| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 95.7% | 151.2 / ‑0.2 | 46 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (18/26); total (18/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGA > NC_002947/1419402‑1419682 | tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c > 4:4731/1‑148 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGc < 5:53954/147‑1 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGc < 1:223396/149‑1 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGc < 8:15280/149‑1 (MQ=255) ggcGAGGCGGACCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTTTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGTGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGccc < 8:69062/147‑1 (MQ=255) gATGCGGAAGATCGGGTGTGTTTTGTTTTCGCCTTGGTAGTTGCAGGTGTTGCCGAGTGTGGTGGGGTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCTTTGTTTTGTTTGCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGc < 7:246918/148‑1 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTcc > 7:245329/1‑149 (MQ=255) gAACAGCGGGTTAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGGCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 7:178071/149‑1 (MQ=255) aGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 7:188976/149‑1 (MQ=255) 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2:124920/1‑149 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTATTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCAACAGGTACTGTGCAGTGCGt > 1:305156/1‑148 (MQ=255) tttCGCGTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 5:29790/148‑1 (MQ=255) tCGCCTTGGTAGAAGCATGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCGCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGTGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACg < 7:332090/148‑1 (MQ=39) tCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACg < 2:363241/148‑1 (MQ=255) cGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGc > 2:275686/1‑149 (MQ=255) 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tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt < 4:257296/147‑1 (MQ=255) aaGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCt > 6:363747/1‑139 (MQ=255) aGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg < 5:363747/139‑1 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa < 2:186237/149‑1 (MQ=255) cGACTGTGGTGTGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 6:87912/147‑1 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGGTGGGTTGTCGGGGGGCATGGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGCTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 3:83029/147‑1 (MQ=38) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 4:35783/148‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCg > 3:66472/1‑148 (MQ=255) gggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACCCCCGCGCCCACAGGTAAGGTGGAGTGGGGGACGGGTGGGGTGGCCCAGTGGGGGCGGGGCTGGCcgc > 4:395496/1‑147 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTG‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAag < 4:157735/148‑1 (MQ=255) 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tgtttCCCTGTTTTTTGGGTTGCCTGGGGTGGCC‑TCTTC‑GGGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGTAGGGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 4:66472/147‑1 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCGGGGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGcgatgt > 7:166325/1‑144 (MQ=37) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCAGCGAATGCAAGGGGGGAggggcggg > 7:171600/1‑143 (MQ=25) cTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTCACGGCTGTGGTGACCCAGTCGCAGCGGGCGTGCCAGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAACGTGAGAGGCTCcgt > 5:108738/1‑148 (MQ=37) gtttCTGGGTTGCCTGGGGTGG‑CGTCTGC‑GGGGTCACGCCGGGTCCGGCAGTTACTGGGCAGTGCGTGACGGAGGTGTTGCCCGGGTGGGCGCGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 7:167432/145‑1 (MQ=255) tGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGGGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAt > 5:363736/1‑148 (MQ=255) gTTGGCTGGGGTGG‑C‑CTTTCGGCGGGCACGCCCGCTCCAACTGGAAGTGTGCAGGGCGGTACGGCTGTGGGTACCGTGTGGGTGGGGGGGTGCCCGCTAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGa < 8:166325/149‑1 (MQ=255) | TGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTC‑GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGA > NC_002947/1419402‑1419682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |