Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,074,847 | T→C | 8.0% | L151L (CTT→CTC) | PP_2684 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,074,847 | 0 | T | C | 8.0% | 139.2 / 2.1 | 50 | L151L (CTT→CTC) | PP_2684 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/23); new base C (2/2); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
TTGGTATCGATTACCTTGAAAAAGGCATGAGTTATTTTGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGTTGCTGTTGGCCTATCCGGTG > NC_002947/3074699‑3074991 | ttGGTATCGATTACCTTGAAAAAGGCATGAGTTATTTTGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCtt < 8:246984/149‑1 (MQ=255) tGGTATCGATTACCTTGAAAAAGGCATGAGTTATTTTGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCtt > 5:46618/1‑148 (MQ=255) aTCGATTACCTTGAAAAAGGCATGAGTTATTTTGCCGATCCCAAACTTCACGCCAAAGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCt > 1:95414/1‑149 (MQ=255) gTTATTTTGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGc < 2:224525/148‑1 (MQ=255) aTTTTGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCgttg > 8:63865/1‑149 (MQ=255) tttGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGa > 8:125041/1‑136 (MQ=255) tttGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGa < 7:125041/136‑1 (MQ=255) cAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCAc > 2:95368/1‑149 (MQ=255) aaaCTTCACTCAAAGGTCATTATTTTCTTGCTCCTGACCTTCCACGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACt < 6:165801/149‑1 (MQ=255) aCGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGgt < 6:145997/149‑1 (MQ=255) cGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGgtg < 6:46618/149‑1 (MQ=255) cGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTCGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGgtg > 1:223427/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGATTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGgtgt > 7:178051/1‑149 (MQ=255) gTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTg < 1:95368/149‑1 (MQ=255) attattGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGt < 3:64773/148‑1 (MQ=255) tattGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATTTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAg < 5:281252/134‑1 (MQ=255) tattGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAg > 6:281252/1‑134 (MQ=255) gTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATg > 1:3286/1‑148 (MQ=255) tCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCgtt < 7:289333/109‑1 (MQ=255) tCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCgtt > 8:289333/1‑109 (MQ=255) ttGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGc > 4:40364/1‑149 (MQ=255) tGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGc > 6:66987/1‑148 (MQ=255) tCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTCGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTg > 2:134893/1‑111 (MQ=255) tCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTCGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTg < 1:134893/111‑1 (MQ=255) gACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTgg > 3:21335/1‑149 (MQ=255) aCCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTgg < 5:66987/148‑1 (MQ=255) ccTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGc < 2:3286/149‑1 (MQ=255) cTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCg > 1:338482/1‑149 (MQ=255) cAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCgtc < 4:21335/148‑1 (MQ=255) tGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAg < 4:257229/131‑1 (MQ=255) tGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAg > 3:257229/1‑131 (MQ=255) ttgttgCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACt < 7:63865/149‑1 (MQ=255) cATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGc < 8:79936/129‑1 (MQ=255) cATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGc > 7:79936/1‑129 (MQ=255) cATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGc < 2:272877/129‑1 (MQ=255) cATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGc > 1:272877/1‑129 (MQ=255) aTCGTTATGTATTTCCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTgg < 3:40364/149‑1 (MQ=255) aTCGTTATGTATTACCTGCCTTAATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTg > 4:3544/1‑148 (MQ=255) tCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGa < 2:95414/149‑1 (MQ=255) gTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTCGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGaa < 2:223427/148‑1 (MQ=255) ttATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGt > 8:238834/1‑149 (MQ=255) gTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGc > 8:60739/1‑130 (MQ=255) gTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGc < 7:60739/130‑1 (MQ=255) tATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTc < 3:3544/148‑1 (MQ=255) tATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCAACTGGCCTGGAAGTATTCg > 7:137406/1‑149 (MQ=255) cTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGAcc > 7:235002/1‑149 (MQ=255) cTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGt > 1:268272/1‑149 (MQ=255) cTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGt > 1:227465/1‑149 (MQ=255) ttGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGtt > 8:276895/1‑149 (MQ=255) gATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGtt < 7:238834/147‑1 (MQ=255) aGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTTAATCTAGGCGTCCGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTTGGCGGCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGTTGCTGTTg < 8:137406/149‑1 (MQ=255) gCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGTTGCTGTTGGCCTATCCGGtg < 2:268272/148‑1 (MQ=255) tGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCAc > 3:132750/1‑98 (MQ=255) tGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCAc < 4:132750/98‑1 (MQ=255) | TTGGTATCGATTACCTTGAAAAAGGCATGAGTTATTTTGCCAATCCCAAACTTCACGCCAAGGTCATTATTGTCTTGCTCCTGACCTTCAATGGCATGTTGTTGCATCGTTATGTATTACCTGCCTTGATCAAGGCCGGTTCTTTGCTTGACCTGAATATAGGCGTACGGATGTTTGCGTTGTTTTCTGGTGCACTGTCAGGTGTTTCCTGGTTATATGCAGCGATGCTGGGCGTCGGTCGGCCACTGGCCTGGAAGTATTCGTTGACCGAGTTGCTGTTGGCCTATCCGGTG > NC_002947/3074699‑3074991 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |