Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,591,249 | C→T | 7.7% | P215P (CCG→CCA) | PP_1395 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,591,249 | 0 | C | T | 7.7% | 144.5 / 2.3 | 52 | P215P (CCG→CCA) | PP_1395 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/24); new base T (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 |
GTCGTTCAACATCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTAGAGAATCTCGCGGCGGAACAGCGGCGC > NC_002947/1591105‑1591392 | gtcgtTCAACATCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGACGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCGTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGgtt < 6:69973/149‑1 (MQ=255) gtcgtTCAACATCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGgtt > 5:181093/1‑149 (MQ=255) ttCAACATCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGttgttg < 2:69953/149‑1 (MQ=255) aCATCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAg < 6:181093/149‑1 (MQ=255) cagaagcagcTGCGCCTGCAGGAGGCGCGGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAgt > 5:133941/5‑149 (MQ=255) aTCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAgtt > 3:222368/1‑149 (MQ=255) aTCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAgtt > 7:10039/1‑149 (MQ=255) aTCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAgtt < 8:270461/149‑1 (MQ=255) ccgccgCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAgttgttgt > 5:153036/1‑149 (MQ=255) cgccgcGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAgttgttgtt < 1:124842/149‑1 (MQ=255) cgccgcGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAgttgttgtt < 2:220108/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCAGGAGGCGCGGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAg < 6:133941/147‑1 (MQ=255) ctcctGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAg > 5:324022/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATg < 6:153036/148‑1 (MQ=255) aGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGc < 4:222368/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGTGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCt > 2:213955/1‑149 (MQ=255) gctTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGTGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAAcc > 4:94097/1‑149 (MQ=255) cTGGAACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCATAGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCCATACGCACCGGTTGTTGG‑AATTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCAGAGCAATCCCgtt > 2:260547/1‑147 (MQ=255) gTACTGAAGCGGTCTCATCGAGGGCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAATGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGt < 2:83251/146‑1 (MQ=255) tGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTCGCAAACCCGGTCGGTCTg > 7:86636/1‑149 (MQ=255) gggCGCATCGAGGCCACGCCCTCCACCCGGGGGTGCACGGCCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCCTTACCCCGCGGTTGTTGC‑ACGTTGTTGTGCAGCCACGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGtt < 6:324022/149‑1 (MQ=255) ggCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGTGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTg < 3:94097/149‑1 (MQ=255) gCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAAcc > 1:125719/1‑130 (MQ=255) gCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAAcc < 2:125719/130‑1 (MQ=255) aTCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCaa < 7:234513/149‑1 (MQ=255) aTCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGACCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCaa < 1:243778/149‑1 (MQ=255) tCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGTGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAg < 1:213955/149‑1 (MQ=255) tCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTgg > 4:200919/1‑131 (MQ=255) tCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTgg < 3:200919/131‑1 (MQ=255) tCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAg > 1:153541/1‑149 (MQ=255) gAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAgg < 8:86636/148‑1 (MQ=255) aCGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTc < 5:122423/149‑1 (MQ=255) gtggtgCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTCG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAAc > 5:239194/1‑149 (MQ=255) tggtgCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑ATGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTTTCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAAcc < 1:260547/149‑1 (MQ=255) tggtgCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGt < 5:325591/110‑1 (MQ=255) tggtgCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGt > 6:325591/1‑110 (MQ=255) tgCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGcc < 2:71446/139‑1 (MQ=255) tgCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCAATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGcc > 1:71446/1‑139 (MQ=255) cAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGGAAAATTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCATGGCAAACCCGTTGGGTCTGGATGTTGGCCAAGGAAATTTCATACTGCCGGTAACCATGc > 1:275344/1‑149 (MQ=255) aGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCACGGGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCgg > 1:196180/1‑149 (MQ=255) ggTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGcc > 6:57524/1‑149 (MQ=255) gTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACgcag < 5:57524/149‑1 (MQ=255) gAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGc > 5:72410/1‑149 (MQ=255) gACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTag < 2:153541/148‑1 (MQ=255) aCCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCg > 6:167189/1‑127 (MQ=255) aCCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCg < 5:167189/127‑1 (MQ=255) ccTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTagag > 6:117217/1‑148 (MQ=255) ccTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTagag > 2:152351/1‑148 (MQ=255) aC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTAGAGAAtct > 1:278290/1‑149 (MQ=255) gCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTAGAGAATCTcgcg < 2:275344/149‑1 (MQ=255) actcAGAGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTAGAGAATCTCGCGGCGGAACAgcggc < 6:239194/145‑1 (MQ=255) cAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTAGAGAATCTCGCGGCGGAACAGCGgcgc > 2:192043/1‑147 (MQ=255) | GTCGTTCAACATCAGCCGCCGCGCCTCCTGCAGGCGCAGCTGCTTCTGGTACTGAAGCGGGCTCATCGAGGTCACGGCCTTGAAGCGGTGGTGCAAGGTCGAGGTGCTGAGGTTGACCTCAC‑GGGCCAGGTCCTCGATACGCAGCGGTTGTTGG‑AAGTTGTTGTTGAGCCAAGTGATGGCCTGGCAAACCCGGTGGGTCTGGCTGTTGGCCAAGGCAATTTCATACAGCCGGTAACCCTGCGGCCCACGCAGCAGGCGGTAGAGAATCTCGCGGCGGAACAGCGGCGC > NC_002947/1591105‑1591392 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |