| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,864,334 | Δ1 bp | 8.3% | coding (1539/3489 nt) | smc ← | chromosome partition protein Smc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,864,334 | 0 | T | . | 8.3% | 147.8 / 8.0 | 48 | coding (1539/3489 nt) | smc | chromosome partition protein Smc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/19); new base . (2/2); total (27/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
GGCAAAATCAAGGTCGTTGAAATCGTCCACCAGCACAGCCTGCAGATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTCGCGCGCGCTTTCCAGGCGCT > NC_002947/4864187‑4864482 | ggCAAAATCAAGGTCGTTGAAATCGTCCACCAGCACAGCCTGCAGATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCAtt < 2:227188/149‑1 (MQ=255) ttGAAATCGTCCACCAGCACAGCCTGCAGATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGcc < 3:369198/149‑1 (MQ=255) ccTGCAGATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGggc‑g > 7:15368/1‑140 (MQ=255) ccTGCAGATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGggc‑g < 8:15368/140‑1 (MQ=255) gCAGATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAg > 5:217304/1‑149 (MQ=255) gATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCt > 3:122974/1‑149 (MQ=255) tCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTc < 3:63672/149‑1 (MQ=255) cGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTgcg > 2:134443/1‑105 (MQ=255) cGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTgcg < 1:134443/105‑1 (MQ=255) ggCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCa < 1:23688/149‑1 (MQ=255) gcgcCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAggg < 7:264094/127‑1 (MQ=255) gcgcCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAggg > 8:264094/1‑127 (MQ=255) tACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGcccac > 4:226630/1‑149 (MQ=255) tACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCA‑TGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGcccacc > 4:164203/1‑149 (MQ=255) tACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCA‑TGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGcccacc > 4:158199/1‑149 (MQ=255) aCCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCTTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGc > 6:180562/1‑137 (MQ=255) aCCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCTTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGc < 5:180562/137‑1 (MQ=255) cccAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTg > 6:413837/1‑148 (MQ=255) cccAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTg > 6:303001/1‑148 (MQ=255) cccAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTg > 5:156685/1‑148 (MQ=255) ccAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCaa < 4:22862/111‑1 (MQ=255) ccAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCaa > 3:22862/1‑111 (MQ=255) cAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAg > 7:381377/1‑149 (MQ=255) ccGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCg > 1:248412/1‑149 (MQ=255) ccGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCg > 7:19834/1‑149 (MQ=255) ggCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGcc > 4:388714/1‑149 (MQ=255) gCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGccc < 5:303001/149‑1 (MQ=255) cACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCtgt < 4:122974/148‑1 (MQ=255) ccGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCct < 8:19834/149‑1 (MQ=255) ccGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCct > 3:356697/1‑149 (MQ=255) ttCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTgcg > 6:96511/1‑149 (MQ=255) ccAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑TGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTgg < 5:114657/149‑1 (MQ=255) aGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGACCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGt < 2:332662/149‑1 (MQ=255) cTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCctgct > 2:282997/1‑149 (MQ=255) gTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCA‑TGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCa < 3:164203/149‑1 (MQ=255) ttGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCA‑TGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCa < 3:158199/148‑1 (MQ=255) gCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGCGGGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAg > 1:318636/1‑149 (MQ=255) cTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGtt > 6:118499/1‑149 (MQ=255) tCCAGCCCTTGGCTGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTg > 8:67165/1‑149 (MQ=255) tCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTg > 6:127578/1‑149 (MQ=255) cctaccccTTGGCCGGGCAGCCATTCCGCAGCACCGGCGCCCGGCCCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCCGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCG‑CCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGc < 5:334229/144‑1 (MQ=255) cAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTg < 6:156685/147‑1 (MQ=255) aGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTc < 3:226630/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCG‑CCTGTGCCTGCATTTGCGGCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCtaaa > 6:334229/1‑146 (MQ=255) cTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTcgcgc < 5:413837/149‑1 (MQ=255) ggCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTcgcgcgc < 4:356697/148‑1 (MQ=255) ccATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTCGCGCGCGCTTTCCAGgc > 7:122345/1‑149 (MQ=255) ccATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTCGCGCGCGCTTTCCAGgc < 5:364065/149‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGA‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGACGCCAGGCGcccaccc > 5:175013/1‑71 (MQ=255) ttGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCt < 7:332100/107‑1 (MQ=255) ttGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCt > 8:332100/1‑107 (MQ=255) ttGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTCGCGCGCGCTTTCCAGGCGCt < 3:388714/149‑1 (MQ=255) | GGCAAAATCAAGGTCGTTGAAATCGTCCACCAGCACAGCCTGCAGATCGGCGCCAAGCACCGTCTCTACCGCCAGCTCCCAACCCGGCTCCACCCGCAAGCCTTCGGCCAGCCGCGGCTGTTGCTCCAGCCCTTGGCCGTGCAGCCATTGCGCAGCACCTGCGCCCGGCTCCAGGGC‑GGCCTGCTGCAAGGCTTCCAGCGAGGCCAGGCGCCCACCCAGGCGCTGCAGGTCGCCCTGTGCCTGCTGTTGCGCCTGGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTCGCGCGCGCTTTCCAGGCGCT > NC_002947/4864187‑4864482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |