| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 612,547 | C→A | 7.3% | L545L (CTG→CTT) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 612,547 | 0 | C | A | 7.3% | 261.7 / 8.8 | 82 | L545L (CTG→CTT) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/36); new base A (3/3); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
CCCAGGTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGC > NC_002947/612404‑612694 | cccAGGTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCgg < 2:206599/149‑1 (MQ=255)cccAGGTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCgg > 6:65679/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGc > 4:276650/1‑149 (MQ=255) aGGTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCtt > 6:303609/1‑149 (MQ=255) ggTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCtt > 2:165267/1‑148 (MQ=255) ggTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCtt > 2:160137/1‑148 (MQ=255) gCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGAc > 2:278635/1‑148 (MQ=255) gCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGAc > 7:284307/1‑148 (MQ=255) cAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACg > 5:40026/1‑148 (MQ=255) aGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTAGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGaa < 5:312690/149‑1 (MQ=255) cTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGgcgctggt < 2:291804/149‑5 (MQ=255) gAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCg < 1:165267/148‑1 (MQ=255) gAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCg < 1:160137/148‑1 (MQ=255) aCTGCCTGGCTGGCAAGGACCTCAACCACCGCACCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATCGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTCCCAGCTCTAGCACCAGCGCTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGgcgctgg > 5:4243/1‑138 (MQ=255) aCTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCCGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGgcgctgg < 6:4243/141‑4 (MQ=255) tGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGaa < 7:259922/132‑1 (MQ=255) tGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGaa > 8:259922/1‑132 (MQ=255) tGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCg > 2:100368/1‑149 (MQ=255) ctggctggCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTgg < 1:37526/149‑1 (MQ=255) gctggcAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGt < 5:303609/149‑1 (MQ=255) gcAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGa < 1:100368/148‑1 (MQ=255) aaCTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTc < 1:278635/149‑1 (MQ=255) aCTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCg > 4:121486/1‑149 (MQ=255) tCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGc > 2:277627/1‑149 (MQ=255) acccaccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCa > 4:243133/1‑149 (MQ=255) acccaccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCa > 4:118107/1‑149 (MQ=255) caccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACtt > 2:65200/1‑149 (MQ=255) accGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTg < 3:118107/149‑1 (MQ=255) accGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTg > 4:146479/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGc < 1:277627/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCAt < 7:2054/149‑1 (MQ=255) aCCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCAGCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGtt < 6:40026/149‑1 (MQ=255) aCCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGtt < 5:65679/149‑1 (MQ=255) ccATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTg > 4:47251/1‑148 (MQ=255) atgatgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTAc > 3:89642/1‑149 (MQ=255) tgatgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCa > 6:217177/1‑129 (MQ=255) tgatgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCa < 5:217177/129‑1 (MQ=255) atgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGc < 8:284307/148‑1 (MQ=255) ggCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCg > 2:300564/1‑148 (MQ=255) gTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTg > 5:256113/1‑103 (MQ=255) gTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTg < 6:256113/103‑1 (MQ=255) gTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAaca > 5:166056/1‑149 (MQ=255) gTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAaca > 7:97917/1‑149 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGt > 2:58932/1‑133 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGt < 1:58932/133‑1 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACcag > 5:16918/1‑147 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACcag > 2:105282/1‑147 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACca < 8:18961/146‑1 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTCCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCa < 4:111567/128‑1 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTACGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCa > 3:111567/1‑128 (MQ=255) gATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTAc < 4:129200/132‑1 (MQ=255) gATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTAc > 3:129200/1‑132 (MQ=255) aTGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGc < 3:121486/149‑1 (MQ=255) aTGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGc > 7:272147/1‑149 (MQ=255) aTGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGc < 3:243133/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACtttt < 1:51372/149‑1 (MQ=255) agcagcTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTc < 3:276650/149‑1 (MQ=255) gcagcTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCg > 2:330635/1‑149 (MQ=255) cTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCt > 8:123692/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTggc > 8:251152/1‑149 (MQ=255) tGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTggcg < 4:89642/149‑1 (MQ=255) ggCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTggcgg > 4:298000/1‑149 (MQ=255) cAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGc > 5:201345/1‑149 (MQ=255) cAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGc > 4:317955/1‑149 (MQ=255) aGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGcc < 3:146479/149‑1 (MQ=255) gCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGccc < 8:297578/149‑1 (MQ=255) gCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGccc < 1:105282/149‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTg < 1:330635/146‑1 (MQ=255) cACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGa > 5:326464/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGAtc > 5:48319/1‑149 (MQ=255) atgcgcTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACAAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGTCCACGCCCTTGCCGAtat > 6:41656/3‑147 (MQ=255) aGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGAtctc < 6:16918/149‑1 (MQ=255) gcgcTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCgg < 2:274078/60‑1 (MQ=18) gcgcTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCgg > 1:274078/1‑60 (MQ=18) gcgcCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGAtctc > 5:306432/1‑148 (MQ=255) gcgcCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGAtctc > 3:7157/1‑148 (MQ=255) gcCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTGCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGAGCTCCAg < 4:338304/149‑1 (MQ=255) ccTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGt < 3:317955/149‑1 (MQ=255) cTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGAt < 7:44112/141‑1 (MQ=255) cTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGAt > 8:44112/1‑141 (MQ=255) tCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTg < 7:251152/149‑1 (MQ=255) tCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTg < 4:32741/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGc < 7:123692/148‑1 (MQ=255) | CCCAGGTGCAGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGTGGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGC > NC_002947/612404‑612694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |