Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,089,271 | C→A | 9.8% | M314I (ATG→ATT) | metE ← | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,089,271 | 0 | C | A | 9.8% | 116.9 / 4.5 | 41 | M314I (ATG→ATT) | metE | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/22); new base A (2/2); total (17/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 |
ACTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCA > NC_002947/3089138‑3089416 | aCTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCAATGCCg < 6:211721/140‑1 (MQ=255) aCTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCAATGCCg > 5:211721/1‑140 (MQ=255) aCTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCAATGCCg < 4:110065/140‑1 (MQ=255) aCTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTCGCGGGGCAGGGGCGCAATGCCg > 3:110065/1‑140 (MQ=255) tGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGt < 3:232476/142‑1 (MQ=255) tGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGt > 4:232476/1‑142 (MQ=255) gAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAg > 6:212122/1‑149 (MQ=255) aaaGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAgg < 8:24062/149‑1 (MQ=255) aaaGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAgg > 8:38265/1‑149 (MQ=255) aaaGCAACATGGTAGGTCCTGTAGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAgg < 8:163153/149‑1 (MQ=255) cAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAggg > 2:125230/1‑146 (MQ=255) cAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTag < 3:197552/149‑1 (MQ=255) tAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAg < 3:180519/136‑1 (MQ=255) tAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAg > 4:180519/1‑136 (MQ=255) tAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTc < 1:102353/149‑1 (MQ=255) tgGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCAt < 7:108271/145‑1 (MQ=255) tgGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCAt > 8:108271/1‑145 (MQ=255) tgGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATcg < 7:38265/147‑1 (MQ=255) cattcattTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAAtt < 3:3374/148‑1 (MQ=255) tttCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAggg < 8:210738/117‑1 (MQ=255) ttCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGcc > 1:248013/1‑149 (MQ=255) aGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCtt < 2:248013/148‑1 (MQ=255) gCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTc < 5:354273/113‑1 (MQ=255) gCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTc > 6:354273/1‑113 (MQ=255) cGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTggcg > 7:66709/1‑149 (MQ=255) aGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGATACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATAGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTggcggc < 2:188919/149‑1 (MQ=255) ttCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGa < 5:37553/149‑1 (MQ=255) tGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTg > 6:110411/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGgtgt < 4:250087/149‑1 (MQ=255) gCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTc > 2:266454/1‑131 (MQ=255) gCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTc < 1:266454/131‑1 (MQ=255) aaCGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGc < 5:223837/149‑1 (MQ=255) aaCGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGc < 8:66709/149‑1 (MQ=255) gAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGGAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATc < 8:128440/147‑1 (MQ=255) gCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATg < 5:110411/149‑1 (MQ=255) cTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATgg > 1:15741/1‑149 (MQ=255) gCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCAt < 5:212122/149‑1 (MQ=255) tACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATg < 7:185698/136‑1 (MQ=255) tACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATg > 8:185698/1‑136 (MQ=255) ggCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAAt > 8:261968/1‑149 (MQ=255) cgcCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGACGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCa > 6:41670/1‑149 (MQ=255) | ACTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCTGACGGACAATGGCTGCGCCTGCACTCAACGCCTTGAGCTTGCCGCTGGCTACCTGGCGGGGCAGGGGCGCCATGCCGCAGTTGGTGCAAGGGTAGAGCTTGTCGGCATCGACGAATTGCAGTGCCTTGCGCAGGGTGGCGGCGACCTGTTCGGGTGTCTCAATGACATGGGTGGCCACATCGATGGCGCCGACCATGACTTTCTTGCCGCGAATCA > NC_002947/3089138‑3089416 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |