Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 233,833 | C→G | 7.1% | intergenic (+21/+42) | PP_0180 → / ← PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 233,833 | 0 | C | G | 7.1% | 160.8 / 2.4 | 56 | intergenic (+21/+42) | PP_0180/PP_0181 | cytochrome c family protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/30); new base G (2/2); total (24/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 |
GTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGC > NC_002947/233686‑233980 | gTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCcaca < 7:298206/149‑1 (MQ=255) cGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAgg > 2:283675/1‑148 (MQ=255) aCTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGAc < 4:148972/149‑1 (MQ=255) ggggATTGATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCa < 7:210269/148‑1 (MQ=255) ggATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCgcgc > 5:1780/1‑145 (MQ=255) aTTCATGCCGATGCCTACTCGCTGGCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGtc < 3:319111/149‑1 (MQ=255) aTGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGtct > 1:251086/1‑146 (MQ=255) gCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGAt > 1:36341/1‑149 (MQ=255) cGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTAGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCt > 7:311792/1‑149 (MQ=255) gCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTgc < 2:168267/148‑1 (MQ=255) cTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTgcgc > 1:77294/1‑148 (MQ=255) aCTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAg > 4:42803/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCaa < 1:344579/147‑1 (MQ=255) gcgcAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTGCCACAGGGACCCCGCAAGGGATAAAAAATTTCGCAAGCCAGATGCt > 1:135409/1‑147 (MQ=255) gcgcAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCGCAGCTCTTGCGCAACCCTGATGCTCa > 2:210840/1‑149 (MQ=255) ccTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCCCAAGGTCTCAGATCTTTCGCAAAACAGATTCTCAGGCTGGCTGTGgc > 4:233622/1‑149 (MQ=255) ggCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTga < 8:312493/149‑1 (MQ=255) gCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTga < 2:77294/148‑1 (MQ=255) 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ttCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTg < 1:1356/149‑1 (MQ=255) ttCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTACCACAAGGCCCCCGCAAAGTATCAGATATTTAGCAAACCAGATTATAAAGCTGGGGGTTGCGCCATGAGaaatttgtg > 2:130350/1‑142 (MQ=255) cTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAg < 7:33923/93‑1 (MQ=255) tttACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGGTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGttg > 8:8524/1‑146 (MQ=255) ttACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCCCCGGGCCCGCCCCAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCAGAAGCGCAGGCAGGCGGTGGCGCCGTGAGAAAGTTgtgttgg > 6:284957/1‑145 (MQ=255) ttACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGc > 6:159028/1‑148 (MQ=255) tACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGc < 2:102067/147‑1 (MQ=255) cGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAAtt < 3:233622/149‑1 (MQ=255) cGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTAGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAAt < 8:311792/148‑1 (MQ=255) ccGCTGGTGGCTGGCGGAAAAGCGCAGTGTTGGGGCAAATTGATTGTAGCTCCCTCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTg < 1:283675/149‑1 (MQ=255) ccGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGa < 2:251086/149‑1 (MQ=255) gTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACtt < 1:130350/148‑1 (MQ=255) gTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACtt < 6:338014/148‑1 (MQ=255) tggctggcCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTc < 4:194163/149‑1 (MQ=255) gctggcCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGAGAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCaa < 4:31967/149‑1 (MQ=255) aaaGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCAGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCAt < 3:42803/149‑1 (MQ=255) gcgcAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGAc < 5:159028/149‑1 (MQ=255) ctgcGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTg < 5:157924/149‑1 (MQ=255) cAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGt < 4:62924/149‑1 (MQ=255) actgactgGAG‑‑CCTGCGCCGTGCCACACGGCCCCCGCCAGGGCTCAGATCTTGCGCAACCCGGATGCTCAGGCGGGCTGGGGCGCCGTGAGAATGTTCTGTAGCAATTTGACCCTTTAAACGGCGTGATGACCCCGCCTGGTGAGGGAg > 8:7112/1‑149 (MQ=255) actgGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAgcc < 2:36341/147‑1 (MQ=255) gagaccttGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCAGGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCa > 1:129651/8‑149 (MQ=255) agaccttGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTa < 1:145996/135‑1 (MQ=255) cttGCGCGGTCCCTGTGGGACCGCGCAGGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCgg > 1:160223/3‑149 (MQ=255) cTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGc < 6:277856/149‑1 (MQ=255) tGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCa > 2:298228/1‑131 (MQ=255) tGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCa < 1:298228/131‑1 (MQ=255) gcgGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGAt < 5:284957/149‑1 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTc < 2:262532/105‑1 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCgg > 2:160430/1‑138 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCgg < 1:160430/138‑1 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGt > 4:60533/1‑147 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCa > 4:44590/1‑149 (MQ=255) ccACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCa < 4:156131/149‑1 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGc < 7:71156/149‑1 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGc > 4:133135/1‑149 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGc > 8:71156/1‑149 (MQ=255) acaGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGc < 3:44590/149‑1 (MQ=255) | GTTCGACTGGCTGGGGATTCATGCCGATGCCTACTCGCTGTCGGCGCAAGCGGTGGCCTTGCTGGCCATCGTGTTCCTTTACGGCCGCTCGTGGCTGGCCGAAAAGCGCAGTGCTGCGGCCAACTGACTGGAG‑‑CCTGCGCGGTCCCACAGGGACCGCGCAAGGTCTCAGATCTTGCGCAAGCCTGATGCTCAGGCTGGCTGTGGCGCCTTGAGAATGTTCTGTAGCAATTGGACACTTTCAACGGCGTCATGACCCAGGCTGGTCAGGTAGCCGCCATCCGGCTGATCGGTCAGC > NC_002947/233686‑233980 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |