| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 491,099 | T→G | 5.8% | D441A (GAC→GCC) ‡ | lptD ← | LPS‑assembly protein LptD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 491,099 | 0 | T | G | 5.8% | 271.8 / 6.0 | 86 | D441A (GAC→GCC) ‡ | lptD | LPS‑assembly protein LptD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/40); new base G (3/2); total (44/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
GCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGCGCTGATCTTTGTAA > NC_002947/490956‑491245 | gCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCgg < 6:111863/149‑1 (MQ=255) cGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCttt < 6:83994/149‑1 (MQ=255) aGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAAt < 2:364451/149‑1 (MQ=255) gggTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATc < 2:378891/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCt > 4:80336/1‑149 (MQ=255) ggTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCt > 1:64500/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 3:38655/1‑148 (MQ=255) gCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 4:373579/1‑148 (MQ=255) cAGGCGATCATACGGCGTTATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCa < 3:373579/149‑1 (MQ=255) cAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 5:76575/1‑147 (MQ=255) cAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCa < 4:38655/149‑1 (MQ=255) aGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 8:351896/1‑146 (MQ=255) aGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCa < 7:351896/148‑1 (MQ=255) aGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAg > 6:162826/1‑149 (MQ=255) tCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCt < 4:153654/148‑1 (MQ=255) aTACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTgg > 4:363063/1‑148 (MQ=255) aTACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTgg < 3:80336/148‑1 (MQ=255) tACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGaa < 2:215170/149‑1 (MQ=255) aCGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTc > 6:189545/1‑130 (MQ=255) aCGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTc < 5:189545/130‑1 (MQ=255) cGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGt < 5:371337/149‑1 (MQ=255) ggCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCACGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAg > 2:172425/1‑147 (MQ=255) cGAGATGGCGACCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACAGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGc > 1:89328/1‑149 (MQ=255) gaTGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGt < 4:87255/113‑1 (MQ=255) gaTGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGt > 3:87255/1‑113 (MQ=255) ggTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTc > 5:105818/1‑117 (MQ=255) 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gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGt > 5:358232/1‑111 (MQ=255) gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGt < 6:358232/111‑1 (MQ=255) gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTc > 1:167395/1‑139 (MQ=255) gCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTc < 2:167395/139‑1 (MQ=255) cacaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtca > 2:245702/1‑149 (MQ=255) cacaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtc < 6:76575/148‑1 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCg < 6:86145/129‑1 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCg > 5:86145/1‑129 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcat < 2:9615/149‑1 (MQ=255) acaTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcat > 6:347101/1‑149 (MQ=255) aTTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGtcat > 4:20602/1‑147 (MQ=255) tCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCg < 6:298809/140‑1 (MQ=255) tCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCg > 5:298809/1‑140 (MQ=255) aCCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGt < 5:347101/149‑1 (MQ=255) tgtAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCAGCAGGCGTTCATCCAgg > 8:282185/1‑149 (MQ=255) gtAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGc > 8:318479/1‑149 (MQ=255) tAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCGTCCAGGc < 1:268858/148‑1 (MQ=255) 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ccTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAg > 4:256337/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAg > 5:26043/1‑149 (MQ=255) ctgctgGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAgc < 5:214449/149‑1 (MQ=255) ctgctgGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAgc < 3:20602/149‑1 (MQ=255) agcagGGTGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGCGCTGATCttt < 2:355641/149‑1 (MQ=255) gcagGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGCGCTGATCTTTg < 4:223753/149‑1 (MQ=255) agGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGCGCTGATCTTTGt > 7:64583/1‑148 (MQ=255) ggTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGCGCTGATCTTTGTaa < 1:161846/149‑1 (MQ=255) | GCAGCGTACCGTTCAGGGTCAGCTGCGGCAGGCGATCATACGGCGTGATCTGCGAGATGGTCGCCATCTCGTAGGCATGCACATTCAACCGCGCGGTGTAGCTGTCGCCTCGGTAGGTCAACGCACCCTGCTGGTTCAGCAGGTCGCGGCTTTCCACGCCAATCTGGTCGGATTCCAGGTCCTGGAAGTAGAACGGGTCGCTGATGTCGGTGTAGTCCACCTCGGTCATCAGGCGTTCATCCAGGCCACCCTTGTGCTGCCAGTTGACCATCCAGCGCTGATCTTTGTAA > NC_002947/490956‑491245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |