| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,310,443 | G→C | 6.7% | L364V (CTG→GTG) | PP_1144 ← | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,310,443 | 0 | G | C | 6.7% | 189.0 / 3.9 | 60 | L364V (CTG→GTG) | PP_1144 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/30); new base C (2/2); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
ATGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTGGCCTGATG > NC_002947/1310295‑1310590 | aTGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAg > 2:80169/1‑149 (MQ=255)aTGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGAAACCAg > 6:234571/1‑149 (MQ=255) tGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAgg < 7:292108/149‑1 (MQ=255) gtggtCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTg < 2:54161/149‑1 (MQ=255) gtggtCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTg < 2:59112/149‑1 (MQ=255) gtggtCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTg < 6:278439/149‑1 (MQ=255) gtCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGtt > 5:111042/1‑149 (MQ=255) tCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGGCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTg < 5:208529/149‑1 (MQ=255) 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gATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGa > 7:282811/1‑149 (MQ=255) tGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATc < 5:93938/149‑1 (MQ=255) tCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGag > 2:262456/1‑148 (MQ=255) cGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTc < 8:282811/149‑1 (MQ=255) gatgCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCgg > 3:167286/1‑149 (MQ=255) tgCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCtt > 1:120035/1‑109 (MQ=255) tgCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCtt < 2:120035/109‑1 (MQ=255) cgcTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGcgtc < 8:226166/149‑1 (MQ=255) gcTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGcgtcg > 3:298719/1‑149 (MQ=255) ggTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGGTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGCTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAgg < 6:111042/149‑1 (MQ=255) gTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGc > 1:97285/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) cacaGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCtt < 1:3086/127‑1 (MQ=255) cacaGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCtt > 2:3086/1‑127 (MQ=255) cacaGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGaa > 2:159566/1‑148 (MQ=255) acaGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTg < 1:31846/102‑1 (MQ=255) acaGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTg > 2:31846/1‑102 (MQ=255) acaGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACa > 2:161912/1‑149 (MQ=255) caGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACAt < 4:298719/149‑1 (MQ=255) aGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTg < 4:15342/100‑1 (MQ=255) aGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTg > 3:15342/1‑100 (MQ=255) aaCTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGa > 2:82076/1‑148 (MQ=255) aCTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACa < 1:82076/149‑1 (MQ=255) caccaAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGc > 2:330522/1‑142 (MQ=255) caccaAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGc < 1:330522/142‑1 (MQ=255) caccaAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGCGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGACGATGACTAGGAACATgacagacatcgg > 1:26847/1‑144 (MQ=255) gcgcgcAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGc < 2:109782/149‑1 (MQ=255) gcgcAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTg > 2:250125/1‑149 (MQ=255) cgcAACCACGACCTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTgg > 3:58563/1‑149 (MQ=255) 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ggTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGAGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAgg > 3:233984/1‑77 (MQ=255) | ATGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTGGCCTGATG > NC_002947/1310295‑1310590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |