Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,723,641 | T→G | 7.1% | S88R (AGC→CGC) | PP_2384 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,723,641 | 0 | T | G | 7.1% | 171.1 / 4.2 | 56 | S88R (AGC→CGC) | PP_2384 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/26); new base G (2/2); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 |
GCGAAGCGCTGCTGATAGTAGCGAGCGTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCTGGTGGTCAGGCATGAAGATGATCGGGCCGCAGATGGCGGTGAGCATGCCCGGCACGGCAAA > NC_002947/2723494‑2723788 | gCGAAGCGCTGCTGATAGTAGCGAGCGTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTc < 3:222099/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCTGCTGATAGTAGCGAGCGTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAg > 6:232909/1‑149 (MQ=255) ctgctgATAGTAGCGAGCGTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATAc > 2:277293/1‑149 (MQ=255) tagtagCGAGCGTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCgg < 1:277293/149‑1 (MQ=255) tagCGAGCGTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGt > 6:189510/1‑148 (MQ=255) cgagcgTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAAc < 5:114213/149‑1 (MQ=255) agcgTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAg < 5:232909/149‑1 (MQ=255) cagcaTCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAg > 4:60244/1‑149 (MQ=255) ctcGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCaa < 4:152629/134‑1 (MQ=255) ctcGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCaa > 3:152629/1‑134 (MQ=255) cGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATgg > 7:162851/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAg > 2:211912/1‑149 (MQ=255) ggCTGGCGCCTGGCAGAGGTGTGTGTGCTCGCGGAAGTGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCTACATGCTCACCAGCATTCTCATCAATTCGCTGCGGGTCAACTCCACCAGGTCGATGGCTACAAG‑GGAGcc < 6:274590/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCg < 5:6903/113‑1 (MQ=255) ggCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCg > 6:6903/1‑113 (MQ=255) cTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAgg > 8:45652/1‑147 (MQ=255) agagGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGt > 2:45675/1‑149 (MQ=255) gagGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGtt < 5:189510/149‑1 (MQ=255) gagGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGtt < 7:45652/149‑1 (MQ=255) gtgtgtCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAg‑g > 8:78171/1‑126 (MQ=255) 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tgtCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCGCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTAc > 7:169034/1‑119 (MQ=255) tgtCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCGCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTAc < 8:169034/119‑1 (MQ=255) tgtCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCGCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTAc < 8:173956/119‑1 (MQ=255) gtCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAgg > 2:57147/1‑149 (MQ=255) tCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAgg < 2:307364/148‑1 (MQ=255) gcgcAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAgg < 8:162851/147‑1 (MQ=255) 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gccagcTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCTGGTGGTCAGGCATGAAg < 6:203030/149‑1 (MQ=255) ccagcTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCGGGTGGTCAGGCATg > 1:31274/1‑145 (MQ=255) aggaagAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑CGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCTGGTGGTCAGGCATGAAGATGATCGGGCCg > 8:165559/1‑147 (MQ=255) gaagaaGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCTGGTGGTCAGGCATGAAGATGATCGGGCCg > 6:36588/1‑145 (MQ=255) gaTCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCTGGTGGTCAGGCATGAAGATGATCGGGCCg > 4:185278/1‑139 (MQ=255) 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aTGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCTGGTGGTCAGGCATGAAGATGATCGGGCCGCAGATGGCGGTGAGCATGCCcggcacggc < 2:182841/149‑1 (MQ=255) cTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCATCACGTAGGGGTTTATCAGGCTCAGGTTGATCTGGTGGTCAGGCATGAAGATGATCGGGCCGCAGATGGCGGTGAGCATGCCCGGCACGGCaaa < 7:221233/149‑1 (MQ=255) | GCGAAGCGCTGCTGATAGTAGCGAGCGTGCAGCATCTCGACGTCGCCAAGGGCTGGCGCCTGCCAGAGGTGTGTCTGCTCGCGCAAGGGCGGGCTCATGCCAGCCAGCTGCGCAGAAGGAAGAAGATCAACATGCTCACCAGCATGCTCAGCAATACGCTGCGGGTCAACAGCACCAGGGCGATGGCTACAAG‑GGAGCCCAGCAGGTAGGGGTTGAGCAGGCTCAGGTTGAGCTGGTGGTCAGGCATGAAGATGATCGGGCCGCAGATGGCGGTGAGCATGCCCGGCACGGCAAA > NC_002947/2723494‑2723788 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |