Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,025,786 | C→G | 9.3% | A394A (GCG→GCC) ‡ | dppA‑II ← | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,025,786 | 0 | C | G | 9.3% | 157.0 / 6.8 | 54 | A394A (GCG→GCC) ‡ | dppA‑II | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/22); new base G (3/2); total (30/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 |
CCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCGTCCT > NC_002947/1025646‑1025931 | cccAGCCAGTTGTCCGGGCCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCTTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTTAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGa < 6:171646/148‑1 (MQ=255) cagccagTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTg < 3:34791/144‑1 (MQ=255) cagccagTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTg > 4:34791/1‑144 (MQ=255) agTTGTCCTGTTCGAAGTTGTAACCGTTCCAGCCGATCAGTGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCTCTTGATGTATTCGCCTCATTAGTAGCTGACGATGCTCAACTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCg < 7:219893/149‑1 (MQ=255) agTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCg > 7:25833/1‑149 (MQ=255) agTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCg < 7:65659/149‑1 (MQ=255) tCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt > 1:49536/1‑149 (MQ=255) tCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt < 3:280623/149‑1 (MQ=255) tCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt < 2:49536/149‑1 (MQ=255) tCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt > 4:280623/1‑149 (MQ=255) gCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGc < 1:33718/138‑1 (MQ=255) gCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGc > 2:33718/1‑138 (MQ=255) gCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTgg > 5:29085/1‑149 (MQ=255) gCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTgg > 1:316856/1‑149 (MQ=255) ccGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTgg > 3:196930/1‑148 (MQ=255) cACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTggg < 5:11211/148‑1 (MQ=255) aCCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGt > 8:232070/1‑149 (MQ=255) aCCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGt > 4:113857/1‑149 (MQ=255) cGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTg > 4:322350/1‑149 (MQ=255) ggTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGt < 6:29085/149‑1 (MQ=255) ccGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGGCGGACTGGAGCaag > 1:218317/1‑112 (MQ=255) ccGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGGCGGACTGGAGCaag < 2:218317/114‑3 (MQ=255) gATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGGCGGACTGGAGCaa > 4:150822/1‑110 (MQ=255) gATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGGCGGACTGGAGCaa < 3:150822/111‑2 (MQ=255) gTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGcc < 8:13437/148‑1 (MQ=255) aCCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAggg > 6:130501/1‑149 (MQ=255) gTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGa > 1:95890/1‑149 (MQ=255) aTGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGt < 3:113857/149‑1 (MQ=255) aTGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGt < 5:130501/149‑1 (MQ=255) tGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTg > 2:94544/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGc > 1:69890/1‑149 (MQ=255) gcTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGc > 2:248630/1‑147 (MQ=255) ggTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGttt < 2:316856/148‑1 (MQ=255) gTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGa < 1:248630/149‑1 (MQ=255) aTTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt < 8:85682/82‑1 (MQ=255) aTTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCtt > 7:85682/1‑82 (MQ=255) ttCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGaca < 3:183547/148‑1 (MQ=255) gCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAACATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGAtc < 6:167580/127‑1 (MQ=255) gCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAACATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGAtc > 5:167580/1‑127 (MQ=255) cccATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCgg > 7:14669/1‑129 (MQ=255) cccATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCgg < 8:14669/129‑1 (MQ=255) ttCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCctgct > 8:49419/1‑149 (MQ=255) cTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAg < 7:232070/149‑1 (MQ=255) cTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGATTGGCATTGGGGTTGTACTGGCGTTGCACCGGCATCGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCACGTTTGACACCCGCCTCCTGGATCAg > 7:44434/1‑149 (MQ=255) tGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGc > 5:157504/1‑149 (MQ=255) aTGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCTTTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCt < 8:25833/149‑1 (MQ=255) cTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTg < 5:173302/142‑1 (MQ=255) cTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTg > 6:173302/1‑142 (MQ=255) tGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTcc > 5:217169/1‑149 (MQ=255) gccgaaatGCTCCAGGCGGACTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGgcgc > 5:350891/8‑149 (MQ=25) gCTCCCGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCAGTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACgg < 4:196930/147‑1 (MQ=255) tCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGCTCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCg > 2:112194/1‑149 (MQ=255) tCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACACGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCg > 6:6347/1‑149 (MQ=255) gTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCGTCCt > 7:91755/1‑149 (MQ=255) | CCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCCGCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCGTCCT > NC_002947/1025646‑1025931 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |