Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,446,306 | T→C | 7.2% | P38P (CCA→CCG) | nicD ← | N‑formylmaleamate deformylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,446,306 | 0 | T | C | 7.2% | 156.4 / 2.1 | 55 | P38P (CCA→CCG) | nicD | N‑formylmaleamate deformylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/27); new base C (2/2); total (26/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
GGCAAAGGCGGGAATATCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCT > NC_002947/4446159‑4446444 | ggcAAAGGCGGGAATATCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCgctg < 8:377516/149‑1 (MQ=255) aaaGGCGGGAATATCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCgctgggc > 8:226730/1‑149 (MQ=255) ggCGGGAATATCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCAGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCgctgggctgg < 4:379324/149‑1 (MQ=255) gCGGGAATATCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGt > 8:291214/1‑149 (MQ=255) tatCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGccc < 3:118277/149‑1 (MQ=255) tCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCgg > 3:97367/1‑149 (MQ=255) gcagcaCAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCAc > 1:48654/1‑149 (MQ=255) cacaAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAgg < 7:209818/149‑1 (MQ=255) caAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑t > 5:23283/1‑149 (MQ=255) cGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAgc < 8:11116/149‑1 (MQ=255) cGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCCGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCa > 8:299590/1‑149 (MQ=255) cGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGccc < 7:365073/149‑1 (MQ=255) cGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGACCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGccc > 4:400091/1‑149 (MQ=255) gTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTgc < 7:42364/149‑1 (MQ=255) cAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGcc < 2:358910/141‑1 (MQ=255) cAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGcc > 1:358910/1‑141 (MQ=255) tCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATa < 4:97367/149‑1 (MQ=255) ggCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAgcgc < 8:70399/149‑1 (MQ=255) gCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGACTCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAgc < 1:226003/147‑1 (MQ=255) gCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAgc > 2:226003/1‑146 (MQ=255) gCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCAt > 6:191297/1‑140 (MQ=255) gCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCAt < 5:191297/140‑1 (MQ=255) gACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTg > 4:330219/1‑149 (MQ=255) cAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGc < 5:150207/149‑1 (MQ=255) aaGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTgg > 4:211713/1‑147 (MQ=255) aaGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTgg < 3:211713/147‑1 (MQ=255) aaGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCg > 7:63656/1‑149 (MQ=255) aaGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCACGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGCCg > 7:215169/1‑149 (MQ=255) ccACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGAt > 3:269714/1‑149 (MQ=255) ccACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGATGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGAt > 5:388215/1‑149 (MQ=255) cccGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCAt < 7:291214/149‑1 (MQ=255) ccGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCAtt > 4:117029/1‑149 (MQ=255) gcgcACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGCCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGCCGGATGCCATTgc > 1:320356/1‑148 (MQ=255) cacaTCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGgcgc > 1:280659/1‑149 (MQ=255) tCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGAc > 4:288607/1‑149 (MQ=255) cAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGt < 3:330219/149‑1 (MQ=255) aGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGc > 8:386203/1‑133 (MQ=255) aGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGc < 7:386203/133‑1 (MQ=255) aTAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGACTAAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTg > 1:274931/1‑140 (MQ=255) aTAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTg < 2:274931/139‑1 (MQ=255) aTAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTaccac < 8:215169/149‑1 (MQ=255) aTAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTaccac > 2:117838/1‑149 (MQ=255) tCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGcga < 7:226730/148‑1 (MQ=255) tCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCACAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGcgac < 2:48654/149‑1 (MQ=255) aataatGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGaa < 8:63656/148‑1 (MQ=255) gCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGc > 8:130352/1‑136 (MQ=255) gCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGc < 7:130352/136‑1 (MQ=255) aaGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATgc < 3:117029/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCCGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCACATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTac < 4:75352/123‑1 (MQ=255) ggCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCCGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCACATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTac > 3:75352/1‑123 (MQ=255) cTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTc > 7:149368/1‑149 (MQ=255) cGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGc < 1:117838/149‑1 (MQ=255) gAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCt > 5:206315/1‑149 (MQ=255) aC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCtt < 8:149368/149‑1 (MQ=255) gCCCCAGGTGATCGCTGGGCGGGTGCTGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCGGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAg < 6:125303/149‑1 (MQ=255) gCCCCAGGTGATCGCCGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAg < 7:299590/149‑1 (MQ=255) cAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAgctgc < 4:269714/149‑1 (MQ=255) aGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAgctgct < 6:388215/149‑1 (MQ=255) | GGCAAAGGCGGGAATATCCGCAGCACAAGCGTCGGTGCCGTAGTCCAGGTCGGGGCCGCTTGAAGACAAGCCACGCCCGCGCACATCCAGCACATAGGTGTCGAAATAATGCCCAAGGCGCTCGGCGAC‑AAAGCCCCAGGTGATCGCTGGGCTGGTGATGCCCGGCACCAGGA‑TCAGCGCATGGCCCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCT > NC_002947/4446159‑4446444 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |