| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,987,440 | T→C | 10.1% | L232S (TTG→TCG) ‡ | PP_1778 → | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,987,440 | 0 | T | C | 10.1% | 182.0 / 9.7 | 69 | L232S (TTG→TCG) ‡ | PP_1778 | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/30); new base C (4/3); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
AGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTAC > NC_002947/1987299‑1987584 | aGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAg > 4:65557/1‑149 (MQ=255) ttgttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCgc < 8:70049/148‑2 (MQ=255) gttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTAAATGTGATACCTTAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGtt < 8:51391/148‑1 (MQ=255) ttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTTCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGt < 8:48843/149‑1 (MQ=255) cTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTc < 4:312427/148‑1 (MQ=255) gTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCAt < 2:289556/147‑1 (MQ=255) cccAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGTCGGTTGTCATGACCGGGa > 1:11257/1‑149 (MQ=255) cccAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGa > 2:267553/1‑149 (MQ=255) gTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCtt < 1:168529/149‑1 (MQ=255) tACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑g < 2:11257/148‑1 (MQ=255) aCATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGt > 1:188724/1‑149 (MQ=255) tGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCtg > 4:176502/1‑149 (MQ=255) tCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCtgttg > 5:82947/1‑149 (MQ=255) aaTGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTgttgtt < 2:191585/149‑1 (MQ=255) tgtgATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGc > 8:38748/1‑149 (MQ=255) gATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGAttt < 8:171679/99‑1 (MQ=255) gATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGAttt > 7:171679/1‑99 (MQ=255) ccTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGcct > 3:122026/1‑149 (MQ=255) cTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa < 2:276673/96‑1 (MQ=255) cTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa > 1:276673/1‑96 (MQ=255) acCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcctg > 4:53773/1‑149 (MQ=255) ccTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTg > 8:28205/1‑125 (MQ=255) ccTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTg < 7:28205/125‑1 (MQ=255) cTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCtgt < 2:143757/149‑1 (MQ=255) ttAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCGCtt > 1:290543/1‑86 (MQ=38) ttAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCGCtt < 2:290543/86‑1 (MQ=38) aGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGc < 6:82947/148‑1 (MQ=255) ttttAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCt > 1:219205/1‑148 (MQ=255) ttttAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCt > 3:83596/1‑148 (MQ=255) ccccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtgg > 6:346984/1‑149 (MQ=255) cccATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggt < 2:219205/149‑1 (MQ=255) cATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtt > 4:265467/1‑147 (MQ=255) cATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggtg > 6:26880/1‑148 (MQ=255) gTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGc > 3:145496/1‑109 (MQ=255) gTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGc < 4:145496/109‑1 (MQ=255) gTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATg > 7:13731/1‑149 (MQ=255) tATCCATTTGTTACTGCTTATCACGAGGTACTCCTGTACGCTAACGCGCCTGATTTTAGTCAGGCGGTTGTAATGACCGGCATTTCCTTTCGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGAt < 1:267553/148‑1 (MQ=255) tCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGAttt > 2:197285/1‑54 (MQ=255) tCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGAttt < 1:197285/54‑1 (MQ=255) ccATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcc > 1:8516/1‑111 (MQ=255) ccATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGcctgttcc < 2:8516/111‑1 (MQ=255) gTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAg < 8:100336/148‑1 (MQ=255) ttACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGcc > 7:274534/1‑149 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTc > 8:110957/1‑112 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTc < 7:110957/112‑1 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGa < 5:26880/149‑1 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGa < 4:122026/149‑1 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGa < 3:53773/149‑1 (MQ=255) cTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGa < 2:188724/148‑1 (MQ=255) cTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTCCTTGGCCTGTGCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAg > 5:116778/1‑149 (MQ=255) aTCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGGCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAgtg > 5:76929/1‑149 (MQ=255) acgacgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTtc > 1:325884/1‑99 (MQ=255) acgacgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTtc < 2:325884/99‑1 (MQ=255) gTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGAt < 4:83596/149‑1 (MQ=255) gTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGAt < 8:274534/149‑1 (MQ=255) aCTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGAtgt > 5:221115/1‑149 (MQ=255) 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cgcCTGACTCAAATCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACaaaa > 6:192536/1‑149 (MQ=255) gcCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAAc > 1:25933/1‑149 (MQ=255) cTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGt < 8:102131/149‑1 (MQ=255) aTTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTa < 3:176502/147‑1 (MQ=255) aTTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTAc < 6:76929/148‑1 (MQ=255) | AGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTGTCATGACCGGGATTTCCTTT‑GGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTAC > NC_002947/1987299‑1987584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |