Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,060,024 | C→G | 16.1% | A10G (GCC→GGC) | exaE → | transcriptional regulator ExaE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,060,024 | 0 | C | G | 16.1% | 101.2 / 11.4 | 43 | A10G (GCC→GGC) | exaE | transcriptional regulator ExaE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/19); new base G (4/3); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 |
CAGGGGTAGGCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGCAGGTGCCCAACCTGGTGATCATGGACTTTGGCCTGCCCGGTAT > NC_002947/3059878‑3060171 | cAGGGGTAGGCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCg < 6:53341/149‑1 (MQ=255) gggTAGGCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTgg < 2:83994/149‑1 (MQ=255) gTAGGCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTc < 5:182793/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCGCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGGCGTGGTcat < 1:86035/148‑3 (MQ=255) gCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGGCGTGGTcatcg < 1:11230/149‑5 (MQ=255) gCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGGCGTGGTcatc > 2:11230/1‑145 (MQ=255) gCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGcc > 7:171613/1‑149 (MQ=255) cACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCa < 4:72494/145‑1 (MQ=255) cACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCa > 3:72494/1‑145 (MQ=255) cACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAgg < 8:311920/147‑1 (MQ=255) gcCCGTAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTtgc < 7:15930/144‑1 (MQ=255) gcCCGTAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTtgc > 8:15930/1‑144 (MQ=255) ttGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGtgctgc > 8:309804/1‑149 (MQ=255) ttACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAg > 1:290254/1‑149 (MQ=255) 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gCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTg > 7:279196/1‑143 (MQ=255) gCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAg < 3:56248/148‑1 (MQ=255) cccTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAggg < 2:290254/149‑1 (MQ=255) aaCATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGt < 4:306754/145‑1 (MQ=255) aaCATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTaag > 3:306754/1‑146 (MQ=255) aaCATTCCCCACGAGGAGTGATGAATATCGTGTCGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCGACGCCAGCTAGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGGGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACa < 6:196660/148‑1 (MQ=255) ttCCCCAGGAGGTTTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGTTCCGCCAGTGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTTGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGc < 7:252009/149‑1 (MQ=255) cccAGGAGGTGGGATGAATATCGGGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGATGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGCAg < 1:285288/148‑1 (MQ=255) atatCGTGTTGGTCGATGACCACTCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGATTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCTGGTGCGTTAGGCCTCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGCAGGTGCCCACCCGGGTGag > 5:113095/1‑147 (MQ=255) tataGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCAGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCAATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGCAGGTGCCCAACCTGGTGATCa > 1:142406/1‑149 (MQ=255) 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cACGACGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGCAGGTGCCCAACCTGGTGATCATGGACTTTGGCCTGCCCgg > 4:8261/1‑149 (MQ=255) gCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGCAGGTGCCCAACCTGGTGATCATGGACTTTGGCCTGCCCGGTAt > 5:118518/1‑149 (MQ=255) | CAGGGGTAGGCCTGCACTCGATGGCCGAGCGCGCCCGCAGCCTTGGGGGGGAGTTACGCATTTTCAGCCGCCCTGGAGGCGGCTGGGCGCTGGCCCTTAACATTCCCCAGGAGGTGTGATGAATATCGTGTTGGTCGATGACCACGCCGTGGTCCGCCAGGGCTACGCCAGCTTGCTGCGGGCGGTGCTGCCATTGGTGCAGGTGCGTGAGGCCGCCAGTGGTGAAGAGGCGCTGGTCAGGGTACAGGAGCAGGTGCCCAACCTGGTGATCATGGACTTTGGCCTGCCCGGTAT > NC_002947/3059878‑3060171 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |