Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,577,632 | G→A | 9.9% | Q255* (CAA→TAA) | PP_2259 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,577,632 | 0 | G | A | 9.9% | 106.6 / 2.1 | 40 | Q255* (CAA→TAA) | PP_2259 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/15); new base A (2/2); total (23/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCACTGCCGGCTTCGGGGCGGCGAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAGGCGCTGTTGAAGATCAGTTGTGCA > NC_002947/2577490‑2577780 | gCACTGCCGGCTTCGGGGCGGCGAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGAt < 8:104793/149‑1 (MQ=255) aCTGCCGGCTTCGGGGCGGCGAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGt > 4:219783/1‑149 (MQ=255) cTGCCGGCTTCGGGGCGGCGAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTACTCGATGtt > 4:67698/1‑149 (MQ=255) cTGCCGGCTTCGGGGCGGCGAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTACTCGATGtt > 2:154821/1‑149 (MQ=255) ccGGCTTCGGGGCGGCGAGTGGTTTCGCGGGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGGTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGtttt < 4:192838/148‑1 (MQ=255) cggcgAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGtt < 2:71965/149‑1 (MQ=255) ggcgAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGttt < 3:219783/149‑1 (MQ=255) ggcgAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGtt > 4:156009/1‑148 (MQ=255) gcgAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATg > 1:68294/1‑130 (MQ=255) gcgAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATg < 2:68294/130‑1 (MQ=255) gcgTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAgg < 6:323217/148‑1 (MQ=255) tGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTAt < 3:156009/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTg > 2:106929/1‑149 (MQ=255) aGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTggcg > 7:91793/1‑149 (MQ=255) tGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTACTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTggcggc < 1:154821/149‑1 (MQ=255) tGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTACTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTggcggc < 3:67698/149‑1 (MQ=255) gTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCt < 1:106929/149‑1 (MQ=255) gcCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCcg > 8:215764/1‑149 (MQ=255) gcCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCcg > 4:167631/1‑149 (MQ=255) cTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCg < 4:208639/148‑1 (MQ=255) cTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCg > 3:208639/1‑148 (MQ=255) agCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAacac > 4:85143/1‑147 (MQ=255) agCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAacac > 6:119624/1‑147 (MQ=255) gAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATc > 2:224819/1‑138 (MQ=255) gAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATc < 1:224819/138‑1 (MQ=255) gtCGGGGATGGCTGAGAAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGATCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGACAAGCAGTATATCGGCCAGGTGGTTGTCGTCCAAAACCTGACCGCGTTCATCGAACACCAGAAAGCCGGccc > 6:325292/1‑147 (MQ=255) ggggATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAggg > 2:166290/1‑149 (MQ=255) gggATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCggt > 5:10408/1‑92 (MQ=255) gggATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCggt < 6:10408/92‑1 (MQ=255) gggATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGc > 6:216151/1‑149 (MQ=255) tGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCg > 8:298125/1‑147 (MQ=255) ttGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAg < 3:167631/148‑1 (MQ=255) ttGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAg > 2:142252/1‑148 (MQ=255) ttGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAg < 1:142252/148‑1 (MQ=255) tGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCAGCTTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAg > 5:196767/1‑147 (MQ=255) tGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAGGCGCTGTTGAAGa > 6:201752/1‑148 (MQ=255) ggAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAGGCGCTGTTGAAGAt > 2:249553/1‑148 (MQ=255) gAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAGGCGCAGTTGAAGATCa > 3:96254/1‑149 (MQ=255) aaCAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGATGTTGTCGGAGGCGCTGTTGAAGATCa < 5:325292/148‑1 (MQ=255) cAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCGGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAGGCGCTGTTGAAGATCAGtt < 5:201752/149‑1 (MQ=255) gCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAGGCGCTGTTGAAGATCAGTTGTGCa > 6:139818/1‑149 (MQ=255) | GCACTGCCGGCTTCGGGGCGGCGAGTGGTTTCGCGTGGGGGGTGCCACTGGCAGTGAAAGCGGTTGCGCCCGGTGGCCTGCAGAGCGAAGGGCTGTTGTCGGGGATGGCTGAGCAGCTGTTGCAGGGGTAACTGGAACAGTTGCTCGATGTTTTGCTGCAGCGGGTTTACGCCAAGCAGGCTATCGGCCCGGTGGTTGGCGGCCAAAACCTGCCCGCGTTCATCGAACACCAGCAAGCCGGCCCAAGGGCTGTCGAGGTTGTCGGAGGCGCTGTTGAAGATCAGTTGTGCA > NC_002947/2577490‑2577780 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |