| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,333,351 | G→C | 6.6% | intergenic (+932/‑324) | PP_1157 → / → PP_1159 | acetolactate synthase/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,333,351 | 0 | G | C | 6.6% | 192.9 / 2.6 | 60 | intergenic (+932/‑324) | PP_1157/PP_1159 | acetolactate synthase/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base C (2/2); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
GCCTATCGGCCGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTACCAATGGCTGGCCGATCGGC > NC_002947/1333208‑1333496 | gCCTATCGGCCGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCt > 2:95822/1‑149 (MQ=255) aTCGGCCGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCAt > 8:79793/1‑149 (MQ=255) ggCCGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCTCGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGc < 7:281251/149‑1 (MQ=255) ggCCGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGc < 7:211076/149‑1 (MQ=255) gCCGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGCGCCCTGCAtcatc < 1:265999/149‑5 (MQ=255) ccGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCt > 5:219882/1‑149 (MQ=255) gATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGa > 8:54530/1‑149 (MQ=255) tgctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATg < 6:72629/126‑1 (MQ=255) tgctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATg > 5:72629/1‑126 (MQ=255) gctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCATAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGCGCCCTGCAtcat < 3:191427/127‑4 (MQ=255) gctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCAGAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGCGCCCTGCAtcat > 4:191427/1‑124 (MQ=255) gctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACgg > 5:188751/1‑147 (MQ=255) ctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACg < 2:278792/145‑1 (MQ=255) ctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGc < 3:305811/147‑1 (MQ=255) ctgGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAg > 5:305791/1‑149 (MQ=255) ggACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAgcgc < 6:305791/149‑1 (MQ=255) aCATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCAt > 6:34686/1‑149 (MQ=255) aCATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGCGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCAt < 7:260192/149‑1 (MQ=255) aTCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGt < 1:95822/149‑1 (MQ=255) gTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTc < 3:132002/145‑1 (MQ=255) gTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTc < 7:54530/145‑1 (MQ=255) ccGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACg < 7:79793/148‑1 (MQ=255) ccGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGt < 2:62331/149‑1 (MQ=255) cACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATcgcc > 5:250389/1‑149 (MQ=255) ggCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAAcc > 7:282190/1‑149 (MQ=255) aCATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAgcgg > 2:329078/1‑149 (MQ=255) atcTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACgg < 4:150419/88‑1 (MQ=255) atcTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACgg > 3:150419/1‑88 (MQ=255) atcTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAgcggggcgg > 2:324539/1‑149 (MQ=255) atcTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAgcggggcgg < 5:34686/149‑1 (MQ=255) cAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGgcgc < 2:258566/148‑1 (MQ=255) aGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCtt > 6:312001/1‑149 (MQ=255) ccTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTcc > 2:317360/1‑149 (MQ=255) ccTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTcc > 8:269758/1‑149 (MQ=255) tCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGttt > 6:234277/1‑99 (MQ=255) tCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGttt < 5:234277/99‑1 (MQ=255) aacaacTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTggg > 8:142749/1‑149 (MQ=255) aacaacTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTgg < 1:317360/148‑1 (MQ=255) aacaacTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTg < 6:219882/147‑1 (MQ=255) cTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCGGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGgc > 6:274312/1‑145 (MQ=255) cTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCGGGGCGCTGCATGGCCGCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGgc < 5:274312/145‑1 (MQ=255) gggTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCg > 8:26236/1‑149 (MQ=255) ggTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGc > 2:32494/1‑149 (MQ=255) ggTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGc < 6:188751/149‑1 (MQ=255) gTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGAGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCt < 8:171195/149‑1 (MQ=255) aTGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTggg > 5:328337/1‑138 (MQ=255) aTGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTggg < 6:328337/138‑1 (MQ=255) gACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCg > 4:204569/1‑149 (MQ=255) aCCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGc > 1:217717/1‑149 (MQ=255) cccGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCg < 1:32494/149‑1 (MQ=255) ccgccgCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCgg > 7:170664/1‑149 (MQ=255) ccgccTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTAc < 6:250389/149‑1 (MQ=255) tGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGGCGCCGCGAACCGTGTCTGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTACCAAtgg < 8:170664/148‑1 (MQ=255) ttCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAAc < 1:100842/84‑1 (MQ=255) ttCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAAc > 2:100842/1‑84 (MQ=255) ttCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTACCAAtggctg < 7:142749/149‑1 (MQ=255) gatgatGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTACCAAtggctggc < 5:312001/148‑1 (MQ=255) gccatgCAGCGCCCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTACCAATGGCTGGcc > 1:170818/4‑148 (MQ=255) tgCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTACCAATGGCTGGCCGATCg > 5:166424/1‑149 (MQ=255) aGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGAGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGAAAGCCGGTCCCAAAGGCTGGCCGATCGGc > 4:176599/1‑148 (MQ=255) | GCCTATCGGCCGTATCGGCCTGCTGATCTGCTGGGACATCTGGTTCCCGGAAGTACCACGGGTGATGGCCGCACAAGGTGCCGACATCATCTGCAGCCTCAACAACTGGGTATGGACCCCGCCGCCTTTGTTCGATGATGCAGGGCGCTGCATGGCCTCGTACCTGACCATGACGGCAGCGCATGTCAACAACGTTTATATCGCCGCCGCGAACCGTGTCGGCAGCGAGCGGGGCGGGCGCTTCCTGGGCTGCTCGCTGATCGCCGGTACCAATGGCTGGCCGATCGGC > NC_002947/1333208‑1333496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |