Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 693,590 | C→G | 10.9% | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 693,590 | 0 | C | G | 10.9% | 117.6 / 7.2 | 46 | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/23); new base G (3/2); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.54e-01 |
TCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCT > NC_002947/693447‑693728 | tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTg < 3:62082/148‑1 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGc > 1:44548/1‑149 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGc > 3:94790/1‑149 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTCGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGc > 1:206993/1‑149 (MQ=255) tgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAc < 4:125883/149‑1 (MQ=255) tgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGAc > 3:27441/1‑149 (MQ=255) gCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTggg < 5:148057/149‑1 (MQ=255) gCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTggg < 4:27441/149‑1 (MQ=255) tAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAcggca < 6:107818/141‑5 (MQ=255) tAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAcggca > 5:107818/1‑137 (MQ=255) gCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATg < 4:310796/149‑1 (MQ=255) gCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCt < 2:206993/149‑1 (MQ=255) ccAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGCGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATGATGCGGATCTg > 3:185625/1‑149 (MQ=255) cAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGCGCACGCCCTGCAGGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATcgg > 7:257953/1‑146 (MQ=255) aaCCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTTTGGGCGATCATGCTGATATGGa > 2:100590/1‑149 (MQ=255) aaCCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGa > 5:201634/1‑149 (MQ=255) gcATTACAGCAGCGAGGGTTCTCTGTACATCGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCGGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGca < 8:257953/149‑1 (MQ=255) agcagcGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGGTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAgg > 7:35249/1‑149 (MQ=255) gcgagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGccc < 6:201634/149‑1 (MQ=255) cgagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGcccc < 4:159831/149‑1 (MQ=255) gTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATcc > 2:223793/1‑149 (MQ=255) ttCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCt < 2:44548/149‑1 (MQ=255) cGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACTCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAggg < 7:315606/137‑1 (MQ=255) cGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACACCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAggg > 8:315606/1‑137 (MQ=255) tctACAACGGTTGATACTCAAGCCCCCATAACCGGCAGGTATGTGGAACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGCGCAACCAGTGCTCGACATGGCAGGGGCCGATCATGCGGATCACGAAGCGCACAAAAGCGCCCCCATCCtataa > 6:291064/3‑144 (MQ=255) tACATCGGTTGATACTCAAGGCCAGATAACTGGCTTGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTGGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATGATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAg < 5:291064/146‑1 (MQ=255) aaCGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGc < 7:245124/149‑1 (MQ=255) ggTTGATACTCAAGCCCCGATCACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAg < 1:337985/149‑1 (MQ=255) cTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCGCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATgg < 1:180647/148‑1 (MQ=255) cTCAAGCCCAGTTATCGGGCTGGGCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATggg < 4:185625/149‑1 (MQ=255) aaGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGa > 3:326376/1‑149 (MQ=255) gATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCAt < 7:56289/149‑1 (MQ=255) aCGGGCTGGGCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGc < 2:115689/149‑1 (MQ=255) cGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCg > 2:202854/1‑149 (MQ=255) gTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGt < 7:103625/149‑1 (MQ=255) gTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAgg < 4:94790/149‑1 (MQ=255) gacgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGt < 4:326376/149‑1 (MQ=255) cgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCg < 8:35249/149‑1 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCAcc > 7:254835/1‑137 (MQ=255) cAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCAcc < 8:254835/137‑1 (MQ=255) gTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCGTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGGCACCATGATGTAGGTCAGGc > 8:75902/1‑149 (MQ=255) gCAGGCTGCCGTCCAGCACGCCGTGCTCGACCGGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCCGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGcc > 8:296710/1‑148 (MQ=255) aGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGAt < 1:223793/149‑1 (MQ=255) ccGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAg > 4:161418/1‑149 (MQ=255) ggTCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGc > 5:70477/2‑149 (MQ=255) gTCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCt > 5:325783/1‑149 (MQ=255) | TCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCT > NC_002947/693447‑693728 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |