| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,182,072 | A→C | 10.4% | intergenic (‑130/+24) | PP_4560 ← / ← csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,182,072 | 0 | A | C | 10.4% | 216.0 / 13.0 | 84 | intergenic (‑130/+24) | PP_4560/csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/24); new base C (4/5); total (53/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGTT > NC_002947/5181924‑5182217 | gcAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCga < 5:390034/149‑1 (MQ=255) cGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGcga‑a > 5:157423/1‑146 (MQ=255) cGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGcga‑a < 6:157423/146‑1 (MQ=255) ggggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑agag < 5:228185/148‑1 (MQ=255) gAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATGAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGcc > 1:313093/1‑149 (MQ=255) aTAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGc > 3:250141/1‑149 (MQ=255) ctcCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCtcaagt > 8:316662/1‑149 (MQ=255) tttCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCtcaagtcaag > 8:199161/1‑149 (MQ=255) gccgtTTTATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑ATACCGTGCCCTAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGTTTTAATAATTTGCTTACCAATATGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGATA‑AGTGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGct < 4:250141/148‑1 (MQ=255) ccgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGcttc > 5:369230/1‑149 (MQ=255) cgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGcttct > 1:232422/1‑149 (MQ=255) cgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGcttct > 5:243998/1‑149 (MQ=255) tCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCg > 2:213173/1‑148 (MQ=255) tCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCg > 3:289866/1‑148 (MQ=255) gTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAACCCGAGA‑AGAGGCCGCCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACGGCAt > 1:355099/1‑149 (MQ=255) ttACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATc < 3:262920/149‑1 (MQ=255) acacAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATcc < 4:289866/148‑1 (MQ=255) aGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGGCTTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACACGAGA‑AGAGGCCGGAACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTGca > 5:220767/1‑148 (MQ=255) ggCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCAGCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTAATGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTcaca > 7:388150/1‑149 (MQ=255) gCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAgg < 2:307973/126‑1 (MQ=255) gCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAgg > 1:307973/1‑126 (MQ=255) tCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTTAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTcc < 2:313093/148‑1 (MQ=255) cTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTccc < 7:316662/148‑1 (MQ=255) cTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCt > 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aT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTg > 5:149980/1‑148 (MQ=255) aT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGa > 4:109617/1‑149 (MQ=255) aCCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACctg > 7:189601/1‑149 (MQ=255) cGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACctgct > 3:201518/1‑149 (MQ=255) ccGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGcgcc > 3:12144/1‑149 (MQ=255) tgctgcTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCttt > 4:301814/1‑149 (MQ=255) gctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCtt > 3:307723/1‑127 (MQ=255) ctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGa > 4:73555/1‑128 (MQ=255) ctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGa < 3:73555/128‑1 (MQ=255) ctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTg < 3:109617/148‑1 (MQ=255) gctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCa > 7:18461/1‑102 (MQ=255) ctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGa > 5:355074/1‑125 (MQ=255) ctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCttt < 5:356828/144‑1 (MQ=255) ctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCttt > 6:356828/1‑144 (MQ=255) ggCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTgc > 3:289493/1‑149 (MQ=255) ccGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTgcgc < 8:189601/149‑1 (MQ=255) tGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgcctt > 6:364218/1‑149 (MQ=255) ttGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcc < 4:289493/149‑1 (MQ=255) tGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGc > 3:257615/1‑67 (MQ=255) tGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTTACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcct > 5:154412/1‑149 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcctt > 7:126366/1‑149 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcctt > 8:93620/1‑149 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcct < 3:301814/148‑1 (MQ=255) agaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTTACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCg < 6:154412/149‑1 (MQ=255) gaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg > 2:185722/1‑149 (MQ=255) aTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGcc > 3:141485/1‑149 (MQ=255) cTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCACATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAg > 5:96904/1‑149 (MQ=255) gAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTcac < 4:355063/84‑1 (MQ=255) 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5:280129/1‑149 (MQ=255) gaaCCCGCGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTGTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACAccc > 5:211364/3‑149 (MQ=255) cACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGtt > 4:69943/1‑126 (MQ=255) aCCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCt < 2:232422/148‑1 (MQ=255) cccGCGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGt < 6:211364/149‑1 (MQ=255) ccGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGtt > 4:122610/1‑149 (MQ=255) | GCAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAT‑AGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGA‑AGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACAT‑TTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGTT > NC_002947/5181924‑5182217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |