| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 164,458 | C→G | 7.2% | A333A (GCG→GCC) | pntB ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 164,458 | 0 | C | G | 7.2% | 254.8 / 9.3 | 83 | A333A (GCG→GCC) | pntB | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/39); new base G (4/2); total (42/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-02 | |||||||||||
ATCGTACGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGC > NC_002947/164311‑164600 | aTCGTACGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCg > 6:57622/1‑149 (MQ=255) aCGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAgg > 3:311945/1‑149 (MQ=255) cGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAgg < 4:168238/148‑1 (MQ=255) cGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGc > 8:7416/1‑149 (MQ=255) ggCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc < 6:147101/149‑1 (MQ=255) ggCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc > 7:80535/1‑149 (MQ=255) ggCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc > 8:200025/1‑149 (MQ=255) gCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCg > 2:219001/1‑149 (MQ=255) ttCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGc > 3:270676/1‑149 (MQ=255) aGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGccc < 8:80535/148‑1 (MQ=255) gCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACGGCCTGGCGGTAGCCCgc < 6:196264/149‑2 (MQ=255) ccTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCgg > 1:205372/1‑148 (MQ=255) cTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGaa < 7:279924/149‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGCTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACGGCCTGGCGGTAGCCCgcgc < 5:186373/149‑4 (MQ=255) gCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACgat < 4:70248/149‑1 (MQ=255) cagcagTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACgatga < 4:311945/149‑1 (MQ=255) tACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCg < 5:122317/134‑1 (MQ=255) tACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCg > 6:122317/1‑134 (MQ=255) tACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAATGATGATCACGc > 7:32111/1‑149 (MQ=255) gTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCCTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGCCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATAACGCTGt > 6:169715/1‑149 (MQ=255) gCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTg < 4:270676/149‑1 (MQ=255) ccGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt > 2:289307/1‑149 (MQ=255) ccGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt < 5:231640/149‑1 (MQ=255) gggCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt > 8:123977/1‑147 (MQ=255) gggCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGa < 5:57622/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACTATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg < 7:270722/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg > 3:34795/1‑149 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg < 2:205372/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg > 1:25210/1‑149 (MQ=255) gCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGc < 3:221701/149‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa < 2:109097/134‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa < 8:117640/134‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa > 7:117640/1‑134 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGt < 4:35419/149‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCCGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa > 1:109097/1‑134 (MQ=255) gTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGt > 8:200604/1‑146 (MQ=255) gTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCa < 7:200604/148‑1 (MQ=255) tGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGc > 4:170284/1‑149 (MQ=255) gCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAAcc > 1:167372/1‑149 (MQ=255) gCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAAc < 1:47861/148‑1 (MQ=255) gCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAAc < 7:200025/148‑1 (MQ=255) gCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAAc > 2:47861/1‑148 (MQ=255) tACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGa < 4:34795/149‑1 (MQ=255) tACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGa > 4:110572/1‑149 (MQ=255) aCTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTATCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGCAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTCAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCggcc > 6:65747/1‑147 (MQ=255) cTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGAc < 3:170284/148‑1 (MQ=255) ttCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACtt > 4:74788/1‑149 (MQ=255) cACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGGGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCa > 1:242185/1‑149 (MQ=255) cGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCCTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCACCCGAACCGGACTTCA‑cc < 8:320118/149‑1 (MQ=255) cACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGc < 8:270230/148‑1 (MQ=255) cACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGc > 7:270230/1‑148 (MQ=255) 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NC_002947/164311‑164600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |