Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,060,625 | G→A | 7.8% | P2S (CCA→TCA) | PP_1836 ← | ZIP family metal transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,060,625 | 0 | G | A | 7.8% | 142.8 / 2.6 | 52 | P2S (CCA→TCA) | PP_1836 | ZIP family metal transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/26); new base A (2/2); total (23/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 |
CCGCGTTCCAGAGGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTGGACAGGAAATCAGACATGGGATCTAC > NC_002947/2060478‑2060765 | ccGCGTTCCAGAGGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGgtgggtgg > 7:65132/1‑148 (MQ=255) ccGCGTTCCAGAGGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGgtgggtgg > 2:165136/1‑148 (MQ=255) ccGCGTTCCAGAGGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGc < 3:134616/149‑1 (MQ=255) cgcgTTCCAGAGGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCa > 3:20748/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGAGGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGc < 8:65132/149‑1 (MQ=255) gagGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCt < 2:223590/149‑1 (MQ=255) gagGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCt > 2:21039/1‑149 (MQ=255) ggCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCg < 1:239099/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAAt < 4:20748/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAAt > 2:171959/1‑149 (MQ=255) gcggcCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAAt < 1:171959/147‑1 (MQ=255) cggcCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAg < 1:165136/149‑1 (MQ=255) cggcCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAg > 2:200083/1‑149 (MQ=255) ggcCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTc > 5:92600/1‑141 (MQ=255) ggcCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTc < 6:92600/141‑1 (MQ=255) ggcCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGt < 2:140103/149‑1 (MQ=255) ggcCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGt < 1:21039/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTg > 1:335053/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTg > 1:126501/1‑148 (MQ=255) tACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCAGGGGGGTATCGATGGCATGTTGGCGCCAGGCCTGAAGAAGTGAAGGTGGGGCGGCGATTTGGATATGGGTGGGTGGCATGCGAACATCGAATAATTGAATGcag > 1:254664/1‑149 (MQ=255) aCGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGcagt < 5:125647/148‑1 (MQ=255) cGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGcagtca < 6:273561/149‑1 (MQ=255) ccccAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACa > 8:262657/1‑149 (MQ=255) ccccAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACa > 1:224637/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATc < 2:126501/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATc < 8:109514/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATcc < 2:335053/149‑1 (MQ=255) cGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGcc > 2:102412/1‑147 (MQ=255) cGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGACATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGcc > 6:188691/1‑147 (MQ=255) cGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGACATGCGAAACTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATACgac > 6:183843/1‑145 (MQ=255) ggCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGGTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAg < 2:254664/149‑1 (MQ=255) gCCT‑GGGTGTATCGATGGCCTGTTGGGGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTccc < 5:261083/148‑1 (MQ=255) gCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTccgt > 7:294840/1‑147 (MQ=255) ggtgTATCGATGGGCTGTTGGCGCCTGGGGTGCATCAGTTAAGGTGGGGAGGCGCTTAGGCTATTGGTGGGTGTCATGCGAACCTCGAATCAGTGATTGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCTACTTCCGCCAAGGATTCCCTTCTAt < 4:260687/146‑1 (MQ=255) tCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGgcgc < 3:161139/149‑1 (MQ=255) ggCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTAtt > 3:21860/1‑139 (MQ=255) ggCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTAtt < 4:21860/139‑1 (MQ=255) cTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCt > 5:95961/1‑148 (MQ=255) gcgccaacAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGa < 7:277935/140‑1 (MQ=255) ggCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTAt > 3:137269/1‑149 (MQ=255) tcgcCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTa < 5:162315/146‑1 (MQ=255) gcCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTa > 6:162315/1‑145 (MQ=255) aGGCCTGCAGCAGTGAAGTGGGGGCGGCGCTTTGGCTATGTGTGGGTGACATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGGCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCtgtg < 5:183843/149‑1 (MQ=255) aGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGACATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCtgtg < 5:188691/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTgc < 7:63367/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTgc < 8:66217/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGTGCGGCTCTTTGGATATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCATGGATTCCCTTCTATTGGCGCTATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTg < 3:88159/148‑1 (MQ=255) aaGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTg < 6:167202/148‑1 (MQ=255) gggCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTGGACAgg > 8:40614/1‑148 (MQ=255) tttGTCAATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCCAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTGGACAGGAAATCAGACa > 8:56510/1‑149 (MQ=255) ttGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGATTCAGTGAATGCAGTCAGTGTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGCCTATGCTGTGCAGCTAAGCCTCTGGACAGGAAAGCAGACAt > 6:217595/1‑149 (MQ=255) gCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTGGACAGGAAATCAGACATggg < 1:200083/149‑1 (MQ=255) gCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGAGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTGGACAGGAAATCAGACATgg > 5:254570/1‑148 (MQ=255) ggtgggtgGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTGGACAGGAAATCAGACATGGGATCTAc > 6:115584/1‑149 (MQ=255) | CCGCGTTCCAGAGGCTGGCGGCCAGCAGTACGCACACCGCCAGCAGGCTCAGCCCCAGGCCGGCACTGAGCCA‑GGGGGTATCGATGGCCTGTTGGCGCCAGGCCTGCAGCAGTGAAGGTGGGGCGGCGCTTTGGCTATGGGTGGGTGGCATGCGAACCTCGAATCAGTGAATGCAGTCAGTCTACCGAGGGACCTGCGACATCCGCCAAGGATTCCCTTCTATTGGCGCGATAGCTGACTATGCTGTGCAGCAAAGCCTCTGGACAGGAAATCAGACATGGGATCTAC > NC_002947/2060478‑2060765 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |