Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,163,778 | C→T | 7.1% | G25S (GGC→AGC) | PP_4545 ← | beta‑ketodecanoyl‑ACP synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,163,778 | 0 | C | T | 7.1% | 163.5 / 2.0 | 56 | G25S (GGC→AGC) | PP_4545 | beta‑ketodecanoyl‑ACP synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/25); new base T (2/2); total (29/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.65e-01 |
ACGCCGCGTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTACCCCCGCGCGGCGGGCTTATCCGCCAAGG > NC_002947/5163631‑5163924 | aCGCCGCGTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCg > 3:228016/1‑149 (MQ=255) aCGCCGCGTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCg > 3:194269/1‑149 (MQ=255) cgccgcGTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCgg < 8:164185/149‑2 (MQ=255) ccgcGTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGACACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCt > 8:109900/1‑148 (MQ=255) cgcgTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGATTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGa > 1:116630/1‑149 (MQ=255) gcgTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGa > 7:106142/1‑148 (MQ=255) gccgccTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTGCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGTAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCAc < 6:258731/149‑1 (MQ=255) cgccTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACgg < 4:181904/149‑1 (MQ=255) ccTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGATCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTc > 3:66315/1‑149 (MQ=255) aCTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTcc < 4:228016/149‑1 (MQ=255) ttCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCac > 2:17358/1‑126 (MQ=255) ttCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCac < 1:17358/126‑1 (MQ=255) aCCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTgg > 8:152306/1‑149 (MQ=255) gcTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACTGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCa > 1:244767/1‑147 (MQ=255) gcAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCca < 8:333214/149‑1 (MQ=255) cAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCcac < 8:106142/149‑1 (MQ=255) ttGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGgc < 4:76812/149‑1 (MQ=255) cTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACTGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCgctg < 2:244767/148‑1 (MQ=255) gTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCgctggctg < 8:151409/149‑1 (MQ=255) gTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCgctggct < 6:140434/148‑1 (MQ=255) ttGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCgctggctg > 5:115266/1‑148 (MQ=255) aCTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGaaa < 6:115266/148‑1 (MQ=255) tgctgcGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCTGCTGATCATGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGa < 5:372170/144‑1 (MQ=255) tgctgcGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCTGCTGATCATGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGa > 6:365793/1‑144 (MQ=255) tgctgcGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCTGCTGATCATGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGa < 5:365793/144‑1 (MQ=255) tgctgcGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCTGCTGATCATGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGa > 6:372170/1‑144 (MQ=255) tgctgcGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACAt > 7:315718/1‑149 (MQ=255) ctgcGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGa < 2:266122/149‑1 (MQ=255) tgcGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGAc < 8:315718/149‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAAt < 3:299011/149‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAAt < 7:109900/149‑1 (MQ=255) tcATTGAAGTAAGCCAGCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTTATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATg < 2:99486/148‑1 (MQ=255) aTTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATgg > 3:74456/1‑148 (MQ=255) aTTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATgg > 3:189900/1‑148 (MQ=255) ctGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGc < 7:341164/147‑1 (MQ=255) tGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCAc > 4:166566/1‑149 (MQ=255) gaaggaagCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACt > 3:35371/1‑149 (MQ=255) aaggaagCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGAGAGGTTAATGGCACtt > 6:333660/1‑149 (MQ=255) aaggaagCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGc > 8:341164/1‑145 (MQ=255) 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tGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTAc > 8:272294/1‑149 (MQ=255) tctGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGt > 7:255692/1‑107 (MQ=255) tctGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGt < 8:255692/107‑1 (MQ=255) gCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACa < 2:71607/99‑1 (MQ=255) gCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACa > 1:71607/1‑99 (MQ=255) tgtACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTACCCCCGCgcgccgttc < 4:74456/149‑4 (MQ=255) tgtACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTACCCCCGCgcgccgttc < 4:189900/149‑4 (MQ=255) cAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACTTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTACCCCCGCGCGGCGGGCTTAt > 8:378655/1‑149 (MQ=255) aGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACGGGTTAATGGCAGTTTAGt > 7:217605/1‑105 (MQ=255) aGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGt < 8:217605/105‑1 (MQ=255) aGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTACCCCCGCGCGGCGGGCTTATc < 3:166566/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTACCCCCGCGCGGCGGGCTTATCCGCCAAgg > 2:211843/1‑149 (MQ=255) | ACGCCGCGTCGGAGAGCGGCGCCGCCTCGACTTCACCGCGCTCGATGGCGGCAGCGTTGTCCTGGTTGAACTGCTGCGACCAGGCATTGAAGGAAGCCACCAGCTCTTCGTTGGAAATGCTCTGGGCCGGGGTGTACAGGCCGGTGCCGCTGATCACGACGTTATGCACGGTCGTTCCTCTGGTCAAAGGCCATCGCCACAGGGCGCTGGCTGGAAACATGACAGGTTAATGGCACTTTAGTGCCAATTCAGGGGCATACGTTTACCCCCGCGCGGCGGGCTTATCCGCCAAGG > NC_002947/5163631‑5163924 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |