| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 612,561 | A→G | 7.1% | F541L (TTC→CTC) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 612,561 | 0 | A | G | 7.1% | 248.9 / 6.6 | 84 | F541L (TTC→CTC) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/41); new base G (3/3); total (40/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
AGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCT > NC_002947/612413‑612705 | aGAAGCGGCTTGAGCACTGCCTGGCTAGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGaa < 5:312690/149‑1 (MQ=255) cTTGAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGgcgctggt < 2:291804/149‑5 (MQ=255) gAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCg < 1:160137/148‑1 (MQ=255) gAGCACTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCg < 1:165267/148‑1 (MQ=255) aCTGCCTGGCTGGCAAGGACCTCAACCACCGCACCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATCGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTCCCAGCTCTAGCACCAGCGCTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGgcgctgg > 5:4243/1‑138 (MQ=255) aCTGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCCGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCTTCGTCAAGCCGCTGGACGAGgcgctgg < 6:4243/141‑4 (MQ=255) tGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGaa < 7:259922/132‑1 (MQ=255) tGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGaa > 8:259922/1‑132 (MQ=255) tGCCTGGCTGGCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCg > 2:100368/1‑149 (MQ=255) ctggctggCAAGGAACTCACCCACCGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑gg 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acccaccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCa > 4:243133/1‑149 (MQ=255) acccaccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCa > 4:118107/1‑149 (MQ=255) caccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACtt > 2:65200/1‑149 (MQ=255) accGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTg > 4:146479/1‑149 (MQ=255) accGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTg < 3:118107/149‑1 (MQ=255) ccGCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGc < 1:277627/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCCCGCGCCACCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCAt < 7:2054/149‑1 (MQ=255) aCCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCAGCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGtt < 6:40026/149‑1 (MQ=255) aCCCATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGtt < 5:65679/149‑1 (MQ=255) ccATGATGGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTg > 4:47251/1‑148 (MQ=255) atgatgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTAc > 3:89642/1‑149 (MQ=255) tgatgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCa > 6:217177/1‑129 (MQ=255) tgatgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCa < 5:217177/129‑1 (MQ=255) atgGCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGc < 8:284307/148‑1 (MQ=255) ggCGTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCg > 2:300564/1‑148 (MQ=255) gTTCTCTTCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTg > 5:256113/1‑103 (MQ=255) 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ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACcag > 2:105282/1‑147 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTACGCCGAACACca < 8:18961/146‑1 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTCCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCa < 4:111567/128‑1 (MQ=255) ttCGATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTACGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCa > 3:111567/1‑128 (MQ=255) gATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTAc < 4:129200/132‑1 (MQ=255) gATGGTTACCAGCAGCTCATGGCTGCCTGCCAGCTCTAGCACCAGCGCCTCGTCCAGCGGCTTGACGAAGCGCATGTCGACCACCGT‑GGCGTTGATCTGTTCGGCCACTTGCATGGCCTCGGCCAGTTGTAc > 3:129200/1‑132 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |