Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 164,466 | C→G | 7.7% | G331R (GGC→CGC) | pntB ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 164,466 | 0 | C | G | 7.7% | 243.4 / 9.4 | 78 | G331R (GGC→CGC) | pntB | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/38); new base G (4/2); total (38/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.36e-01 |
GGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAGGAT > NC_002947/164318‑164607 | ggCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc > 7:80535/1‑149 (MQ=255) ggCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc < 6:147101/149‑1 (MQ=255) ggCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc > 8:200025/1‑149 (MQ=255) gCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCg > 2:219001/1‑149 (MQ=255) ttCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGc > 3:270676/1‑149 (MQ=255) aGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGccc < 8:80535/148‑1 (MQ=255) gCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACGGCCTGGCGGTAGCCCgc < 6:196264/149‑2 (MQ=255) ccTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCgg > 1:205372/1‑148 (MQ=255) cTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGaa < 7:279924/149‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGCTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACGGCCTGGCGGTAGCCCgcgc < 5:186373/149‑4 (MQ=255) gCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACgat < 4:70248/149‑1 (MQ=255) cagcagTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACgatga < 4:311945/149‑1 (MQ=255) tACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCg < 5:122317/134‑1 (MQ=255) tACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCg > 6:122317/1‑134 (MQ=255) tACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAATGATGATCACGc > 7:32111/1‑149 (MQ=255) gTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCCTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGCCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATAACGCTGt > 6:169715/1‑149 (MQ=255) gCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTg < 4:270676/149‑1 (MQ=255) ccGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt < 5:231640/149‑1 (MQ=255) ccGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt > 2:289307/1‑149 (MQ=255) gggCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt > 8:123977/1‑147 (MQ=255) gggCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGa < 5:57622/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACTATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg < 7:270722/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg > 3:34795/1‑149 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg < 2:205372/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTg > 1:25210/1‑149 (MQ=255) gCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGc < 3:221701/149‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa < 8:117640/134‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa < 2:109097/134‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa > 7:117640/1‑134 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGt < 4:35419/149‑1 (MQ=255) cGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCCGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCa > 1:109097/1‑134 (MQ=255) 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gCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAAc < 1:47861/148‑1 (MQ=255) gCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAAc > 2:47861/1‑148 (MQ=255) tACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGa > 4:110572/1‑149 (MQ=255) tACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGa < 4:34795/149‑1 (MQ=255) aCTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTATCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGCAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTCAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCggcc > 6:65747/1‑147 (MQ=255) cTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGAc < 3:170284/148‑1 (MQ=255) ttCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACtt > 4:74788/1‑149 (MQ=255) cACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGGGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCa > 1:242185/1‑149 (MQ=255) cGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCCTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCACCCGAACCGGACTTCA‑cc < 8:320118/149‑1 (MQ=255) cACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGc > 7:270230/1‑148 (MQ=255) 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gCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTTCGCCGCGCCACAGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAGGAt > 2:316799/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAGGAt < 7:7416/149‑1 (MQ=255) | GGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCA‑CCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAGGAT > NC_002947/164318‑164607 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |