| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 87.1% | 91.2 / 8.2 | 31 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/0); new base C (10/17); total (14/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTT > NC_002947/4585910‑4586197 | aGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑a < 5:380404/148‑1 (MQ=255) ggCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑A‑cc < 8:115060/149‑2 (MQ=255) gggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATCTCCGGGTGCTTGGCTAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCgg < 1:59157/149‑1 (MQ=38) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGc < 2:176916/149‑1 (MQ=39) aGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAC‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCt < 6:383279/148‑1 (MQ=38) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgcgg < 2:230148/149‑1 (MQ=39) cACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGAGAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCCGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCATACCA‑GGG‑ACCCTGCAGGCCTTGAATgcggc > 2:156937/1‑149 (MQ=255) gCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGc < 8:337655/149‑1 (MQ=39) gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGTGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCAATTAGCGGGTAAAACCCCTCCAAACAGGGG‑C‑CGGGCCGGCCGTGAATGGGGGGCGGcccc > 1:277725/1‑149 (MQ=255) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGCC‑CGTGCCGGCCGTGAATTCGGCGGTGCCCCggg > 6:300217/1‑148 (MQ=37) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 4:101802/148‑1 (MQ=39) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 1:156937/149‑1 (MQ=39) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAACGTTGAG‑GATGACCGGGTGCGTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 2:108801/149‑1 (MQ=38) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 6:100147/148‑1 (MQ=39) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGaa > 8:263607/1‑128 (MQ=38) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGaa < 7:263607/128‑1 (MQ=38) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAgg < 2:75219/149‑1 (MQ=39) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAgg < 8:335719/149‑1 (MQ=39) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGaa < 2:283993/125‑1 (MQ=38) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGaa > 1:283993/1‑125 (MQ=38) tCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCACTTAGCGGGTAAAACCCCAACAACCAGGGG‑C‑CCGGCCGGCCATGAATTCGGCGCGGGCCCGGGTAGGCGCGCGTTTTCCcg > 8:79076/1‑149 (MQ=255) ggTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCATGGTGAATATCTTGCATTGAGGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGCGCCTACCA‑GGG‑ACCGGGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAggcc < 2:277725/149‑1 (MQ=37) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 7:145915/1‑118 (MQ=37) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 8:145915/118‑1 (MQ=37) gTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg > 4:325/1‑105 (MQ=37) tGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 3:325/105‑1 (MQ=37) cggccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAACAGGGG‑C‑CCGGGCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCGGGGAGGTGCGGGTTTACCCGCGGATCGGCCGGCCGCGCCCGGCCAACACCCCGCCGATGCAGCCGCAATCTGCGCCCCCCTg > 2:7588/1‑149 (MQ=255) cTACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCa > 3:273565/1‑148 (MQ=255) tACCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 7:380769/1‑149 (MQ=255) aCCA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGa > 6:191413/1‑122 (MQ=255) ccA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAt < 5:191413/122‑1 (MQ=255) ccA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGTATGCGGAACTTCTGCACCtt > 2:102532/1‑149 (MQ=255) ccA‑GGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt > 7:9311/1‑149 (MQ=255) | AGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAG‑GATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTT > NC_002947/4585910‑4586197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |