| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 103,818 | A→T | 8.7% | intergenic (+116/‑24) | PP_0098 → / → PP_0099 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 103,818 | 0 | A | T | 8.7% | 150.3 / 3.5 | 55 | intergenic (+116/‑24) | PP_0098/PP_0099 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/27); new base T (3/2); total (26/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
CAGACGTTGTTTGGTGCAGTGCTGCAGCCCTAAGCGCTGTCTGTCTGGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCGCAAACCCAGGGTAC > NC_002947/103670‑103966 | cAGACGTTGTTTGGTGCAGTGCTGCAGCCCTAAGCGCTGTCTGTCTGGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGtata < 7:181803/149‑1 (MQ=255) gttTGGTGCAGTGCTGCAGCCCTAAGCGCTGTCTGTCTGGGATGGGCGTCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TTAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATAc < 5:254252/148‑1 (MQ=255) tttGGTGCAGTGCTGCAGCCCTAAGCGCTGTCTGTCTGGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACa < 5:234393/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtctgGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATtcctc > 2:76635/1‑141 (MQ=255) tgtctgGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCg > 2:44196/1‑149 (MQ=255) tgtctgGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTCCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATtcctc < 1:76635/141‑1 (MQ=255) tctgGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGc > 2:69685/1‑148 (MQ=255) ggATCGGCGTCAATCGAGACTGGCAGGGTATGTTCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGAACAGATGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAg < 4:255775/149‑1 (MQ=255) 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3:323930/149‑1 (MQ=255) aGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCca < 2:230222/149‑1 (MQ=255) gCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCcac < 1:69685/149‑1 (MQ=255) tGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATc > 1:103894/1‑134 (MQ=255) tGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATc < 2:103894/134‑1 (MQ=255) gCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGt < 6:336133/81‑1 (MQ=255) gCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGt > 5:336133/1‑81 (MQ=255) 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tCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACAGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTgg > 8:44711/1‑149 (MQ=255) aGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCg > 8:160595/1‑149 (MQ=255) agGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAgatg < 1:44196/149‑1 (MQ=255) tGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCt > 2:57819/1‑149 (MQ=255) aGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTAc > 8:78276/1‑149 (MQ=255) gATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTAcc < 7:87990/149‑1 (MQ=255) gtgtGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGt < 3:200871/149‑1 (MQ=255) ctgaaTACTGTATTAATATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTgg < 3:174175/129‑1 (MQ=255) ctgaaTACTGTATTAATATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTgg > 4:174175/5‑133 (MQ=255) cACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTGATGCGGTGGCGGAAGGTGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCg > 6:300903/1‑148 (MQ=255) cACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCg < 7:78276/148‑1 (MQ=255) aCGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCGc > 8:24466/1‑148 (MQ=255) gaaTACTGTATTAATATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGAACAATACACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCGCa > 3:320308/3‑148 (MQ=255) tGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAgatgat > 6:311330/1‑119 (MQ=255) tGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAgatgat < 5:311330/119‑1 (MQ=255) tataTTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCCCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCGCAAACCCAggg > 2:279186/1‑149 (MQ=255) atatTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCGCAAACCCAggg > 1:143237/1‑148 (MQ=255) atTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCGCAAACCCAGGGTAc > 4:110780/1‑149 (MQ=255) | CAGACGTTGTTTGGTGCAGTGCTGCAGCCCTAAGCGCTGTCTGTCTGGGATGGGCGGCAATCGAGCCAGGCAGCGTATGTGCGCTGGCATGGCC‑TGAAGTAGTCAGACCAGAGGTGCTGGTAAGATCCCGGTGTGCACGATACTGTATATTAATACAGTATTCAGGTGAGCCATGATTCCTCCAGTACCGCAAAAGGGCCGTGGCACGGCGCACAATCCACACAACCGCTTTGCCCCTGGTCATTCGGTGGCGGAAGATGATGGCTGGTACCAGGAAGTGCCGCAAACCCAGGGTAC > NC_002947/103670‑103966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |