Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,517,013 | A→T | 9.1% | N125I (AAT→ATT) | PP_2210 → | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,517,013 | 0 | A | T | 9.1% | 125.6 / 3.5 | 44 | N125I (AAT→ATT) | PP_2210 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/21); new base T (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGCGCAGGCCATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTACCGGTGGGGCACGCCTGGGC > NC_002947/2516869‑2517157 | aagCGCAGGCCATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCt > 6:95519/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGCCATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCt > 4:331706/1‑147 (MQ=255) cgcAGGCCATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAg < 7:8847/149‑1 (MQ=255) cAGGCCATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGga < 8:297187/149‑1 (MQ=255) cAGGCCATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCACCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGga < 8:54733/149‑1 (MQ=255) cATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCt > 2:46628/1‑149 (MQ=255) tGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTg < 3:2090/149‑1 (MQ=255) cTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGgc < 1:46628/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGc < 2:102991/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGa > 4:23736/1‑149 (MQ=255) ccGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGAc < 5:95519/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGAGCATTGCCCAggcac < 7:197028/116‑4 (MQ=255) cGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGAGCATTGCCCAggcac > 8:197028/1‑113 (MQ=255) gcgcCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTgg < 3:23736/149‑1 (MQ=255) cTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGAGCATTGCCCAggcgc < 4:308720/109‑4 (MQ=255) cTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTCGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGAGCATTGCCCAggcgc > 3:308720/1‑106 (MQ=255) gAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTg < 5:2525/147‑1 (MQ=255) gTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGgctgc > 2:130912/1‑113 (MQ=255) gTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGgctgc < 1:130912/113‑1 (MQ=255) aGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGAcc > 3:4584/1‑148 (MQ=255) cGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCcgcg > 2:60596/1‑148 (MQ=255) acccGATGCGGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCAt < 8:297615/147‑1 (MQ=255) ccGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGACGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCt > 8:238068/1‑149 (MQ=255) cGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGc < 7:211686/114‑1 (MQ=255) cGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGc > 8:211686/1‑114 (MQ=255) gctgctGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATctct < 7:238068/149‑1 (MQ=255) ctgcGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCtgt > 5:341562/1‑147 (MQ=255) ctgcGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGa < 2:266509/149‑1 (MQ=255) tGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTcgc < 6:341562/149‑1 (MQ=255) cGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCt < 1:34028/149‑1 (MQ=255) ggTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCtg > 6:36720/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTgc < 1:60596/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTgc > 2:40220/1‑149 (MQ=255) cTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCGGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCCTCTGCAAAATCTCTGGGAGTCGCGCCTGTGTgcg > 1:321799/1‑149 (MQ=255) tCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTg < 4:229996/113‑1 (MQ=255) tCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTg > 3:229996/1‑113 (MQ=255) aCCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTAcc > 3:273119/1‑149 (MQ=255) aaCTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTACCGGTgg < 4:273119/148‑1 (MQ=255) gcCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTACCGGTGGGGCACGcc > 1:86884/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTACCGGTGGGGCACGCCt > 2:216804/1‑149 (MQ=255) tGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGa > 2:149264/1‑109 (MQ=255) tGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGa < 1:149264/109‑1 (MQ=255) ggCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTACCGGTGGGGCACGCCTgg < 3:331706/147‑1 (MQ=255) cAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTACCGGTGGGGCACGCCTGGGc > 6:122088/1‑147 (MQ=255) | AAGCGCAGGCCATGCTTGAGGCCAACCGCCAGTTGCTGACCGGGCGCCTGGAGGTAGCCGCCGACGGCCCGCATCGGGTCATGCCGATGCTGGCGCTGCTGCGTGAGCGGTACCCTGGTGTCACCGTCAACTTGCGCCTGGGCAATGCTCAGGAGACCTTGGCTGCGCTGCTCGGCGAGCATGCCGACGTGGCGGTGCTGACCGAAATCGAGCCGCGCAAGGGGCTGCATCTGCAAAATCTCTGTGAGTCGCGCCTGTGTGCGCTGTTACCGGTGGGGCACGCCTGGGC > NC_002947/2516869‑2517157 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |