Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,118,279 | G→T | 7.4% | H101Q (CAC→CAA) | cfa ← | cyclopropane‑fatty‑acyl‑phospholipid synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,118,279 | 0 | G | T | 7.4% | 166.7 / 3.8 | 54 | H101Q (CAC→CAA) | cfa | cyclopropane‑fatty‑acyl‑phospholipid synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/23); new base T (2/2); total (29/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.38e-01 |
CCTGCTCCAGTGTTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCGTGAATGTAGGCTTCGCCAGCTC > NC_002947/3118131‑3118424 | ccTGCTCCAGTGTTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCgg > 3:117781/1‑149 (MQ=255) cTGCTCCAGTGTTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGt > 7:275590/1‑149 (MQ=255) cTGCTCCAGTGTTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGt > 2:196387/1‑149 (MQ=255) cTCCAGTGTTTGCCCCGGGGGTGCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGGGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTgca < 2:124376/149‑1 (MQ=255) cAGTGTTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTgcag > 5:307189/1‑147 (MQ=255) cAGTGTTAGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTACAGCAGCAGCTCTAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTAGTTGCGGTTGAGCCGGTgcag > 5:28955/1‑147 (MQ=255) aGTGTTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCAAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGcagcag < 1:262777/149‑1 (MQ=255) gtgtTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAgg > 2:173469/1‑149 (MQ=255) tttGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGgcg < 2:19627/148‑1 (MQ=255) gCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGACCCGGTGCAGCAGGCgcagg > 4:56058/1‑149 (MQ=255) ccGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCgcagggca < 8:275590/149‑1 (MQ=255) ccGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCgcaggg > 3:108656/1‑147 (MQ=255) gAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCgcagggcag > 8:86849/1‑140 (MQ=255) gAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCgcagggcag < 7:86849/140‑1 (MQ=255) gAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGcc > 4:125202/1‑147 (MQ=255) gAAGTGCGCAGCCGACTACCTCATGGGGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAAGGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGccc < 8:193902/148‑1 (MQ=255) cgcAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGGAGGCGCAGGGCAGGGCGGcccgcctggg < 1:196387/149‑8 (MQ=255) gAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGggccaggcc > 3:5941/1‑149 (MQ=255) 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tggtggGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAgc < 4:309442/149‑1 (MQ=255) gcCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAACCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCa < 3:56058/149‑1 (MQ=255) gCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAgg < 4:151383/149‑1 (MQ=255) tCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGACGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGTGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGt‑t > 5:229348/1‑149 (MQ=255) caaCTGGGCATTGACCATGGCGTACTGGGGCAGAATGTTGCGCCGGGGGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGTCGGGCCAGGCCAGCCTCGAGCGCTTCGAGCACTTCAAGGt‑ttg < 6:229328/148‑3 (MQ=255) cAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGcga < 8:212765/149‑1 (MQ=255) aGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGcgac < 3:266779/149‑1 (MQ=255) gggCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑Tg < 8:256080/143‑1 (MQ=255) gggCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑Tg > 7:256080/1‑143 (MQ=255) ggCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTgca > 6:111445/1‑74 (MQ=255) ggCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTgca < 5:111445/74‑1 (MQ=255) ggCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGcgacg > 3:88528/1‑148 (MQ=255) ccAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCgg < 6:307189/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCgg > 6:72503/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCgg < 7:313973/149‑1 (MQ=255) aGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGt > 2:54961/1‑149 (MQ=255) 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ggCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGcc > 1:74381/1‑148 (MQ=255) gAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCg > 5:14885/1‑149 (MQ=255) tGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGTTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCgggg < 7:6822/149‑1 (MQ=255) tGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGTTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCgggg < 7:1817/149‑1 (MQ=255) cgcgCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCg > 3:180896/1‑149 (MQ=255) cgcgCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGACATGACACACTAGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCTCCAGGTCGGGGCTGCGCCACTAGACg > 3:185436/1‑149 (MQ=255) gcTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGTCTGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCGTg < 1:267357/149‑1 (MQ=255) tCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCGTGAATGt < 3:125202/148‑1 (MQ=255) aGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCGTGAATGTAGGCTTCGCCAg > 7:14926/1‑148 (MQ=255) gCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCGTGAATGTAGGCTTCGCCAGCt > 7:247487/1‑149 (MQ=255) ccGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTGCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCGTGAATGTAGGCTTCGCCAGCTc > 5:243303/1‑149 (MQ=255) | CCTGCTCCAGTGTTTGCCCCGGGTGTTCGAATTGCGCAGCCGAATACATCATGGTGGGGTCCAGCAGCCGCTCGAACAGGGCATTGCCCAGGTCGTAGTGGGCCAGAATGTTGCGCCGGGCGCCGCGCTTGTCGTTGCGGTTGAGCCGGTGCAGCAGGCGCAGGGCAGGGCGGCCCAGGCGGGCCAGGCCACCCTCGAGCGCGTCGAGCACTTCAAGGT‑TGGCGACGAACAGGCGGGTCACCAGCGCCAGGTCGGGGCTGCGCCAATAGCCGTGAATGTAGGCTTCGCCAGCTC > NC_002947/3118131‑3118424 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |