| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,058,261:1 | +T | 6.5% | intergenic (‑190/+30) | PP_0914 ← / ← sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,058,261 | 1 | . | T | 6.5% | 369.1 / 20.6 | 92 | intergenic (‑190/+30) | PP_0914/sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (44/42); new base T (3/3); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
GTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTG > NC_002947/1058119‑1058407 | gtgtATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCggg > 6:150973/1‑149 (MQ=255) tCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑Ttct > 5:352945/1‑149 (MQ=255) tCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑Ttc < 2:406969/148‑1 (MQ=255) tCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCAC‑AAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑Ttctc > 3:344773/1‑149 (MQ=255) gTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGt > 5:193826/1‑149 (MQ=255) ccTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCaa < 4:402573/149‑1 (MQ=255) cTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAg > 7:47239/1‑149 (MQ=255) cTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAg > 6:291397/1‑149 (MQ=255) 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8:287671/1‑96 (MQ=255) aGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAg < 7:287671/96‑1 (MQ=255) ggaacaAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑ACGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGTACGCAGGTTGCgg < 6:174873/146‑1 (MQ=255) gCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGc > 7:331483/1‑139 (MQ=255) gCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGc < 8:331483/139‑1 (MQ=255) caAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGt < 3:111742/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaCCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTc > 6:142397/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTAc > 6:77347/1‑125 (MQ=255) aaaaaaCCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTAc < 5:77347/125‑1 (MQ=255) aaaaaCCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGtt < 8:73827/96‑1 (MQ=255) aaaaaCCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGtt > 7:73827/1‑96 (MQ=255) gaaaCCCGGC‑C‑ATGTG‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGTATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCa > 6:173771/2‑133 (MQ=255) gaaaCCCGGC‑C‑ATGTG‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGTATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCa < 5:173771/132‑1 (MQ=255) aaaCCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATg > 8:257145/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATg < 6:235483/149‑1 (MQ=255) cccGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATgtag > 3:250766/1‑149 (MQ=255) cac‑aTG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGc < 2:184475/149‑1 (MQ=255) c‑aTG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCgt < 4:72683/149‑1 (MQ=255) aTG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCgtg > 7:52544/1‑149 (MQ=255) aTG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCgtg > 2:168164/1‑149 (MQ=255) | GTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCAC‑ATG‑G‑CCGGGT‑TTCTCGTTCAAGGCCGAATGACTCAGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTG > NC_002947/1058119‑1058407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |