Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,449,140 | G→A | 7.1% | *287* (TGA→TAA) | PP_1266 → | fusaric acid resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,449,140 | 0 | G | A | 7.1% | 162.4 / 2.5 | 56 | *287* (TGA→TAA) | PP_1266 | fusaric acid resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/26); new base A (2/2); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
GAGCTGATCGCCGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATGCAACATCTTTTG > NC_002947/1448992‑1449285 | gAGCTGATCGCCGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTg < 2:87621/149‑1 (MQ=255) gAGCTGATCGCCGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTg < 2:129102/149‑1 (MQ=255) gCTGATCGCCGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGAc < 3:133461/149‑1 (MQ=255) gCTGATCGCCGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGCTGCGGCTGGCACAGCGGGGGACGTTGCGCATTCACATCGAAGAAGTGCCGGAAGGGTGTTGGCTGGCGGCGGGCACGACATGTACGGTGGAATTCAAGCCTG‑GCGAAGGTAGa > 8:128745/1‑148 (MQ=255) tCGCCGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTcg > 3:178491/1‑149 (MQ=255) ccGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGa > 1:300688/1‑149 (MQ=255) aCGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCa > 2:111351/1‑149 (MQ=255) agccGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCTGAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGGGGCGGGGGCGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCgg < 8:161537/147‑1 (MQ=255) aCCCGACCTTCAACTGTGTGCGGCTGGCACAGCGTGTGCCGTTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCgg < 6:188682/149‑1 (MQ=255) cGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCt > 4:252388/1‑149 (MQ=255) gACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTc > 5:262803/1‑149 (MQ=255) aCCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTcc < 3:143456/149‑1 (MQ=255) ttCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTcgc > 6:280691/1‑130 (MQ=255) ttCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTcgc < 5:280691/130‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGcatc < 5:11129/148‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGcatc > 6:11129/1‑148 (MQ=255) ggTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑Ct < 5:203837/148‑1 (MQ=255) gTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGcatc < 4:15188/143‑1 (MQ=255) gTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGcatc > 3:15188/1‑143 (MQ=255) ggCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGAGGGa < 2:26355/149‑1 (MQ=255) acaGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCctgc > 7:229912/1‑149 (MQ=255) acaGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCctgc > 2:70501/1‑149 (MQ=255) caGCGGGTGCCGGTGCGCTTTCTCATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGTTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GGGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCTTCAT‑CTGTGGGAGCCctgct < 3:151177/149‑1 (MQ=255) caGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACTTCGATGAAGTGACGGAAGGGTTTTTGCTGTCGGCGGGGTCTTCGTGTACGTTGGTAGTCAAGCCTG‑TCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCGTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCctgct < 2:100913/149‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGTTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGGAGTCAAGCCTT‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGat < 7:128745/149‑1 (MQ=255) gggTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCTGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGatg < 5:8865/149‑1 (MQ=255) tGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGatgcat < 2:300688/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGatgcatgc < 4:178491/149‑1 (MQ=255) acaTCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTc > 2:27409/1‑149 (MQ=255) gATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGGTGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCt < 5:237028/148‑1 (MQ=255) aTGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCAGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTCGAAGTCAAGCATG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CAGTGGGAGCCCTCCTGCTGCAGGCGTATTAGCCCGTCGGCTc > 4:112274/1‑148 (MQ=255) cGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑Ctgtg > 8:120366/1‑101 (MQ=255) cGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑Ctgtg < 7:120366/101‑1 (MQ=255) gAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAg > 4:331935/1‑149 (MQ=255) cggGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTc < 8:229912/149‑1 (MQ=255) ggggACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTcc < 6:262803/149‑1 (MQ=255) ggACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCa < 1:70501/149‑1 (MQ=255) gacgacGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCaa > 5:194037/1‑149 (MQ=255) gacgTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTGAGCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATc > 1:178379/1‑149 (MQ=255) gtgtACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCATACTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTc > 1:276051/1‑149 (MQ=255) tgtACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCg < 5:323848/149‑1 (MQ=255) tACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTTCCAATCGTCCGGt < 3:252388/149‑1 (MQ=255) gtAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCGATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGc > 2:249539/1‑149 (MQ=255) gTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCg < 1:27409/148‑1 (MQ=255) tCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAACCGTCCGGTGGGTTGCCGc > 1:277319/1‑148 (MQ=255) aaGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTAt > 3:285351/1‑149 (MQ=255) gCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCCTCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCACCTGGTCGCAATCGTCCGGTGGGTTGACGCTATg > 6:249666/1‑148 (MQ=255) gCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATg > 5:269643/1‑148 (MQ=255) gCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATGc < 4:285351/149‑1 (MQ=255) ggtcgCGAAGGTCAACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTg > 4:159699/5‑139 (MQ=255) ggtcgCGAAGGTCAACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTg < 3:159699/135‑1 (MQ=255) cgCGAAGGTCAACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCg > 2:267034/2‑139 (MQ=255) cgCGAAGGTCAACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGATCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCg < 1:267034/138‑1 (MQ=255) gCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATGCAACAt > 4:320258/1‑149 (MQ=255) gCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATGCAACAt < 2:276051/149‑1 (MQ=255) gAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTACGGTGGGTTGCCGCTATGCAACATCt > 5:345495/1‑149 (MQ=255) ggTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATGCAACATCtttt > 1:59572/1‑149 (MQ=255) gTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATGCAACATCTTTTg < 6:345495/149‑1 (MQ=255) | GAGCTGATCGCCGACGTGAACCCGACCTTCAACTGGGTGCGGCTGGCACAGCGGGTGCCGGTGCGCATTCACATCGATGAAGTGCCGGAAGGGTTTTTGCTGGCGGCGGGGACGACGTGTACGGTGGTAGTCAAGCCTG‑GCGAAGGTTGACCTTCGCGACCATCCCGGCCTCCCGCATCAT‑CTGTGGGAGCCCTGCTGATGCATGCGTATTAGCCAGTCGGCTCAATCTGCGGCAGCCTCTTGCAGCAACTGGTCCCAATCGTCCGGTGGGTTGCCGCTATGCAACATCTTTTG > NC_002947/1448992‑1449285 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |