Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,619,640 | G→A | 7.8% | W60* (TGG→TGA) | PP_2293 → | DNA maturase B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,619,640 | 0 | G | A | 7.8% | 137.6 / 2.4 | 51 | W60* (TGG→TGA) | PP_2293 | DNA maturase B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/22); new base A (2/2); total (27/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 |
GAAGACTTTCGAAAGTTTATCTACCTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATGCCGTTGCTCCAGCACCTCAA > NC_002947/2619494‑2619786 | gAAGACTTTCGAAAGTTTATCTACCTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGt > 5:302957/1‑149 (MQ=255) tttCGAAAGTTTATCTACCTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATTCGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGCCAAGTCATGGGTCACAGc > 4:117262/1‑149 (MQ=255) cGAAAGTTTATCTACCTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCg > 2:268135/1‑148 (MQ=255) tttATCTACCTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCgt < 5:177818/149‑1 (MQ=255) cTACCTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCt > 1:168077/1‑149 (MQ=255) ccTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGc < 3:232031/145‑1 (MQ=255) tGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATgg < 5:65534/122‑1 (MQ=255) tGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTACCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATgg > 6:65534/1‑122 (MQ=255) gAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGc < 7:16379/149‑1 (MQ=255) aaCCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTg > 4:292642/1‑137 (MQ=255) aaCCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTg < 3:292642/137‑1 (MQ=255) cccGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCg > 5:115039/1‑149 (MQ=255) cGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCa > 5:185946/1‑149 (MQ=255) cacccCAGTCCAATACGACATCGACCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTgg < 8:80465/149‑1 (MQ=255) acccCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTgg > 7:142135/1‑148 (MQ=255) acccCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCAATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGt < 8:157849/149‑1 (MQ=255) cccccGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTa < 8:142135/149‑1 (MQ=255) ccGACCAAAACGACATCCCCCGATACCTGCAACACGGTCCCAGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTCGGCAAGTCATCGCTCACACACGCATTCGTGTGCTGGCTCCTATGGCGAAATCCACAACTCCGCATCCTGGTAgtg > 4:93549/1‑149 (MQ=255) ccGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGctc < 8:1623/94‑1 (MQ=255) ccGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGctc > 7:1623/1‑94 (MQ=255) ccTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGATGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGAt < 8:261696/148‑1 (MQ=255) ccTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGAt < 6:302957/148‑1 (MQ=255) cTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGc > 2:106757/1‑149 (MQ=255) acacGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCCATGCGTtct > 2:338948/1‑149 (MQ=255) cacGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAATTCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTtctc < 1:268135/149‑1 (MQ=255) cacGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTtctc < 6:185946/149‑1 (MQ=255) ggTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGAGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAg > 2:11610/1‑149 (MQ=255) gTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACATCCCCAGGCGGCTGCTTGATCCGCTGCGGAAATCCCACAGACCGGCTGCGGGTAGGGACAGACTCCAGCGCCCGCTGCGAATCGTGGTCCAGc > 6:166508/1‑149 (MQ=255) tCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGGCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCATCTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGGCGATGCGTTCTCCAGCt < 3:93549/149‑1 (MQ=255) cccGGCGATGAGACATTGAAGCCTTCAGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATACGTTTGATGGCTCCACTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCATGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTATCCAGCtgc > 4:295990/1‑147 (MQ=255) ccGGCGATTCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTCTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCAGCATCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCg > 6:137481/1‑149 (MQ=255) ccGGCGATGGTTGATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGTCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCACTTGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCGCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCg < 3:295990/149‑1 (MQ=255) ccGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTa < 1:162400/106‑1 (MQ=255) ccGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTa > 2:162400/1‑106 (MQ=255) ggCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTACGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTc < 6:115039/149‑1 (MQ=255) gATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGAGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCaaa < 1:11610/149‑1 (MQ=255) gTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTAAACCGCACGCGCCCATCAGTTCTCCAGCTACGTCAAACGCCt > 4:225509/1‑149 (MQ=255) 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gagTGGGCAAGTCATGAGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATg < 1:55444/143‑1 (MQ=255) gagTGGGCAAGTCATGAGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATg > 2:55444/1‑143 (MQ=255) gggCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATGCCGTTGCTc > 5:134807/1‑148 (MQ=255) ggCAAGTCATGGGTCGCAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAgc < 1:215732/87‑1 (MQ=255) ggCAAGTCATGGGTCGCAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAgc > 2:215732/1‑87 (MQ=255) ggCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGGCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATGCCGTTGCTCCa < 3:117262/149‑1 (MQ=255) gCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTg > 4:330768/1‑68 (MQ=255) gCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTg < 3:330768/68‑1 (MQ=255) tCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATGCCGTTGCTCCAGCACCt > 3:26391/1‑149 (MQ=255) tGGGGCACAGCCGCATTCGTGTCCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATGCCGTTGCTCCAGCACCTCaa < 7:151629/149‑1 (MQ=255) | GAAGACTTTCGAAAGTTTATCTACCTGGTATGGAAACACCTCAACCTCCCCGAACCCACCCCCGTCCAATACGACATCGCCCGATACCTGCAACACGGTCCCCGGCGATGCGTCATTGAAGCCTTCCGAGGAGTGGGCAAGTCATGGGTCACAGCCGCATTCGTGTGCTGGCTCCTCTGGCGAAATCCCCAACTCCGCATCCTGGTAGTGTCCGCCTCCAGCGCCCGCGCCGATGCGTTCTCCAGCTTCGTCAAACGCCTCATCCACGAAATGCCGTTGCTCCAGCACCTCAA > NC_002947/2619494‑2619786 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |