCTGCACCGTACTGGCTGCAGAACCGCTACGTGTCGTCAGTCTGGCCCCCTCGATGAGCGAGATCATGCTTGAGCTGCAGGCCGACGACCTGCTGGTGGGCGTGCTCGATGGCGGCGAACGGCCGGCTGCACTGCGCCACTTGCCTTCGGTCGGGCGCCAAGGGCAACTGGACATGGAGCGCCTGCTCAGCCTGCGCCCCGACCTGTTGCTGCTGTGGCCAGG > NC_002947/608097‑608386 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |