Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 491,091 | T→C | 6.9% | N444D (AAC→GAC) ‡ | lptD ← | LPS‑assembly protein LptD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 491,091 | 0 | T | C | 6.9% | 246.2 / 6.4 | 86 | N444D (AAC→GAC) ‡ | lptD | LPS‑assembly protein LptD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/40); new base C (3/3); total (43/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
CCAGGCTGGAACGGCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGC > NC_002947/490943‑491231 | ccAGGCTGGAACGGCGGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGtt < 3:266881/149‑1 (MQ=255) ggAACGGCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAgg < 8:114606/149‑1 (MQ=255) gAACGGCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTcagcag < 1:297661/147‑1 (MQ=255) gAACGGCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGAACCAGCAgg < 8:311730/148‑1 (MQ=255) aaCGGCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGAACCAGCAgggt < 6:269081/149‑3 (MQ=255) gCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCgg < 6:111863/149‑1 (MQ=255) cGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCttt < 6:83994/149‑1 (MQ=255) aGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAAt < 2:364451/149‑1 (MQ=255) gggTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATc < 2:378891/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCt > 1:64500/1‑149 (MQ=255) ggTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCt > 4:80336/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 3:38655/1‑148 (MQ=255) gCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 4:373579/1‑148 (MQ=255) cAGGCGATCATACGGCGTTATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCa < 3:373579/149‑1 (MQ=255) cAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 5:76575/1‑147 (MQ=255) cAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCa < 4:38655/149‑1 (MQ=255) aGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 8:351896/1‑146 (MQ=255) aGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCa < 7:351896/148‑1 (MQ=255) aGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAg > 6:162826/1‑149 (MQ=255) tCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCt < 4:153654/148‑1 (MQ=255) aTACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTgg > 4:363063/1‑148 (MQ=255) aTACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTgg < 3:80336/148‑1 (MQ=255) tACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGaa < 2:215170/149‑1 (MQ=255) aCGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTc > 6:189545/1‑130 (MQ=255) aCGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTc < 5:189545/130‑1 (MQ=255) cGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGt < 5:371337/149‑1 (MQ=255) ggCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCACGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAg > 2:172425/1‑147 (MQ=255) cGAGATGGCGACCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACAGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGc > 1:89328/1‑149 (MQ=255) gaTGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGt < 4:87255/113‑1 (MQ=255) gaTGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGt > 3:87255/1‑113 (MQ=255) ggTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc < 6:105818/117‑1 (MQ=255) ggTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 5:105818/1‑117 (MQ=255) tCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCg > 6:214449/1‑149 (MQ=255) tCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCCGATGTCg < 5:162826/149‑1 (MQ=255) gCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGgt > 2:268858/1‑149 (MQ=255) aTCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGgt < 4:385199/146‑1 (MQ=255) aTCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCAGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGgt > 3:385199/1‑146 (MQ=255) tcGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCgg < 1:228776/81‑1 (MQ=255) tcGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCgg > 2:228776/1‑81 (MQ=255) gCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCt < 4:173880/148‑1 (MQ=255) gCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCt > 3:173880/1‑148 (MQ=255) aTGCACATTCAACGTCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTATGTCAACGCACCCTTCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGgt < 4:217691/135‑1 (MQ=255) aTGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGgt > 3:217691/1‑135 (MQ=255) gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGt > 5:358232/1‑111 (MQ=255) gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGt < 6:358232/111‑1 (MQ=255) gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTc > 1:167395/1‑139 (MQ=255) gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTc < 2:167395/139‑1 (MQ=255) cacaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtca > 2:245702/1‑149 (MQ=255) cacaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtc < 6:76575/148‑1 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCg > 5:86145/1‑129 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCg < 6:86145/129‑1 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcat > 6:347101/1‑149 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcat < 2:9615/149‑1 (MQ=255) aTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcat > 4:20602/1‑147 (MQ=255) tCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCg < 6:298809/140‑1 (MQ=255) tCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCg > 5:298809/1‑140 (MQ=255) aCCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGt < 5:347101/149‑1 (MQ=255) tgtAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCAGCAGGCGTTCATCCAgg > 8:282185/1‑149 (MQ=255) gtAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGc > 8:318479/1‑149 (MQ=255) tAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCGTCCAGGc < 1:268858/148‑1 (MQ=255) gCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCAc > 7:58440/1‑149 (MQ=255) tGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCAccc > 3:223753/1‑149 (MQ=255) tCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCtt > 4:374041/1‑149 (MQ=255) cTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGtgc > 1:163680/1‑149 (MQ=255) tCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGaa < 7:289169/78‑1 (MQ=255) tCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGaa > 8:289169/1‑78 (MQ=255) ggTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGtgctgc < 8:58440/149‑1 (MQ=255) ggTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGtgct < 2:89328/147‑1 (MQ=255) gTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTgg > 4:342009/1‑73 (MQ=255) gTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTgg < 3:342009/73‑1 (MQ=255) gTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcatca < 4:71786/115‑1 (MQ=255) gTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcatca > 3:71786/1‑115 (MQ=255) gTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGtt < 7:282185/149‑1 (MQ=255) gTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGtt > 6:382588/1‑149 (MQ=255) gTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGtt < 1:245702/149‑1 (MQ=255) gTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCACGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGATGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGtt < 1:172425/149‑1 (MQ=255) aaCGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGa < 7:318479/148‑1 (MQ=255) cgcgaccTGCTGAACCAGCAGGGTGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATCTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCa > 1:355641/6‑149 (MQ=255) gcgaccTGCTGAACCAGCAGGGTGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCAt > 5:225319/5‑149 (MQ=255) gcgaccTGCTGAACCAGCAGGGTGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCAt > 2:196975/5‑149 (MQ=255) gcgaccTGCTGAACCAGCAGGGTGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGATGATGTCGGTGTAGTCCACATCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTtg < 5:314408/128‑1 (MQ=255) aCCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATc > 7:233850/1‑148 (MQ=255) ccTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAg > 5:26043/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAg > 4:256337/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAg > 3:162172/1‑149 (MQ=255) ctgctgGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAgc < 3:20602/149‑1 (MQ=255) ctgctgGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAgc < 5:214449/149‑1 (MQ=255) | CCAGGCTGGAACGGCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGC > NC_002947/490943‑491231 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |