Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,165,233 | C→T | 8.1% | S248S (AGC→AGT) | PP_2779 → | putative Beta‑ketoacyl synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,165,233 | 0 | C | T | 8.1% | 135.9 / 2.5 | 50 | S248S (AGC→AGT) | PP_2779 | putative Beta‑ketoacyl synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/22); new base T (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.04e-01 |
CTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAGTCGTCGCCGATGCACAGGATCCGCAGATTGCCGCGTTGTTTAGTCTATCGGGGCA > NC_002947/3165093‑3165379 | cTGCGGGACGCGACTCACCCCCCTGTGACCCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGGTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAAcc < 4:112663/149‑1 (MQ=255) cGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCg < 3:24816/148‑1 (MQ=255) gCTACTCAGCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCATCCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAgcgc < 7:298896/134‑1 (MQ=255) gCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTg > 4:272071/1‑148 (MQ=255) cTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGa < 3:272071/149‑1 (MQ=255) acccaccTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCg > 3:111525/1‑149 (MQ=255) ccaccTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGt < 5:57877/149‑1 (MQ=255) accTGTGAACCGAGGCCCGTTGGTTTTCGGCGAATGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAAGCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGTCGGTTg < 4:50744/149‑1 (MQ=255) accTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTg < 2:7543/149‑1 (MQ=255) tgtgAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTc > 8:207538/1‑149 (MQ=255) tgtgAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTc > 4:8854/1‑149 (MQ=255) aCCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGAc < 5:321077/149‑1 (MQ=255) cccGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGt < 4:26567/149‑1 (MQ=255) cccGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGt > 3:26567/1‑149 (MQ=255) cGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCa > 7:70831/1‑149 (MQ=255) gCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAgc < 3:143959/107‑1 (MQ=255) gCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAgc > 4:143959/1‑107 (MQ=255) cccGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCAtt < 3:205192/148‑1 (MQ=255) cccGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCAtt > 4:205192/1‑148 (MQ=255) ccGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCAtt > 5:51646/1‑147 (MQ=255) cGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGAc > 3:220567/1‑123 (MQ=255) cGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGAc < 4:220567/123‑1 (MQ=255) ggTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcgcg > 4:331285/1‑149 (MQ=255) cGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGAATTGAAGGGTTTGCAGGTGATTAAAGAGCGAAACACAAGCGTGGAATGGCGGTTGGTCGCGAAGGAATTGACAGCGCttt > 7:214604/1‑147 (MQ=255) ggCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAg < 8:70831/149‑1 (MQ=255) gcGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAACACt > 4:246780/1‑149 (MQ=255) gcGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACt > 2:159109/1‑149 (MQ=255) cGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACtg > 8:275446/1‑149 (MQ=255) ggCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACtgt < 7:207538/149‑1 (MQ=255) gctccgTTGCTGTCGTCCCACCCGGGCAGCGGTGTTCGTTCTTGGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGTAACGAAAAACtgtg < 8:214604/144‑1 (MQ=255) aCTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCACGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGcc > 4:221365/1‑149 (MQ=255) ttGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCaa < 6:51646/149‑1 (MQ=255) gacgacCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGata > 1:335725/1‑149 (MQ=255) gacCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCg > 1:261758/1‑149 (MQ=255) ccAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCggg > 7:33187/1‑149 (MQ=255) cAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGc < 2:335725/149‑1 (MQ=255) ggCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAgtcgt < 4:111525/149‑1 (MQ=255) gCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAgtcgtc < 3:8854/149‑1 (MQ=255) gATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAgt > 6:316586/1‑133 (MQ=255) gATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAgt < 5:316586/133‑1 (MQ=255) gATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAGTCGTCGCCGATGcaca < 8:33187/148‑1 (MQ=255) aTCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcgcg < 6:195856/89‑1 (MQ=255) aTCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcgcg > 5:195856/1‑89 (MQ=255) ttGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAg < 2:226999/108‑1 (MQ=255) ttGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAg > 1:226999/1‑108 (MQ=255) ccGTGGTTACAGTGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcgcg > 5:82431/1‑62 (MQ=255) ccGTGGTTACAGTGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcgcg < 6:77489/62‑1 (MQ=255) ccGTGGTTACAGTGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcgcg < 6:82431/62‑1 (MQ=255) ccGTGGTTACAGTGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAgcgcg > 5:77489/1‑62 (MQ=255) cGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAGTCGTCGCCGATGCACAGGATCCGCAGATTGCCGCGTTGTTTAGTc > 2:340582/1‑148 (MQ=255) gTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCTCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAGGCGTCGCCGATGCACAGGATCCGCAGATTGCCGCGTTGTTTAGTCTATCg < 3:221365/149‑1 (MQ=255) ttACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAGTCGTCGCCGATGCACAGGATCCGCAGATTGCCGCGTTGTTTAGTCTATCgg > 1:199497/1‑149 (MQ=255) aGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAGTCGTCGCCGATGCACAGGATCCGCAGATTGCCGCGTTGTTTAGTCTATAGGGGca > 1:143118/1‑149 (MQ=255) | CTGCGTGACGCTACTCACCCACCTGTGAACCCCGGCCCGTGGGTTTTCGGCGAAGGTGCTGCGGCACTGTTGCTGACGACCAACCCGGGCAGCGGTGCTCGATCTGCGTTGCGTATTGCCGGGTTTGCCCGTGGTTACAGCGCGCAACCCGAGCGTGGACTGGCGGTTGGTCGCGACGTCATTGAGCGCGCTTTGAGCAACGAAAAACTGTGCCTCAACGATATCGGGCAAGTCGTCGCCGATGCACAGGATCCGCAGATTGCCGCGTTGTTTAGTCTATCGGGGCA > NC_002947/3165093‑3165379 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |