Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,114,349 | T→A | 10.2% | N153I (AAT→ATT) | rlmF ← | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,114,349 | 0 | T | A | 10.2% | 130.5 / 3.6 | 47 | N153I (AAT→ATT) | rlmF | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/19); new base A (2/3); total (25/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTGCCGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACTTGGGCACCCCT > NC_002947/1114204‑1114497 | gctgCCGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCAtt < 7:118905/147‑1 (MQ=255) ccGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCt < 2:142764/148‑1 (MQ=255) ccGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTg > 1:91697/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTgg < 3:291594/149‑1 (MQ=255) gTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGTCCAGGCCAATGGCCTgggcaaa < 2:83335/149‑6 (MQ=255) ggCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGTCCAGGCCAATGGCCTgggcaaagc < 3:106059/149‑8 (MQ=255) tGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTg > 6:10737/1‑124 (MQ=255) tGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTg < 5:10737/124‑1 (MQ=255) ggAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAgcgc > 8:259130/1‑148 (MQ=255) ggTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCg < 3:297475/149‑1 (MQ=255) ggtcaAAGCGTTCGCCCTCCTGAAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTccgagccgag > 7:213985/1‑148 (MQ=255) gtcaAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAgg > 6:61832/1‑148 (MQ=255) gtcaAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAgg > 8:151565/1‑148 (MQ=255) caAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAg > 8:285877/1‑149 (MQ=255) aaaGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAgc > 5:87325/1‑149 (MQ=255) aaGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAgcg > 2:277895/1‑149 (MQ=255) ttCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGCGCCGAGGAAGCGCCAGc > 6:330422/1‑149 (MQ=255) gCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCgg < 7:151565/148‑1 (MQ=255) gCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCgg < 7:259130/148‑1 (MQ=255) gCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCgg < 2:91697/148‑1 (MQ=255) cctcctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAg > 3:298596/1‑149 (MQ=255) gtcctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGAGGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGt < 8:141749/148‑1 (MQ=255) tcctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGt > 8:157561/1‑148 (MQ=255) tcctGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGt > 6:244883/1‑148 (MQ=255) cagcagGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTccgagccga < 6:296571/125‑1 (MQ=255) cagcagGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTg < 1:277895/148‑1 (MQ=255) cGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCcag > 6:181310/1‑148 (MQ=255) gATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGa > 6:329108/1‑148 (MQ=255) cgcTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATg < 5:181310/148‑1 (MQ=255) cgcTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATg > 2:267987/1‑148 (MQ=255) tCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGt > 2:240344/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAg > 6:38355/1‑140 (MQ=255) ggTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAg < 5:38355/140‑1 (MQ=255) ggTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTg < 5:329108/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGc < 1:267987/149‑1 (MQ=255) 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gTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGAt > 1:152232/1‑143 (MQ=255) aTGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAgcgc > 7:328/1‑149 (MQ=255) gCTTTGCCCAGGCCATTGCCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAgcgcgcg < 8:213985/149‑1 (MQ=255) tatcgtccAGGCCAATGGCCTGGGCGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCAACGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTCGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAgcgcgcg > 7:167833/7‑148 (MQ=255) atcgtccAGGCCAATGGCCTGGGCGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCa < 1:113074/135‑1 (MQ=255) atcgtccAGGCCAATGGCCTGGGCGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCa > 2:113074/6‑140 (MQ=255) cccAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACtt < 6:87325/148‑1 (MQ=255) ccAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACTTgg < 5:244883/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACTTGGGCACCCCt > 1:261752/1‑149 (MQ=255) | GCTGCCGCGGGTGGCTTCGTCGCGTGAGGCATGGAAGGGCGGGTTGCACAGGGTCAGGTCAAAGCGTTCGCCCTCCTGCAGCAGGCCGCTGAGGATGTGCGCTCGGTTGGCCTGCTGGCGCAGGGTAATGGCTTTGCCCAGGCCATTGGCCTGGACGATAGCCTTGGCCGAGGCCAGCGCCACCGGGTCGATGTCCGAGCCGAGGAAGCGCCAGCGGTAGTCACTGTAGCCCAGCAGTGGATAGATGCAGTTGGCCCCCACGCCGATGTCCAGCGCGCGCACTTGGGCACCCCT > NC_002947/1114204‑1114497 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |