Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,710,161 | T→A | 12.1% | A260A (GCT→GCA) | ppc → | phosphoenolpyruvate carboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,710,161 | 0 | T | A | 12.1% | 145.2 / 10.2 | 58 | A260A (GCT→GCA) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/24); new base A (2/5); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 |
ATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAA > NC_002947/1710022‑1710302 | aTGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGTGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCAGCCGTCAca < 1:64198/149‑2 (MQ=255) gCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGCAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGCCCGTGATCGCAAACCCAAAGT‑GACGGCTGCCGTCACCcg > 8:229520/1‑149 (MQ=255) ccATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCcgc > 1:162620/1‑149 (MQ=255) ccATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCAGCCGTCAcattg < 3:224329/149‑5 (MQ=255) cATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCATTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCcgc > 6:63311/1‑148 (MQ=255) aTCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCcgcg > 4:200004/1‑148 (MQ=255) aTCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCAGCCGTCAcattggg < 2:227516/149‑7 (MQ=255) cccAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTc > 4:81701/1‑138 (MQ=255) cccAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTc < 3:81701/138‑1 (MQ=255) ccACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTcc > 6:294891/1‑149 (MQ=255) aCCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCATTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCctg < 5:63311/149‑1 (MQ=255) cgcAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCctg < 5:217893/144‑1 (MQ=255) cgcAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCctg > 6:217893/1‑144 (MQ=255) cgcAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGgc < 7:224561/149‑1 (MQ=255) cAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGgcgc > 6:138914/1‑149 (MQ=255) ggTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCt < 6:258812/149‑1 (MQ=255) gTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGcc > 1:296729/1‑117 (MQ=255) gTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGcc < 2:296729/117‑1 (MQ=255) tCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGGCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTgg < 6:344768/149‑1 (MQ=255) gACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGAt > 1:301879/1‑149 (MQ=255) gACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGAt > 4:313740/1‑149 (MQ=255) gACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAAAATGGTGGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGa > 1:115590/1‑149 (MQ=255) aCAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATg < 5:138914/149‑1 (MQ=255) ggCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGgccg > 7:118383/1‑149 (MQ=255) cccTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGgccgcc < 3:200004/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGgccgcc > 8:14141/1‑148 (MQ=255) ggAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGt > 4:283868/1‑149 (MQ=255) tGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATACGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgcgc > 1:46237/1‑148 (MQ=255) cgcctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATc < 2:162620/147‑1 (MQ=255) gcctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGAt < 2:46237/149‑1 (MQ=255) ctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATg > 2:117853/1‑148 (MQ=255) ccGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCa < 7:14141/147‑1 (MQ=255) ccGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGCGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCa < 5:294891/147‑1 (MQ=255) cGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTg < 3:313740/149‑1 (MQ=255) gCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCTGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTgg > 6:78483/1‑149 (MQ=255) cTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGgc > 4:319028/1‑149 (MQ=255) gAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGgccgc > 8:242022/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGgccgcc > 8:9120/1‑148 (MQ=255) tCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATg < 3:283868/149‑1 (MQ=255) cGCTTTGCCTCGTGGAGGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GCCGGCTGCCGTCACCCGGGAATTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGGTCGACATCGATGCACTGGGCGGCGAGTTGTCCATgca < 7:207100/149‑1 (MQ=255) ccTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGc < 7:9120/148‑1 (MQ=255) cTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGcc > 7:212320/1‑148 (MQ=255) gTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCGGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCaa < 5:78483/147‑1 (MQ=255) ggggACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGa > 8:261296/1‑116 (MQ=255) ggggACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGa < 7:261296/116‑1 (MQ=255) gggACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTgcgc < 7:242022/149‑1 (MQ=255) ggACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTgcgc > 3:136661/1‑148 (MQ=255) gTGATGGCAACCCCAAGGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCTAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGTCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAg < 7:229520/149‑1 (MQ=255) ggCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCg < 3:311028/88‑1 (MQ=255) ggCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCg > 4:311028/1‑88 (MQ=255) aaCCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGa < 4:136661/149‑1 (MQ=255) cccAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGATATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAg > 4:15897/1‑149 (MQ=255) cccAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCACCGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAg > 1:320/1‑149 (MQ=255) ccAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGt < 2:115590/149‑1 (MQ=255) gggt‑gACGGCAGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGc < 2:45989/138‑1 (MQ=255) gggt‑gACGGCAGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGc > 1:45989/3‑140 (MQ=255) gggt‑gACGGCAGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGcc > 5:158784/3‑149 (MQ=255) t‑gACGGCAGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGaa < 6:158784/149‑1 (MQ=255) tGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTgc > 3:204479/1‑116 (MQ=255) tGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTgc < 4:204479/116‑1 (MQ=255) | ATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGT‑GACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAA > NC_002947/1710022‑1710302 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |