Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 90.9% | 174.0 / 10.9 | 55 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/0); new base C (20/30); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAA‑CC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126499‑1126784 | ggAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTA‑ACCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAA‑c > 6:162069/1‑148 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAA‑cc < 1:216675/148‑1 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTA‑ACCCCCGATGCGGGGGGATAGCCACCAACGCAATAGCC‑GGGT‑AAc‑cc > 8:51320/1‑149 (MQ=255) 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tggggTGCACATTGCGCCCTGTAGGCGCGGTTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATACCCACCATCGCATTCG‑C‑GGTT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGct < 4:205254/145‑1 (MQ=255) aaCATTGCCCCGTGTCGGCG‑GGGTTTACCCCGCTAATGCGGCGTAATCCCCCCCATCCCATTCG‑G‑GGTA‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcga < 1:388418/148‑1 (MQ=255) ggCGCGGGTTTA‑CCCGCTAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCacac < 7:191956/148‑1 (MQ=255) gcggGGGTTAA‑CCCGCTAAGGCGCCGGAAACCCCCCCACCCCATCCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAcc < 3:214617/148‑1 (MQ=255) cgcgGGTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCGCCATCGCATTCG‑C‑GGGG‑AAACCC‑‑GCTCCGACCCAGAGCCCGCCCCCCAAGCCAGGGGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAccc > 5:255867/1‑147 (MQ=38) cgcgGGTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCa > 4:71531/1‑148 (MQ=255) gcgGGTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAgg > 8:347115/1‑149 (MQ=255) gcgGGTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAg > 3:282781/1‑148 (MQ=255) ggTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTa > 4:55652/1‑100 (MQ=255) ggTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTg < 7:91034/149‑1 (MQ=255) gTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTAt < 3:55652/100‑1 (MQ=255) 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caTCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc > 7:90520/1‑146 (MQ=255) caTCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc < 8:90520/146‑1 (MQ=255) ttCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGt > 6:351607/1‑127 (MQ=255) tCG‑C‑GGGT‑AAACCC‑‑GCTCCAACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt < 5:351607/127‑1 (MQ=255) cg‑c‑gGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc < 7:347115/148‑1 (MQ=255) g‑c‑gGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAgg > 6:232812/1‑94 (MQ=255) g‑c‑gGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTg > 5:236317/1‑108 (MQ=255) c‑gGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgc < 5:232812/94‑1 (MQ=255) c‑gGGT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGc < 6:236317/108‑1 (MQ=255) gggT‑AAACCC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa > 3:328682/1‑147 (MQ=255) | GGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTA‑CCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AAA‑CC‑‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126499‑1126784 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |