| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,007,080 | C→G | 10.0% | intergenic (+40/+38) | PP_2627 → / ← PP_2628 | membrane protein/ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,007,080 | 0 | C | G | 10.0% | 148.5 / 6.6 | 50 | intergenic (+40/+38) | PP_2627/PP_2628 | membrane protein/ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/22); new base G (3/2); total (26/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
AATCCCATTACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACAGTTCGGCATGGGT > NC_002947/3006933‑3007225 | aaTCCCATTACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTTCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTc < 6:141463/148‑1 (MQ=255)aaTCCCATTACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGATCGGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTc < 1:94773/149‑1 (MQ=255) ttACCCAGCAACCTTTCAAAGGCTTCCGCTTGCCCCGAGGCTTGTTGCAACAGCCAGCCAGTGTGGTGCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTg < 8:121009/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tggtgCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCcaca < 7:25149/125‑1 (MQ=255) tggtgCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGCCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCcaca > 8:25149/1‑125 (MQ=255) tgCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTACCTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCAcc < 1:40941/149‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGTCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCATCAcc > 8:71079/1‑147 (MQ=255) gCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCg < 3:229208/127‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTGCTACCGGAT‑GGGCAGCGACTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCg > 4:229208/1‑127 (MQ=255) 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cTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCAccc > 2:244434/1‑120 (MQ=255) cTATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCAccc < 1:244434/120‑1 (MQ=255) tATGAACCTCGTCAGGGGCGCAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAAc > 1:130256/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCtt > 5:277094/1‑149 (MQ=255) cAGTGCATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACTGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCttttt < 1:110167/149‑1 (MQ=255) cATTGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGcc < 6:277094/148‑1 (MQ=255) ttGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCCCCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCttttt < 2:35120/142‑1 (MQ=255) ttGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCTCAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCaa > 5:61393/1‑148 (MQ=255) ttGACTGTGCAGGCTTTCGAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCttttt > 1:35120/1‑142 (MQ=255) acccAGGCTTCGAAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACa > 4:13459/4‑144 (MQ=255) acccAGGCTTCGAAAGCCTGGGTATGCGCTGGCTGCCCCCGGCCTCTGCTTA‑CTCCACAGCCTCGGCCACGCCCTGATCCTCACCCAGGAACCCGCCACTCTGATGCTGCCACAACCGTGCATAGGTACCCTTTTTCGCCAACa < 3:13459/141‑1 (MQ=255) 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NC_002947/3006933‑3007225 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |