Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 124,743 | G→A | 8.3% | Q125* (CAG→TAG) | PP_0119 ← | zinc uptake regulation protein Zur |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 124,743 | 0 | G | A | 8.3% | 134.3 / 2.6 | 48 | Q125* (CAG→TAG) | PP_0119 | zinc uptake regulation protein Zur |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/21); new base A (2/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
CGCCGACCTGATCCAGGCGAATCAGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCCAGCAGGAAGTCCAGCGCA > NC_002947/124597‑124885 | cGCCGACCTGATCCAGGCGAATCAGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGctgctctgct < 4:289945/149‑1 (MQ=255) gACCTGATCCAGGCGAATCAGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTgctcgag > 4:263257/1‑149 (MQ=255) cTGATCCAGGCGAATCAGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTgctcgagctc > 6:66197/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCGAATCAGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCCGCTCGAGCTC‑GATg < 6:204357/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGc < 3:263257/149‑1 (MQ=255) aGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCa < 5:66197/148‑1 (MQ=255) aGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAg < 4:309280/149‑1 (MQ=255) cGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGccc < 4:186771/149‑1 (MQ=255) cGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGccc < 7:231097/149‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGAt < 3:205940/149‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCa < 1:25420/149‑1 (MQ=255) gCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAg > 8:274526/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTACTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTgg > 2:252334/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTACTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTgg > 2:247607/1‑149 (MQ=255) aGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGaa < 5:55992/139‑1 (MQ=255) aGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGaa > 6:55992/1‑139 (MQ=255) gTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTACTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGt < 1:252334/149‑1 (MQ=255) gTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTACTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGt < 1:247607/149‑1 (MQ=255) aCCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGctgctctgct < 8:96435/95‑1 (MQ=255) ggCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCg > 2:234503/1‑149 (MQ=255) cGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCgggg > 4:281224/1‑149 (MQ=255) ttCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGTCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGACTg > 5:332744/1‑148 (MQ=255) ttCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTg > 6:192676/1‑148 (MQ=255) cACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGc > 3:127338/1‑149 (MQ=255) tGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGCCAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATg > 8:131476/1‑147 (MQ=255) tctcGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCg > 8:93199/1‑149 (MQ=255) tctcGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCg > 5:178188/1‑149 (MQ=255) tcGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGc > 3:159576/1‑130 (MQ=255) tcGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGc < 4:159576/130‑1 (MQ=255) gACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGtt < 7:274526/147‑1 (MQ=255) gACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGtt > 3:196074/1‑147 (MQ=255) cGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCATGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAgc > 6:300438/1‑148 (MQ=255) aaaCCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCTACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAgcgatg < 2:5367/148‑1 (MQ=255) aaCCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGACTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAgcgatcc > 7:166394/1‑146 (MQ=255) ccTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACTTGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCGGATGAAGGCGTTCAGcgatgcgaggcgatg > 6:186599/1‑149 (MQ=255) tttGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTCGGATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGcgatgcgatgcgatg > 1:81223/1‑148 (MQ=255) cTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGTCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGACTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGcc < 6:332744/149‑1 (MQ=255) ttGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGCCCttt > 8:131059/1‑149 (MQ=255) gatgatGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGtt < 8:288735/117‑1 (MQ=255) gatgatGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGtt > 7:288735/1‑117 (MQ=255) gatgatGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGtttt > 3:129179/1‑149 (MQ=255) atgatgGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTc < 3:281224/149‑1 (MQ=255) tgatgGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTc < 7:93199/148‑1 (MQ=255) atgGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCca < 8:167080/148‑1 (MQ=255) ggCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCCCATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGGTTTCcag > 3:82493/1‑147 (MQ=255) ccTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCa < 3:84025/111‑1 (MQ=255) ccTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCa > 4:84025/1‑111 (MQ=255) ccTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCCAGCAgg < 4:127338/149‑1 (MQ=255) cTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCCAGCAgg > 7:317218/1‑148 (MQ=255) gCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGcc < 3:207563/132‑1 (MQ=255) gCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGcc > 4:207563/1‑132 (MQ=255) aTGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCCAGCAGGAAGTcc < 6:178188/147‑1 (MQ=255) tgctctgctcGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCCAGCAGGAAGTCCAGCGCa > 4:10695/1‑149 (MQ=255) ctctgctcGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCcagc > 2:240038/1‑132 (MQ=255) | CGCCGACCTGATCCAGGCGAATCAGGGCGTCGCTCATGCCGCGCTCCGGCAGTTACCGCACAGGCCGACCACTTCCACGGTCTGGGTCTCGACCGTGAAACCCACGCCTTTGGCGCTGTTGATGATGGCCTCGCTGATGCTGCTCTGCTCGAGCTC‑GATGGCCACATGGCAGGCCCGACAGATCAGGAACTGGCCTTGGTGCACGTGCTCGGGGTGGCTGCAGCCGATGAAGGCGTTCAGCGATGCGATGCGATGTACCAGGCCGTTTTCCAGCAGGAAGTCCAGCGCA > NC_002947/124597‑124885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |