Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,037,488 | T→C | 10.7% | A33A (GCA→GCG) | PP_2649 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,037,488 | 0 | T | C | 10.7% | 122.6 / 5.6 | 48 | A33A (GCA→GCG) | PP_2649 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/25); new base C (2/3); total (20/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
CAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATG > NC_002947/3037341‑3037634 | cAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCtgcttg > 2:196886/1‑149 (MQ=255) gcgtgcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCAc < 5:112797/149‑1 (MQ=255) gcgtgcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCAc < 7:144923/149‑1 (MQ=255) cgtgcgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCAcc < 5:147219/149‑1 (MQ=255) cgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGagc < 8:64390/149‑1 (MQ=255) cgtAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGag < 1:196886/148‑1 (MQ=255) tAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGagcag > 1:67291/1‑149 (MQ=255) cGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTCGCTGCTCGGtgcagcaa < 6:307129/149‑3 (MQ=255) aTGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagca < 7:308899/149‑2 (MQ=255) aTGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTCGCTGCTCGGTGCagcaagca < 2:164872/149‑2 (MQ=255) gcgcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTg < 2:67291/149‑1 (MQ=255) gcAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCt > 6:223014/1‑149 (MQ=255) cccGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGagca > 7:225973/1‑131 (MQ=255) cccGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGagca < 8:225973/131‑1 (MQ=255) cggcggCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAAc > 7:149529/1‑149 (MQ=255) gcCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGAt < 1:276984/149‑1 (MQ=255) ccGTGGGCTCCTGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGTTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGGACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATc < 8:315011/149‑1 (MQ=255) ccGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGAt > 7:78218/1‑148 (MQ=255) ccGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGAt > 4:7574/1‑148 (MQ=255) ccGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATc < 8:78218/149‑1 (MQ=255) tGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCagcgagcg > 8:105218/1‑127 (MQ=255) tGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCagcgagcg < 7:105218/127‑1 (MQ=255) cTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGCTCAACAAgc > 8:261068/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAgcg > 5:92087/1‑149 (MQ=255) tCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTggc > 6:109145/1‑149 (MQ=255) tGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGc < 5:109145/149‑1 (MQ=255) tGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGc < 6:92087/149‑1 (MQ=255) cGGTTGAACAGCAGGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTATGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCa < 7:218613/148‑1 (MQ=255) gTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTAGATGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGCCGCGCGTGCAGGc > 3:301676/1‑149 (MQ=255) ttGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCg < 2:29328/149‑1 (MQ=255) cAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACa > 2:256898/1‑149 (MQ=255) tGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGaa > 3:176113/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAAtt > 8:158623/1‑147 (MQ=255) aaGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAg < 3:43564/149‑1 (MQ=255) tttCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCAGCAGGCTGTTTAAGCCCGACGGTGCTTGCTGCACCGAGCAGGGAGCGGTGCTGGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCATGCGGGACATGTTCGAATTGAGCTATggg < 4:301676/149‑1 (MQ=255) 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tCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCt < 7:158623/148‑1 (MQ=255) cTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTgg < 1:105598/148‑1 (MQ=255) cAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTAt < 3:7574/148‑1 (MQ=255) cAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATAGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTa < 8:149529/147‑1 (MQ=255) gCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTg < 4:176113/147‑1 (MQ=255) ggTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGAt < 1:256898/149‑1 (MQ=255) gACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGTTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATTATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCaa < 7:154400/149‑1 (MQ=255) ctcGCTGCTCGGTGCAGCAAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGTCATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCaa > 7:235574/3‑149 (MQ=255) tcGCTGCTCGGTGCAGCAAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCaa > 1:215219/2‑148 (MQ=255) cttgctGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCATCTCGATCTACATGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGTGACTTGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCTTCCTGGTTATACCGATTTGGATTGTTCTCATTACGAt < 8:39529/148‑1 (MQ=255) cttgctGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATg < 4:16878/149‑1 (MQ=255) | CAACAGGCGTGCGTAGCGGATGGCGCAGTGCCCGGCGGCCGTGGGCTCCAGGCCTCGGTTGGTGCGGTTGAACAGCACGGTGCCGAAGGTGGTTTCGATTTCCTGCAAGGCCTTGCTGGCACCAGGCTGGGTAAGCCCGACGCTGCTTGCTGCACCGAGCAGCGAGCGGTGCTCGTCCAACTCGATCAACAAGCGCAGGTGGCGGGCGTGCAGGCGGGACATGATCGAATTGAGCGATGGGGTCATCTGGTATTCGTCCTGGTTATACCGATATGGATTGTTCTCAATACCATG > NC_002947/3037341‑3037634 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |