Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,430,160 | G→C | 8.5% | S126S (TCG→TCC) ‡ | PP_3045 → | ATP‑dependent protease ClpP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,430,160 | 0 | G | C | 8.5% | 139.9 / 4.8 | 47 | S126S (TCG→TCC) ‡ | PP_3045 | ATP‑dependent protease ClpP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/21); new base C (2/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.60e-01 |
CACAAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAG > NC_002947/3430013‑3430307 | cacaAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGa < 7:40556/149‑1 (MQ=255) acaAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGaa > 7:64514/1‑149 (MQ=255) caAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAAt < 2:254383/149‑1 (MQ=255) aaaCGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATg > 2:127628/1‑149 (MQ=255) aaaCGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCAATCAACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGACGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTATGGTCATGGCATCGAAt > 8:117086/1‑148 (MQ=255) ggTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATTCGATGCCATgac < 6:182411/149‑3 (MQ=255) tGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCtga < 8:208392/149‑1 (MQ=255) cTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTgatgat < 1:332457/149‑1 (MQ=255) cGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAt > 5:298203/1‑148 (MQ=255) ccATCCACATCGCGTTGAGCCGCTTGTGTGAATGTTGCACCGGACGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTTCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGAGCTCACCGTGTGGTCATTGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTacac < 7:319891/148‑1 (MQ=255) aTCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATTCGATGCCAt > 7:217494/1‑122 (MQ=255) aTCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATTCGATGCCAt < 8:217494/122‑1 (MQ=255) aTCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACACTTACACCTg > 5:283837/1‑149 (MQ=255) cacaACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGt > 7:52824/1‑149 (MQ=255) acaACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGc < 1:224864/120‑1 (MQ=255) acaACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGc > 2:224864/1‑120 (MQ=255) aaCGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGATgg > 2:28815/1‑149 (MQ=255) aaCGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGAGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGACATGGCATCGAAAGCCAAGCTGAAGAACCAA‑AACCCTAACACCTGGCTTgg > 2:94584/1‑149 (MQ=255) cTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGAAGCGTGGCAGTATGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTTGGTTGGCGGTGa < 7:117086/149‑1 (MQ=255) ggAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGAt < 6:226034/148‑1 (MQ=255) aGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGAt < 6:221152/147‑1 (MQ=255) gTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCgg > 3:12741/1‑149 (MQ=255) ttGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCggg > 3:73693/1‑149 (MQ=255) gCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGATGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGt < 1:28815/148‑1 (MQ=255) ccGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCg > 6:316801/1‑149 (MQ=255) gCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCa < 5:315437/94‑1 (MQ=255) gCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCa > 6:315437/1‑94 (MQ=255) gAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCATAAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGt < 1:94584/149‑1 (MQ=255) aGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATg < 2:335597/119‑1 (MQ=255) aGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATg > 1:335597/1‑119 (MQ=255) aGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGc < 2:321000/149‑1 (MQ=255) tCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCtt < 1:47248/149‑1 (MQ=255) aTGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCAGCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGCACCGTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGAt > 8:165260/1‑149 (MQ=255) ccGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTc < 8:64514/149‑1 (MQ=255) ccGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTc > 5:164791/1‑149 (MQ=255) gTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATc > 4:151988/1‑135 (MQ=255) gTGCAGGCAGCGTGCCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATc < 3:151988/135‑1 (MQ=255) aggcagCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGa > 5:126837/1‑149 (MQ=255) tGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGcc > 2:12778/1‑149 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATaa < 6:164791/149‑1 (MQ=255) cgcTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAgg < 4:73693/149‑1 (MQ=255) aCCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTc < 1:127628/147‑1 (MQ=255) ccGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCg > 7:287619/1‑148 (MQ=255) cATGGCATTCGATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGAt > 3:56525/1‑148 (MQ=255) gCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGAGGGGCTTGCTCAGGCGTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGAcgc < 4:12741/149‑1 (MQ=255) cATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAAAGATCGCACCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACAACGATGAcgcg > 2:12668/1‑149 (MQ=255) cGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAg > 4:183228/1‑149 (MQ=255) | CACAAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATCGAATGCCATGCTGATGATCCAT‑AACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAG > NC_002947/3430013‑3430307 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |