Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,922,538 | C→T | 8.8% | R905R (AGG→AGA) | PP_2563 ← | antibiotic biosynthesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,922,538 | 0 | C | T | 8.8% | 156.8 / 5.0 | 57 | R905R (AGG→AGA) | PP_2563 | antibiotic biosynthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/28); new base T (2/3); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 |
CCACTTCCGCCAGGTCACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGAT > NC_002947/2922394‑2922681 | ccacTTCCGCCAGGTCACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGTCTGc > 4:230742/1‑149 (MQ=255) acTTCCGCCAGGTCACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCgg < 5:38006/149‑1 (MQ=255) acAGGTCACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAAca < 4:194389/148‑1 (MQ=255) aGGTCACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAAcagc < 2:124257/149‑1 (MQ=255) gTCACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAAcagcag > 5:75966/1‑149 (MQ=255) caccacCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCt < 5:249020/132‑1 (MQ=255) caccacCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCt > 6:249020/1‑132 (MQ=255) accaccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACg < 7:152852/149‑1 (MQ=255) caccTGGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGc > 7:306667/1‑148 (MQ=255) caccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGc > 8:159361/1‑148 (MQ=255) caccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGc > 2:189822/1‑148 (MQ=255) ccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGTCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCaag < 3:135205/149‑2 (MQ=255) ccTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCaag < 3:230742/149‑2 (MQ=255) cTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCaa > 2:332462/1‑147 (MQ=255) cGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCaag > 2:241677/1‑145 (MQ=255) cGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGTCTGCTGTTTACCCGCAGGCGCaag < 1:241677/146‑2 (MQ=255) cGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAgg < 1:249051/149‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGtt < 7:192321/149‑1 (MQ=255) gctgAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCaa > 3:62750/1‑147 (MQ=255) gctgAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATa < 4:62750/149‑1 (MQ=255) tGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAAcagc < 3:245805/116‑1 (MQ=255) tGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAAcagc > 4:245805/1‑116 (MQ=255) gAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCCCGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTata > 6:108340/1‑99 (MQ=255) tagtGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCATCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGc < 1:332462/149‑1 (MQ=255) gtGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGc > 1:55180/1‑147 (MQ=255) tGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAg > 4:169908/1‑149 (MQ=255) gcTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAgg > 5:332499/1‑149 (MQ=255) gCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAACAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTa > 3:323784/1‑149 (MQ=255) gggTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTAtc > 4:176188/1‑149 (MQ=255) gggTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTAACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTAtc > 4:135237/1‑149 (MQ=255) aTCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAgg < 2:226786/93‑1 (MQ=255) aTCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAgg > 1:226786/1‑93 (MQ=255) tCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCTGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAAAAGCTCAACAGAACCCCTGCAGGGAGTGCCAGGGCTAtcgagaa > 8:285277/1‑143 (MQ=255) cGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGc < 3:176188/148‑1 (MQ=255) ttCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCggg < 5:346701/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCggg > 6:286298/1‑149 (MQ=255) tCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAAca > 5:14881/1‑71 (MQ=255) tCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAAca < 6:14881/71‑1 (MQ=255) tCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTc > 5:77233/1‑116 (MQ=255) tCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTc < 6:77233/116‑1 (MQ=255) ggTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGaaaa < 6:332499/149‑1 (MQ=255) tGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACa < 5:286298/149‑1 (MQ=255) tGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACa < 3:135237/149‑1 (MQ=255) gcgTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAACAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCt < 4:323784/149‑1 (MQ=255) aGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCt < 7:159361/148‑1 (MQ=255) gATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTc > 5:122175/1‑139 (MQ=255) gATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTc < 6:122175/139‑1 (MQ=255) gCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCAc < 7:159533/74‑1 (MQ=255) gCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCAc > 8:159533/1‑74 (MQ=255) ccACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCGACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTg > 6:244644/1‑149 (MQ=255) cACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTg < 1:189822/148‑1 (MQ=255) gatccTGATGATGCTTGCGCATGAGGGTAAACAGCAGTCGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACACCTCCAGCTAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTGGaaa < 6:239407/146‑1 (MQ=255) ctgcCTGTTGCGTCTGGCGCCTGCGTGTAAACCGCAGACGCAACAGGGTGTGCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTGGaaa < 6:239405/147‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGCTTGCGCCTGCTGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTGGAAATGc < 8:53514/149‑1 (MQ=255) gATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACa < 2:101084/116‑1 (MQ=255) gATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACa > 1:101084/1‑116 (MQ=255) aTGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCa < 6:75966/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGat < 8:248485/147‑1 (MQ=255) | CCACTTCCGCCAGGTCACCACCTCGGCCCAGGTGCTGGCTGAACTGGCCGGACGCGAGTAGTGCATGCGCTGGCGGGTCATCTTCGTTCAGGCAGAGGTGGCGCGTTCAGCTGGATCGGCTCCACGCGCCTGATGCTGCTTGCGCCTGCGGGTAAACAGCAGACGCAACAGGGTGTTCCAGCAATAGCTCACCAGTACCCCTCCAGCGAGTGCCAGGGCTATCTCGAACAGCGGGTGCCTGAAAACATGCTCCGCTACCGACTCGAACTGGAAATGCGTCAGGTAGAT > NC_002947/2922394‑2922681 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |