Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,404,212 | T→C | 6.6% | L280P (CTG→CCG) | PP_2106 → | ammonium transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,404,212 | 0 | T | C | 6.6% | 175.8 / 2.2 | 60 | L280P (CTG→CCG) | PP_2106 | ammonium transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/26); new base C (2/2); total (32/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 |
GGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGG > NC_002947/2404067‑2404356 | ggCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGAt < 3:302700/149‑1 (MQ=255) ggCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGATGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGAt < 2:106209/149‑1 (MQ=255) gCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATg < 2:189803/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCggt < 3:37957/149‑1 (MQ=255) ggCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACACGGTGGGTgcgc > 8:168692/1‑149 (MQ=255) gATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCg > 8:263936/1‑149 (MQ=255) aTCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGc > 3:91986/1‑149 (MQ=255) tCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGc > 4:122874/1‑148 (MQ=255) aaCTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCa < 6:245654/148‑1 (MQ=255) tCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGAt < 4:223590/122‑1 (MQ=255) tCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGAt > 3:223590/1‑122 (MQ=255) gTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCAccaggc > 5:259969/1‑145 (MQ=255) gTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGc < 6:236132/148‑1 (MQ=255) gATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCCGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCtgg > 2:205054/1‑149 (MQ=255) gATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCCGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCtgg > 2:199805/1‑149 (MQ=255) cATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCgg > 1:50968/1‑149 (MQ=255) cATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCAGGCCGGTGGCga < 6:259969/149‑2 (MQ=255) cATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCCGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCgg < 1:199805/149‑1 (MQ=255) cATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCCGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCgg < 1:205054/149‑1 (MQ=255) gtgggtggCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCggggg < 7:168692/148‑1 (MQ=255) gggtggCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCggg > 7:163241/1‑144 (MQ=255) gggtggCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCggg < 8:163241/144‑1 (MQ=255) gtggCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTg < 4:91986/149‑1 (MQ=255) gCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCAGGCCGGTGGCga < 4:230038/138‑2 (MQ=255) gCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCAGGCCGGTGGCga > 3:230038/1‑137 (MQ=255) aCCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCTTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGt > 1:136274/1‑149 (MQ=255) cccTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTc < 3:284535/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCa > 4:271618/1‑149 (MQ=255) gCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCgg > 8:232712/1‑118 (MQ=255) gCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCgg < 7:232712/118‑1 (MQ=255) aaCGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCg > 8:308382/1‑149 (MQ=255) cGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCt < 4:305509/149‑1 (MQ=255) cGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCt < 7:263936/149‑1 (MQ=255) cGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGGGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCt < 5:51583/149‑1 (MQ=255) gggCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGAt < 7:148478/63‑1 (MQ=255) gggCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGAt > 8:148478/1‑63 (MQ=255) gggCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGAt > 4:311947/1‑63 (MQ=255) gCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGGCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGacgacg > 2:141795/1‑149 (MQ=255) gCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGacgacg > 7:222773/1‑149 (MQ=255) aTAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTc > 2:301257/1‑149 (MQ=255) tAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTcc > 3:60661/1‑149 (MQ=255) tAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTcc > 3:171190/1‑149 (MQ=255) aCGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTg > 7:211137/1‑149 (MQ=255) ggCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTggg > 1:185338/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGc > 6:303904/1‑149 (MQ=255) gCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATgg < 7:308382/147‑1 (MQ=255) gggCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGtt < 3:122874/149‑1 (MQ=255) tggtggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATcgac < 8:166349/122‑1 (MQ=255) tggtggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATcgac > 7:166349/1‑122 (MQ=255) tggtggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCAt < 8:222773/149‑1 (MQ=255) gtggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATgg > 6:55576/1‑149 (MQ=255) tggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATcg < 5:207681/117‑1 (MQ=255) tggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATcg > 6:207681/1‑117 (MQ=255) ggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCGTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTc > 5:231276/1‑149 (MQ=255) gATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCtgt < 1:223279/149‑1 (MQ=255) aTTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCtgtg < 4:60661/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTAGGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGc > 6:337618/1‑149 (MQ=255) cGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATcga > 7:99012/1‑99 (MQ=255) cGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATcga < 8:99012/99‑1 (MQ=255) gATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTgg > 2:24578/1‑149 (MQ=255) | GGCGTCAGCGGCCTGGTGGCGATCAACTCGTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCGGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGG > NC_002947/2404067‑2404356 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |