Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,524,047 | G→C | 7.6% | A251P (GCT→CCT) | murG → | UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑N‑acetylmuramyl‑ (pentapeptide) pyrophosphoryl‑undecaprenol N‑acetylglucosamine transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,524,047 | 0 | G | C | 7.6% | 146.9 / 2.1 | 50 | A251P (GCT→CCT) | murG | UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑N‑acetylmuramyl‑ (pentapeptide) pyrophosphoryl‑undecaprenol N‑acetylglucosamine transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/20); new base C (2/2); total (27/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
GCCCTGTCCGAGGTGCCCGCGGCGCTGCGGCCAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTCACAACGCCCAATATCTGGCCCGCGA > NC_002947/1523906‑1524195 | gCCCTGTCCGAGGTGCCCGCGGCGCTGCGGCCAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATgg > 5:185556/1‑149 (MQ=255) tCCGAGGTGCCCGCGGCGCTGCGGCCAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGCCATAAGCCTggg < 2:179570/148‑1 (MQ=255) tCCGAGGTGCCCGCGGCGCTGCGGCCAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGCCATAAGCCTggg < 5:349895/148‑1 (MQ=255) ctggccGCAGCGCCGCGGGCAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCt > 4:215810/5‑149 (MQ=255) gcTGCGGCCAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTgcc < 5:103707/149‑1 (MQ=255) ggcAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTgccgggccg < 8:157526/147‑1 (MQ=255) gtTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGCCTTATGGCTGGTCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGa > 5:224160/1‑149 (MQ=255) ccaccaGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTg > 2:13929/1‑149 (MQ=255) ccaGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGCTCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCa < 8:280931/149‑1 (MQ=255) ccaGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGt > 2:183494/1‑147 (MQ=255) ccaGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCa < 1:183494/149‑1 (MQ=255) caGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAg > 3:239777/1‑149 (MQ=255) caGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAg > 8:306638/1‑149 (MQ=255) cGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCGTTGACTGTCAGCGAAc > 3:62250/1‑149 (MQ=255) cGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAAc > 7:159399/1‑149 (MQ=255) cGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAAc > 4:245693/1‑149 (MQ=255) ggCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACt < 3:215810/149‑1 (MQ=255) cAATCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCCTTATGACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGATCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTgg < 1:260620/149‑1 (MQ=255) aaGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTgg > 6:182575/1‑148 (MQ=255) aaGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTgg > 4:195417/1‑148 (MQ=255) aaGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGgc < 5:182575/149‑1 (MQ=255) cagcaCGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGgcagc < 8:51814/149‑1 (MQ=255) gcacgcacCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGgcagcag < 8:159399/149‑1 (MQ=255) acgcacCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGgcagcag > 3:55320/1‑147 (MQ=255) cgcacCGATCACCGCCGAGCGTTCTCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGcagcagcag < 3:87257/149‑1 (MQ=255) acCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGgcc > 8:117322/1‑149 (MQ=255) gATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGgcctgc < 7:306638/149‑1 (MQ=255) aCCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCtt < 4:55320/148‑1 (MQ=255) aGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTg < 7:117322/149‑1 (MQ=255) aGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCGTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTAGGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTg < 1:233453/149‑1 (MQ=255) cGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTg < 1:285233/147‑1 (MQ=255) cGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTg > 2:285233/1‑147 (MQ=255) tCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCtt > 3:295789/1‑149 (MQ=255) gAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCGTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCtt > 1:194444/1‑145 (MQ=255) gAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCtt < 2:194444/145‑1 (MQ=255) aGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGTCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGccc > 6:339361/1‑149 (MQ=255) gggcgTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCAcg < 4:239777/149‑1 (MQ=255) cgcgGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCCGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATcg > 3:60132/1‑149 (MQ=255) tCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGAt > 4:156803/1‑148 (MQ=255) ggTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCAcc > 4:318076/1‑149 (MQ=255) agagCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGa > 2:59346/1‑149 (MQ=255) ccTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTca > 7:303492/1‑149 (MQ=255) ccTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTca < 3:318076/149‑1 (MQ=255) cTTTTATCAAAGATTTGGCCCAGTCTTTTTGCTGGGCCGAGCTGGGGGTGTGCGGGGCGGGTGGCTGGACTGTCAGCGAACTGGCAGGAGCTGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGTCGATCACCTGAGTct < 4:60132/148‑2 (MQ=255) catcaAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTCACAAc < 3:245693/148‑1 (MQ=255) atcaAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGt < 4:207655/107‑1 (MQ=255) atcaAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGt > 3:207655/1‑107 (MQ=255) tcaAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTCACAACGcc > 8:263002/1‑149 (MQ=255) cccAGCCATAAGCCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTCACAACGCCCAATATCTGGcc > 7:205535/1‑149 (MQ=255) aGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTCACAACGCCCAATATCTGGCCcgc > 2:337650/1‑149 (MQ=255) gCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTCACAACGCCCAATATCTGGCCCGCGa < 4:295789/149‑1 (MQ=255) | GCCCTGTCCGAGGTGCCCGCGGCGCTGCGGCCAGAGGTGTTCCACCAGGCCGGCAAGCAGCACGCACCGATCACCGCCGAGCGTTATCACGAGGCGGGCGTCGCGGCTCAGGTAGAGCCTTTCATCAAAGACATGGCCCAGGCTTATGGCTGGGCCGACCTGGTGGTGTGCCGGGCCGGTGCCTTGACTGTCAGCGAACTGGCAGCAGCAGGCCTGCCTTCGATGCTGGTGCCTTTGCCCCACGCGATCGACGATCACCAGACTCACAACGCCCAATATCTGGCCCGCGA > NC_002947/1523906‑1524195 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |