Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 187,946 | T→A | 6.7% | F19I (TTC→ATC) | PP_0165 → | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 187,946 | 0 | T | A | 6.7% | 184.1 / 3.0 | 60 | F19I (TTC→ATC) | PP_0165 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/27); new base A (2/2); total (31/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
GATACCAAGCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCTGATGGTCA > NC_002947/187801‑188093 | gATACCAAGCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCtt > 8:167629/1‑147 (MQ=255) aTACCAAGCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCa < 2:3214/148‑1 (MQ=255) aTACCAAGCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAg > 2:127126/1‑149 (MQ=255) tACCAAGCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGt < 8:17681/149‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTgg > 1:286305/1‑147 (MQ=255) gCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGt < 1:328616/149‑1 (MQ=255) tCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATg < 1:127126/148‑1 (MQ=255) gCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTg < 4:2435/149‑1 (MQ=255) gCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTg > 1:334015/1‑149 (MQ=255) aTTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGaaa < 6:204190/148‑1 (MQ=255) tgtgttgAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGc < 8:218057/147‑1 (MQ=255) gaaAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGc < 2:334015/149‑1 (MQ=255) aGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCa > 6:242075/1‑139 (MQ=255) aGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCa < 5:242075/139‑1 (MQ=255) aGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGt > 5:313151/1‑149 (MQ=255) cccGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTgcgc > 3:19116/1‑149 (MQ=255) ccGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCt < 2:286305/149‑1 (MQ=255) cGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATAGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTc > 4:168959/1‑149 (MQ=255) ccGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCa < 6:313151/149‑1 (MQ=255) gCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGcc > 4:25567/1‑149 (MQ=255) gTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAg > 2:115222/1‑78 (MQ=255) tttACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGa > 2:126220/1‑149 (MQ=255) tACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCATCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTc > 7:193302/1‑121 (MQ=255) tACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCATCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTc > 7:188305/1‑121 (MQ=255) tACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCATCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTc < 8:193302/121‑1 (MQ=255) tACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCATCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTc < 8:188305/121‑1 (MQ=255) cTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCg < 3:51458/149‑1 (MQ=255) ggAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCAc > 2:127790/1‑149 (MQ=255) gAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAgg > 1:126664/1‑138 (MQ=255) gAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAgg < 2:126664/138‑1 (MQ=255) gCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCg > 6:151472/1‑148 (MQ=255) aGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTg > 1:264879/1‑149 (MQ=255) cTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTc > 5:314745/1‑149 (MQ=255) ttCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAg < 6:116223/102‑1 (MQ=255) ttCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAg > 5:116223/1‑102 (MQ=255) aaaCAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGAc > 8:266710/1‑149 (MQ=255) aaaCAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCATGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGTTCAGCCTGGAAAGATCGAGCAGCCAGTACTTAAACCAGCTGCTCTCGAACGCCCAGGATGCGGACACCGCCATGGCGCTTTCGCTGaa > 8:189344/1‑148 (MQ=255) aaCAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACg > 2:13286/1‑149 (MQ=255) aTTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGa < 1:127790/149‑1 (MQ=255) ttGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGaa < 7:266710/149‑1 (MQ=255) cTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTAAGCCTGGATAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTTCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAatat < 1:292159/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATc > 3:182480/1‑148 (MQ=255) ttGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATc < 3:25567/147‑1 (MQ=255) ggCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGAt > 7:289330/1‑106 (MQ=255) ggCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGAt < 8:289330/106‑1 (MQ=255) ggCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATcgac > 4:16453/1‑148 (MQ=255) gCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATcgacga > 6:50060/1‑149 (MQ=255) tGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAg < 5:151472/148‑1 (MQ=255) gCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGc > 4:202507/1‑148 (MQ=255) gCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGc > 3:282598/1‑148 (MQ=255) gCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGc < 1:126220/148‑1 (MQ=255) ccTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCa < 4:228297/93‑1 (MQ=255) ccTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCa > 3:228297/1‑93 (MQ=255) ttCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATgg < 5:50060/148‑1 (MQ=255) gtggtCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGc < 4:282598/148‑1 (MQ=255) gtggtCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCt > 2:36909/1‑149 (MQ=255) tCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCTGATg < 3:168959/149‑1 (MQ=255) gCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCTGATGGt > 6:207330/1‑149 (MQ=255) cTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCTCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCTGATGGTCa < 7:189344/149‑1 (MQ=255) cTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCTGATGGt > 5:69685/1‑147 (MQ=255) cTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCTGATGGTCa < 4:19116/149‑1 (MQ=255) | GATACCAAGCGGCTGTCACGCTGGCAGGATTTGTTGAAGAAAATGCAGGCCGAAGGGTTCCCGGCCGAGCCGGTTTACTGAAGGAGCACAGATGTCACTGTTCAAACAATTGCTGTTGGCCATTTGCCTGTTCCTGGTGGTCGCCTTCAGTGGCAGTTTCATGGTCAGCCTGGAAAGCTCGCGCAGCCAGTACGTCAACCAGCTGCGCTCGCACGCCCAGGATGCGGCCACCGCACTGGCGCTTTCGCTGACGCCGAATATCGACGACCCAGCGATGGTCGAGCTGATGGTCA > NC_002947/187801‑188093 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |