Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,007,079 | T→C | 10.4% | intergenic (+39/+39) | PP_2627 → / ← PP_2628 | membrane protein/ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,007,079 | 0 | T | C | 10.4% | 125.3 / 5.6 | 48 | intergenic (+39/+39) | PP_2627/PP_2628 | membrane protein/ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/23); new base C (3/2); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATCCCATTACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGT > NC_002947/3006933‑3007225 | aaTCCCATTACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTTCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTc < 6:141463/148‑1 (MQ=255) aaTCCCATTACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGATCGGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTc < 1:94773/149‑1 (MQ=255) ttACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTg < 8:121009/149‑1 (MQ=255) cccAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGt < 2:305921/149‑1 (MQ=255) aaCCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATgcgc > 5:56134/1‑149 (MQ=255) cTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCgctgg > 2:142412/1‑149 (MQ=255) tttCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCt < 1:97314/135‑1 (MQ=255) tttCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCt > 2:97314/1‑135 (MQ=255) ttCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGc > 1:181749/1‑149 (MQ=255) gCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGc < 1:142412/147‑1 (MQ=255) ttgttgCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑c > 4:6379/1‑141 (MQ=255) ttgttgCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑c < 3:6379/141‑1 (MQ=255) ttgttgCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGc > 2:110167/1‑149 (MQ=255) ttgCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGc > 8:314051/1‑102 (MQ=255) ttgCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGc < 7:314051/102‑1 (MQ=255) ttgCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCcac < 7:15588/143‑1 (MQ=255) ttgCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCcac > 8:15588/1‑143 (MQ=255) gCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCg < 6:56134/148‑1 (MQ=255) agccagccAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCAc > 8:277479/1‑148 (MQ=255) agccagccAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCAc < 7:277479/148‑1 (MQ=255) tggtgCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCcaca < 7:25149/125‑1 (MQ=255) tggtgCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGCCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCcaca > 8:25149/1‑125 (MQ=255) tgCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTACCTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCAcc < 1:40941/149‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGTCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCATCAcc > 8:71079/1‑147 (MQ=255) gCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCg < 3:229208/127‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCg > 4:229208/1‑127 (MQ=255) cGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAAc < 2:181749/149‑1 (MQ=255) gAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCActct > 3:312455/1‑148 (MQ=255) gggCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGAtg > 3:86606/1‑149 (MQ=255) gCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGAtgct > 3:273498/1‑149 (MQ=255) gCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGAtgct < 5:63006/149‑1 (MQ=255) cTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCAccc > 2:244434/1‑120 (MQ=255) cTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCAccc < 1:244434/120‑1 (MQ=255) tATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAAc > 1:130256/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCtt > 5:277094/1‑149 (MQ=255) cAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACTGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCttttt < 1:110167/149‑1 (MQ=255) cATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGcc < 6:277094/148‑1 (MQ=255) ttGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCCCCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCttttt < 2:35120/142‑1 (MQ=255) ttGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCTCAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCaa > 5:61393/1‑148 (MQ=255) ttGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCttttt > 1:35120/1‑142 (MQ=255) acccAGGCTTCGAAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACa > 4:13459/4‑144 (MQ=255) acccAGGCTTCGAAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACa < 3:13459/141‑1 (MQ=255) ccAGGCTTCGAAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCCCTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCgg > 2:166690/2‑148 (MQ=255) ccAGGCTTCGAAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGAtgctgc < 4:71236/107‑1 (MQ=255) ccAGGCTTCGAAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGAtgctgc > 3:71236/2‑108 (MQ=255) aGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCTCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCAt < 3:335792/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACGCAGTATCCCGCCAAGCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCAt < 5:239656/149‑1 (MQ=255) gCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATgg < 2:130256/149‑1 (MQ=255) tttCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATgg > 3:62317/1‑147 (MQ=255) tttCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGt > 8:175721/1‑149 (MQ=255) tttCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGt > 1:205592/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATgg < 4:62317/145‑1 (MQ=255) | AATCCCATTACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGT > NC_002947/3006933‑3007225 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |