| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,963,027 | G→C | 5.8% | L210V (CTG→GTG) | fleS ← | two‑component system sensor histidine kinase FleS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,963,027 | 0 | G | C | 5.8% | 341.2 / 8.3 | 103 | L210V (CTG→GTG) | fleS | two‑component system sensor histidine kinase FleS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/54); new base C (3/3); total (46/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GGGGTCACCCGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTCGTTGAGCAGCACC > NC_002947/4962879‑4963175 | ggggTCACCCGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAACCACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAg > 2:335745/1‑149 (MQ=255) gTCACCCGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTg < 3:402255/149‑1 (MQ=255) aCCCGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGcc < 7:131313/149‑1 (MQ=255) aCCCGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGcc > 6:212239/1‑149 (MQ=255) cccGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCg < 4:237271/149‑1 (MQ=255) cccGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCg < 7:38903/149‑1 (MQ=255) ccGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCgg > 7:58959/1‑149 (MQ=255) tCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCACCTGGCCGACaac < 2:166210/149‑3 (MQ=255) ccccAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGc > 6:91731/1‑144 (MQ=255) ccccAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATa > 8:130478/1‑147 (MQ=255) ccccAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCACCTGGCCGACaacga < 7:327995/149‑5 (MQ=255) ccAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAg > 7:234442/1‑148 (MQ=255) ccAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAg > 1:165481/1‑148 (MQ=255) 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tGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCtggtgg < 8:234442/149‑1 (MQ=255) gcgcACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGc > 2:384400/1‑147 (MQ=255) gcACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGTATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGc > 7:216664/1‑149 (MQ=255) gcACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCAGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGc < 1:335745/149‑1 (MQ=255) aCCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGTGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGa < 5:192718/149‑1 (MQ=255) 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tCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTc > 3:23523/1‑149 (MQ=255) ttGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTCGtt < 7:80310/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTCGtt < 6:293243/149‑1 (MQ=255) atgccGGCCACCTGGCCGACATACAGCATGGCTGCCGAAAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCACCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTACTGGAGGCGCAGGGTTTAAGTCAGGTCGtt > 8:345186/5‑149 (MQ=255) tCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAg < 3:2948/122‑1 (MQ=255) tCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAg > 4:2948/1‑122 (MQ=255) tCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTCGTTGag > 4:385493/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTCGTTGagc < 1:60948/148‑1 (MQ=255) aGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTtca < 7:104983/129‑1 (MQ=255) aGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTtca > 8:104983/1‑129 (MQ=255) ggTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTCGTTGAGCAGCAcc < 4:23523/149‑1 (MQ=255) | GGGGTCACCCGGTCCCCCAGTGGCAACTCGCCACGGGCAAACACCAGCATGTCGCGCACCTGGTGTTCCAGTTCGTGCAGGCGCTCCTTCAAGGTCGCGGCGAAGCGCTGACGGGTTTGCGCGCTCAGCGCTTGCTCGTTGTCGGCCAGGTGGCCGGCATACAGCATGGCTGCCGACAGCGGCGTGCGGATCTGGTGGGCCAGCGAGGCAACCATGCGCCCCAACGACGACAGCCGCTCGTGGCGAGCCAGCTGGTCCTGGAGGCGACGGGTTTCAGTCAGGTCGTTGAGCAGCACC > NC_002947/4962879‑4963175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |