New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1419549 | 32 (0.500) | 22 (0.350) | 15/272 | 4.5 | 40.2% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1419636 | 34 (0.550) | intergenic (‑125/+11) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGAC > NC_002947/1419401‑1419683 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 5:139997/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 6:132956/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑cc > 4:332406/1‑148 (MQ=255) gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTcgcg > 2:35335/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCggg < 1:35335/149‑1 (MQ=255) gATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCt > 6:292849/1‑149 (MQ=255) gCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGc > 3:207928/1‑141 (MQ=255) gCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGc < 4:207928/141‑1 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 4:46064/149‑1 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 5:11928/1‑148 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 3:332406/149‑1 (MQ=255) aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGTTAGATGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 8:166646/149‑1 (MQ=255) cGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt > 4:215545/1‑149 (MQ=255) gggTGCGTGTTGTTTTCGCCTTGGTCGAAGCAGGTCTTGCCGTCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGTACGCCCGCTCCCACAGGTACtg < 2:335160/149‑1 (MQ=39) gttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc > 5:385137/1‑149 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGt > 6:232298/1‑148 (MQ=255) ttttCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTg < 3:215545/148‑1 (MQ=255) ccTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg > 4:355251/1‑149 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 5:232298/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 2:77562/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 3:166089/148‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg > 4:166089/1‑148 (MQ=255) gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt > 2:30053/1‑148 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc > 7:8819/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTTCTGTGGAGGGCGTGTCGGCTGTGGTTAcccgg > 3:166591/1‑147 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCCCAGGTAATGTGGAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcccgg > 3:172294/1‑147 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 3:355251/149‑1 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 5:125723/107‑1 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa > 6:125723/1‑107 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 6:11928/149‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 3:113045/147‑1 (MQ=255) tggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgcg < 1:30053/149‑1 (MQ=255) tggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCCCTACCACAGGTTATTTGGAGTTCGTTACGGGTGTGGTTTCCCGGTGGGTGCGGGCGTGCCcgc > 5:209399/1‑148 (MQ=255) ggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 5:114187/95‑1 (MQ=255) ggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTCCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa > 6:114187/1‑95 (MQ=255) ggTTCTGTGGTGTTGTCGGTGGGCTTTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTGTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 8:8819/149‑1 (MQ=37) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCAACCCCCCAACCCCAGGGAATGTTGAGTGGGTGACGGGTGTGGTGACCCGGTGGGGGCGGGCGTGGCCGCGAATAggg > 7:38863/1‑148 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGGGGGCTTTGTTTTTTTCCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCGGGCCTCTTCGCGGCCACGCCCGCTCCCACCGGTAGTGTGCCGTGCGTGACGGCTGTGGTCACCCTGTGGGCGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGc < 6:209399/149‑1 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGGAGTTCGTGAAGGGTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGGCCGCGAAGAGGCCTGAc > 7:340612/1‑149 (MQ=37) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTAGCGGGCAAGCCCCCTCCCACAGGTACTGTGGAGTGCGTGACGGCTGTTGTGACCCTGGGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGAc > 5:10006/1‑149 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc > 4:348797/1‑132 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgc < 3:348797/132‑1 (MQ=255) tCGGGGGGCATTGTTTTGTTGCCG‑TGGTTTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACATGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTTTGGTTACCGTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGc < 6:385137/148‑1 (MQ=25) ggCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGc < 5:292849/148‑1 (MQ=255) gttttttttCCCGTGTTTTGTGGGGGGCGTGGGCGGGCCTTTGCGCGGCCCCGCCGGCCCCCACTGTTCCTGTGCTGTGCTTCACGGGGGGGGTCACCTTGGGGTTGGGGGGGGGCCCGCTAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgt < 4:172294/148‑1 (MQ=255) ttttgtttCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATAGGCCTGACCTGCTAAt > 3:221557/1‑139 (MQ=255) tttgtttCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGTTAAAGTGCCGTGCGAGCCGGCTGGCGGTACCCGGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAAAGGCCTGCCCTGCTTATGCaacgggg > 6:277197/1‑142 (MQ=255) ggATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTggg > 8:292941/1‑149 (MQ=255) gggTTGCCTGGGCTGGCCTCTTAGCGGGCCCCCCCCCACCCCCACGTACATTGGAATGCGGGACGGCAGTGGTGACCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACAGGCCTGACCAGCGAAATCAAAGTGTTAGGCACTGTGGGTTAAtta > 8:324463/1‑147 (MQ=255) ttGCCGGGGCTGGCCTCTTCGCGGCCACGCCCGCTCCCACTGGAACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGAc < 7:324463/149‑1 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGAC > NC_002947/1419401‑1419683 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |